More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4202 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4202  hypothetical protein  100 
 
 
355 aa  718    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1543  secretion protein HlyD family protein  50.15 
 
 
352 aa  333  4e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3991  secretion protein HlyD family protein  48.85 
 
 
371 aa  268  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003356  multidrug resistance efflux pump  49.25 
 
 
271 aa  256  3e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000276837  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0156  secretion protein HlyD  41.97 
 
 
390 aa  241  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2735  secretion protein HlyD family protein  41.88 
 
 
349 aa  231  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.479552 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2980  secretion protein HlyD family protein  40 
 
 
383 aa  231  2e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3279  secretion protein HlyD  44.05 
 
 
385 aa  230  3e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.119493  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4283  secretion protein HlyD family protein  40.88 
 
 
365 aa  229  6e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.638187  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2360  secretion protein HlyD family protein  43.18 
 
 
344 aa  228  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1877  secretion protein HlyD  42.16 
 
 
349 aa  226  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4651  HlyD family multidrug resistance protein  39.07 
 
 
380 aa  225  8e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.731563  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1507  secretion protein HlyD family protein  40.79 
 
 
351 aa  225  9e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.194742  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1976  secretion protein HlyD family protein  40.26 
 
 
387 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.339437  hitchhiker  0.00926098 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3784  secretion protein HlyD family protein  40.51 
 
 
387 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.52274  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1183  secretion protein HlyD family protein  40.29 
 
 
354 aa  223  3e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0238  secretion protein HlyD  42.72 
 
 
375 aa  223  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3509  secretion protein HlyD family protein  39.41 
 
 
351 aa  223  6e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0522  secretion protein HlyD family protein  39.09 
 
 
351 aa  222  8e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.889598  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0523  secretion protein HlyD family protein  39.41 
 
 
351 aa  222  9e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0954  secretion protein HlyD family protein  41.23 
 
 
413 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.702567  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0402  HlyD family secretion protein  40.66 
 
 
348 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111756  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3969  secretion protein HlyD family protein  38.26 
 
 
352 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0499  secretion protein HlyD family protein  37.22 
 
 
364 aa  218  1e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23530  putative secretion protein  41.25 
 
 
355 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0127928 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3787  secretion protein HlyD family protein  38.26 
 
 
352 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3843  secretion protein HlyD family protein  38.26 
 
 
352 aa  218  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1992  putative secretion protein  40.92 
 
 
344 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7473  secretion protein HlyD family protein  41.42 
 
 
390 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3990  secretion protein HlyD family protein  42.02 
 
 
383 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.302523  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0482  secretion protein HlyD family protein  38.26 
 
 
352 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1815  secretion protein HlyD family protein  42.02 
 
 
390 aa  215  7e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.269173 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0873  secretion protein HlyD family protein  39.02 
 
 
353 aa  216  7e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4521  secretion protein HlyD family protein  38.19 
 
 
351 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.170966 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1624  HlyD family secretion protein  39.34 
 
 
377 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0452  secretion protein HlyD family protein  39.34 
 
 
352 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3793  secretion protein HlyD  41.61 
 
 
373 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.167137  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5998  secretion protein HlyD family protein  39.68 
 
 
394 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0143  secretion protein HlyD  41.03 
 
 
356 aa  209  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.723307  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6488  secretion protein HlyD family protein  37.8 
 
 
394 aa  209  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0834  secretion protein HlyD family protein  38.31 
 
 
396 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.541495 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2114  multidrug resistance protein A  40 
 
 
393 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0552  secretion protein HlyD  37.58 
 
 
350 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4416  secretion protein HlyD family protein  39.03 
 
 
366 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.401076  normal  0.621386 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2257  HlyD family secretion protein  37.95 
 
 
341 aa  204  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.105446  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1632  secretion protein HlyD family protein  36.94 
 
 
368 aa  204  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.201734  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5486  secretion protein HlyD family protein  39.81 
 
 
363 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.707329  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3632  secretion protein HlyD family protein  39.48 
 
 
363 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3406  secretion protein HlyD family protein  39.67 
 
 
358 aa  204  3e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27420  putative secretion protein  38.54 
 
