More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4232 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  100 
 
 		 289 aa  600  1.0000000000000001e-171  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  95.83 
 
 		 289 aa  580  1.0000000000000001e-165  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  94.44 
 
 		 289 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  88.89 
 
 		 292 aa  555  1e-157  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  85.47 
 
 		 289 aa  541  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  69.2 
 
 		 302 aa  447  1e-125  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  67.48 
 
 		 295 aa  426  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  66.32 
 
 		 292 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  66.32 
 
 		 292 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  66.32 
 
 		 292 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  65.62 
 
 		 290 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 292 aa  411  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  65.14 
 
 		 289 aa  412  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  65.97 
 
 		 292 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 293 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  64.93 
 
 		 293 aa  408  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  64.93 
 
 		 293 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  62.85 
 
 		 289 aa  402  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  64.58 
 
 		 291 aa  402  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  62.37 
 
 		 288 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  62.02 
 
 		 288 aa  399  9.999999999999999e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  62.85 
 
 		 288 aa  395  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  60.42 
 
 		 290 aa  384  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  61.73 
 
 		 298 aa  387  1e-106  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  60.76 
 
 		 289 aa  384  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  61.13 
 
 		 298 aa  386  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  60.42 
 
 		 289 aa  382  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  60.63 
 
 		 290 aa  378  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  54.86 
 
 		 304 aa  359  3e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 298 aa  347  1e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 298 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 298 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 298 aa  344  8e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  54.74 
 
 		 298 aa  344  8.999999999999999e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  54.74 
 
 		 298 aa  344  1e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 298 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  51.74 
 
 		 302 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  51.74 
 
 		 302 aa  336  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  48.26 
 
 		 300 aa  313  9.999999999999999e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3681  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 290 aa  284  1.0000000000000001e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0791735  normal  0.203208 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  46.1 
 
 		 292 aa  284  1.0000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 295 aa  261  6.999999999999999e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 335 aa  244  8e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.86 
 
 		 293 aa  239  4e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  39.08 
 
 		 302 aa  229  4e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.73 
 
 		 307 aa  229  5e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 305 aa  228  7e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 303 aa  228  9e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  43.11 
 
 		 306 aa  226  3e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  39.01 
 
 		 295 aa  226  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 298 aa  225  8e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.93 
 
 		 305 aa  224  9e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 296 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  38.28 
 
 		 295 aa  222  4.9999999999999996e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3446  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 331 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3105  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 293 aa  219  5e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.432402 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 313 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 295 aa  218  1e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 293 aa  216  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 313 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.11 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 304 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.86 
 
 		 302 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 301 aa  215  8e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 291 aa  215  9e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  215  9e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.72 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 334 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1068  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 302 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  212  7e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.91 
 
 		 309 aa  211  7.999999999999999e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 301 aa  211  7.999999999999999e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 298 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 344 aa  211  9e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 338 aa  211  1e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3286  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 303 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 313 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 316 aa  209  3e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 314 aa  209  3e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 314 aa  209  3e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>