More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4358 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  90.04 
 
 		 714 aa  1278    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4591  general secretion pathway protein D  55.9 
 
 		 697 aa  774    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0166  general secretion pathway protein D  84.11 
 
 		 704 aa  1216    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  88.81 
 
 		 710 aa  1256    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0151  general secretion pathway protein D  83.95 
 
 		 702 aa  1206    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0216761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  54.45 
 
 		 674 aa  711    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  86.89 
 
 		 705 aa  1259    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  56.8 
 
 		 675 aa  751    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3619  general secretion pathway protein D  88.53 
 
 		 707 aa  1257    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0440074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  55.61 
 
 		 658 aa  724    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03956  general secretion pathway protein D  55.65 
 
 		 681 aa  756    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  85.04 
 
 		 704 aa  1223    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  85.06 
 
 		 706 aa  1220    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  82.43 
 
 		 705 aa  1176    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  81.08 
 
 		 703 aa  1149    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 724 aa  1472    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  54.99 
 
 		 662 aa  709    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  54.75 
 
 		 672 aa  722    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0231  general secretion pathway protein D  55.89 
 
 		 689 aa  733    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  86.47 
 
 		 705 aa  1254    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  84.66 
 
 		 700 aa  1223    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  84.66 
 
 		 700 aa  1223    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  80.85 
 
 		 710 aa  1177    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3567  general secretion pathway protein D  82.91 
 
 		 703 aa  1195    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000019891  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  49.46 
 
 		 686 aa  632  1e-180  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  49.46 
 
 		 686 aa  632  1e-180  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  49.46 
 
 		 686 aa  632  1e-180  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  49.31 
 
 		 686 aa  629  1e-179  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  49.31 
 
 		 686 aa  629  1e-179  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  50.8 
 
 		 640 aa  605  9.999999999999999e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  51.05 
 
 		 640 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  46.82 
 
 		 655 aa  553  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  45.02 
 
 		 650 aa  547  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  44.87 
 
 		 654 aa  545  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  44.89 
 
 		 654 aa  542  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  45.81 
 
 		 660 aa  497  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1004  general secretion pathway protein D  41.18 
 
 		 640 aa  474  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  41.34 
 
 		 640 aa  475  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  41.34 
 
 		 640 aa  475  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0225  general secretion pathway protein D  38.81 
 
 		 655 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2401  general secretion pathway protein D  38.08 
 
 		 673 aa  400  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.539176  hitchhiker  0.000473161 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2370  general secretion pathway protein D  35.18 
 
 		 670 aa  380  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2927  general secretion pathway protein D  36.29 
 
 		 645 aa  349  1e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.319356  normal  0.290619 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  33.63 
 
 		 666 aa  348  3e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0381  general secretion pathway protein D  36.17 
 
 		 650 aa  345  2e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.693227  normal  0.206619 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0141  general secretion pathway protein D  35.42 
 
 		 725 aa  335  2e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23970  general secretion pathway protein D  34.19 
 
 		 658 aa  335  2e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.598956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2028  general secretion pathway protein D  34.84 
 
 		 658 aa  332  1e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.547904  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1416  general secretion pathway protein D  36.15 
 
 		 634 aa  329  9e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.67015  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1470  general secretion pathway protein D  57.45 
 
 		 714 aa  329  1.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1299  general secretion pathway protein D  57.93 
 
 		 716 aa  329  1.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  33.24 
 
 		 703 aa  326  7e-88  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4160  general secretion pathway protein D  33.49 
 
 		 748 aa  326  1e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40320  secretion protein XqhA  35.38 
 
 		 776 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.386319  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  31.11 
 
 		 696 aa  319  1e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3420  general secretion pathway protein D  33.28 
 
 		 758 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.454827  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4180  general secretion pathway protein D  36.48 
 
 		 650 aa  306  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.304265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  31.3 
 
 		 750 aa  299  1e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2027  general secretion pathway protein D  34.46 
 
 		 649 aa  296  7e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  32.28 
 
 		 740 aa  290  7e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  31.15 
 
 		 717 aa  281  3e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  30.94 
 
 		 738 aa  280  9e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  29.96 
 
 		 789 aa  274  4.0000000000000004e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  29.61 
 
 		 791 aa  273  8.000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0315  type II and III secretion system protein  30.09 
 
 		 732 aa  272  1e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.713775 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  29.61 
 
 		 791 aa  271  2.9999999999999997e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  30.84 
 
 		 793 aa  270  5.9999999999999995e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  30.26 
 
 		 728 aa  268  2e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1329  type II and III secretion system protein  31.57 
 
 		 747 aa  268  2.9999999999999995e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  31.73 
 
 		 736 aa  265  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  30.71 
 
 		 803 aa  263  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0542  type II and III secretion system protein  30.96 
 
 		 702 aa  262  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  30.89 
 
 		 807 aa  261  3e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  29.37 
 
 		 783 aa  261  3e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2653  type II and III secretion system protein  31.71 
 
 		 748 aa  256  1.0000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  30.84 
 
 		 799 aa  254  3e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1087  general secretion pathway protein D  32.63 
 
 		 584 aa  254  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.57571  normal  0.616621 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3427  general secretion pathway protein D  29.93 
 
 		 753 aa  254  5.000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000756806 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1046  general secretion pathway protein D  32.32 
 
 		 584 aa  254  6e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.603917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1073  general secretion pathway protein D  29.93 
 
 		 774 aa  246  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  29.41 
 
 		 641 aa  242  2e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  29.15 
 
 		 635 aa  229  9e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  28.98 
 
 		 636 aa  225  3e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  28.46 
 
 		 804 aa  224  4.9999999999999996e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  28.98 
 
 		 630 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1281  general secretion pathway protein D  27.39 
 
 		 648 aa  223  9.999999999999999e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  29.7 
 
 		 632 aa  219  1e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  39.78 
 
 		 810 aa  218  2.9999999999999998e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  38.42 
 
 		 805 aa  216  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1043  general secretion pathway protein D  38.48 
 
 		 584 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.795547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  41 
 
 		 771 aa  213  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  41 
 
 		 777 aa  213  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  39.66 
 
 		 783 aa  211  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  40.87 
 
 		 781 aa  210  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  37.46 
 
 		 781 aa  209  1e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  38.08 
 
 		 781 aa  207  6e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03176  general secretory pathway component, cryptic  50.54 
 
 		 338 aa  207  8e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0985911  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03127  hypothetical protein  50.54 
 
 		 338 aa  207  8e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0771412  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  38.22 
 
 		 775 aa  206  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  39.03 
 
 		 780 aa  206  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>