 
354 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204375  normal  0.853032 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2319  putative secretion protein  38.49 
 
 
352 aa  203  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0810841  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1950  secretion protein HlyD family protein  39.61 
 
 
360 aa  202  5e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  38.92 
 
 
372 aa  202  7e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1272  secretion protein HlyD family protein  39.58 
 
 
367 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.529481  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4261  secretion protein HlyD family protein  35.88 
 
 
347 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3454  secretion protein HlyD family protein  39.29 
 
 
380 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1605  secretion protein HlyD family protein  35.14 
 
 
366 aa  199  7e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4608  secretion protein HlyD  38.83 
 
 
364 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3768  secretion protein HlyD family protein  38.83 
 
 
364 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.20986 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3755  secretion protein HlyD family protein  38.83 
 
 
364 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.178549  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4975  secretion protein HlyD family protein  39.48 
 
 
363 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.710374  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2344  HlyD family secretion protein  39.48 
 
 
364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0207  secretion protein HlyD  41.16 
 
 
371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.387162 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4576  secretion protein HlyD family protein  39.58 
 
 
353 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0736  major facilitator superfamily multidrug efflux pump membrane fusion protein  37.7 
 
 
375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4453  secretion protein HlyD family protein  38.99 
 
 
367 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0217211  normal  0.353022 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2630  secretion protein HlyD family protein  35.51 
 
 
366 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0794256  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4494  secretion protein HlyD family protein  36.69 
 
 
374 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.001486  normal  0.244602 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46390  secretion protein  40.91 
 
 
354 aa  196  6e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5592  HlyD family multidrug resistance protein  36.66 
 
 
381 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.306614  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1608  secretion protein HlyD family protein  38.64 
 
 
414 aa  195  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000243495 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0524  HlyD family secretion protein  38.65 
 
 
301 aa  194  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1819  secretion protein HlyD family protein  36.94 
 
 
383 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.333627  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  36.42 
 
 
368 aa  194  3e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4487  secretion protein HlyD  34.17 
 
 
358 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1332  secretion protein HlyD family protein  36.55 
 
 
342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.729441  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  37.27 
 
 
374 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0312  secretion protein HlyD family protein  39.47 
 
 
400 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.17056  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3703  HlyD family secretion protein  38.41 
 
 
387 aa  189  7e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48280  putative multidrug resistance efflux pump  39.81 
 
 
383 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0160418  normal  0.0591644 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1772  secretion protein HlyD  37.93 
 
 
385 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.535648  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2634  secretion protein HlyD family protein  34.99 
 
 
375 aa  187  3e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0953  secretion protein HlyD family protein  35.61 
 
 
344 aa  186  4e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6591  secretion protein HlyD family protein  38.54 
 
 
378 aa  186  6e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.216636 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1211  secretion protein HlyD family protein  38.11 
 
 
386 aa  186  6e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0109615 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1715  secretion protein HlyD  35.83 
 
 
383 aa  186  7e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118181  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1157  major facilitator superfamily multidrug efflux pump membrane fusion protein  37.05 
 
 
344 aa  185  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7637  efflux pump protein  37.66 
 
 
385 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.969695 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0472  HlyD family secretion protein  36.36 
 
 
349 aa  183  4.0000000000000006e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.776692  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4967  HlyD family secretion protein  36.2 
 
 
343 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0119064 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0108  HlyD family secretion protein  35.29 
 
 
413 aa  183  4.0000000000000006e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.736551  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0411  HlyD family secretion protein  36.36 
 
 
349 aa  183  4.0000000000000006e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1696  secretion protein HlyD family protein  36.61 
 
 
358 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4682  secretion protein HlyD family protein  33.24 
 
 
372 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.384444  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3379  secretion protein HlyD family protein  34.93 
 
 
360 aa  181  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.316914 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4511  secretion protein HlyD family protein  38.22 
 
 
397 aa  181  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00461  transport protein  36.31 
 
 
400 aa  181  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.206402  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2126  secretion protein HlyD family protein  36.14 
 
 
358 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3484  secretion protein HlyD  36.6 
 
 
354 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.956784  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3091  secretion protein HlyD family protein  34.75 
 
 
334 aa  180  4e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>