202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4193 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4193  DsbA oxidoreductase  100 
 
 
203 aa  419  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000377702  normal  0.608674 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0400  DSBA oxidoreductase  88.18 
 
 
203 aa  360  6e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0265  DSBA oxidoreductase  85.71 
 
 
203 aa  350  8.999999999999999e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0786438  hitchhiker  0.00413273 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0333  thiol:disulfide interchange protein DsbA  81.08 
 
 
202 aa  318  5e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3642  DSBA oxidoreductase  80 
 
 
203 aa  317  7e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.190488  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0302  DSBA oxidoreductase  80 
 
 
203 aa  317  7e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.496912  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0311  DSBA oxidoreductase  77.34 
 
 
203 aa  317  1e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.126539  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3838  DSBA oxidoreductase  82.22 
 
 
203 aa  316  2e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0285  DSBA oxidoreductase  74.88 
 
 
203 aa  308  5e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000120149  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3321  thiol:disulfide interchange protein DsbA  74.38 
 
 
204 aa  305  3e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0146564  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3656  DSBA oxidoreductase  79.66 
 
 
202 aa  304  5.0000000000000004e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0410  DSBA oxidoreductase  77.9 
 
 
205 aa  303  8.000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.247537  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3958  DSBA oxidoreductase  78.65 
 
 
202 aa  300  1e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4153  DSBA oxidoreductase  78.65 
 
 
202 aa  300  1e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4060  DSBA oxidoreductase  78.65 
 
 
202 aa  300  1e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.154818  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4035  DSBA oxidoreductase  78.65 
 
 
202 aa  300  1e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3620  thiol:disulfide interchange protein DsbA  44.83 
 
 
202 aa  174  6e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2485  thiol:disulfide interchange protein  38.31 
 
 
200 aa  159  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.721337  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002045  periplasmic thiol:disulfide interchange protein DsbA  39.3 
 
 
200 aa  159  4e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0975  DSBA oxidoreductase  35.98 
 
 
251 aa  153  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00404  disulfide bond formation protein  38.81 
 
 
200 aa  153  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0874  DSBA oxidoreductase  35.05 
 
 
250 aa  152  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.117334  normal  0.991367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3063  DSBA oxidoreductase  34.11 
 
 
250 aa  151  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0203251 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0909  DSBA oxidoreductase  34.11 
 
 
250 aa  151  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.322107  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3036  DSBA oxidoreductase  35.05 
 
 
250 aa  152  5e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0941  DSBA oxidoreductase  35.05 
 
 
251 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.414652  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3398  DSBA oxidoreductase  35.05 
 
 
251 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0964  DSBA oxidoreductase  35.05 
 
 
251 aa  148  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05306  thiol:disulfide interchange protein DsbA  38.12 
 
 
211 aa  147  8e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0044  thiol/disulfide interchange protein DsbA precursor  35.18 
 
 
207 aa  147  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3718  DsbA family thiol:disulfide interchange protein  33.18 
 
 
250 aa  145  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4196  periplasmic protein disulfide isomerase I  37.44 
 
 
207 aa  145  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.693505  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0020  periplasmic protein disulfide isomerase I  37.44 
 
 
207 aa  145  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000268168  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0022  periplasmic protein disulfide isomerase I  37.44 
 
 
207 aa  145  6e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00595683  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03746  periplasmic protein disulfide isomerase I  38.67 
 
 
208 aa  143  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.468717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4126  DSBA oxidoreductase  38.67 
 
 
208 aa  143  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4378  periplasmic protein disulfide isomerase I  38.67 
 
 
208 aa  143  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000586255  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4165  periplasmic protein disulfide isomerase I  37.8 
 
 
207 aa  143  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0407831  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5300  periplasmic protein disulfide isomerase I  38.67 
 
 
208 aa  143  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.038843  normal  0.694911 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4155  periplasmic protein disulfide isomerase I  38.67 
 
 
208 aa  143  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00383633  hitchhiker  0.0000667168 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4241  periplasmic protein disulfide isomerase I  38.67 
 
 
208 aa  143  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0131889  normal  0.281037 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0796  DSBA oxidoreductase  33.64 
 
 
223 aa  143  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4332  periplasmic protein disulfide isomerase I  38.67 
 
 
208 aa  143  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03695  hypothetical protein  38.67 
 
 
208 aa  143  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.459554  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4083  periplasmic protein disulfide isomerase I  38.67 
 
 
208 aa  143  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000727288  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3156  thiol:disulfide interchange protein DsbA  36.5 
 
 
200 aa  142  3e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4278  periplasmic protein disulfide isomerase I  39.78 
 
 
207 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.744084  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4385  periplasmic protein disulfide isomerase I  39.78 
 
 
207 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.25464  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3787  DsbA oxidoreductase  33.8 
 
 
249 aa  142  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4207  periplasmic protein disulfide isomerase I  39.78 
 
 
207 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0195163  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4228  periplasmic protein disulfide isomerase I  39.78 
 
 
207 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157644  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4324  periplasmic protein disulfide isomerase I  39.78 
 
 
207 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.954337 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3968  periplasmic protein disulfide isomerase I  38.5 
 
 
207 aa  141  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000322053  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4228  periplasmic protein disulfide isomerase I  37.75 
 
 
207 aa  140  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000576  periplasmic thiol:disulfide interchange protein DsbA  38.5 
 
 
199 aa  139  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0848173  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4104  periplasmic protein disulfide isomerase I  38.67 
 
 
207 aa  139  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00283227  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4889  periplasmic protein disulfide isomerase I  38.42 
 
 
207 aa  138  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000138937  hitchhiker  0.000000639801 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3441  DSBA oxidoreductase  32.39 
 
 
218 aa  138  4.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03648  thiol:disulfide interchange protein DsbA  34.43 
 
 
210 aa  137  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4518  periplasmic protein disulfide isomerase I  37.89 
 
 
207 aa  136  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0818  DSBA oxidoreductase  31.31 
 
 
218 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0686  DSBA oxidoreductase  31.16 
 
 
220 aa  134  7.000000000000001e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.355761 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2934  DsbA family thiol:disulfide interchange protein  32.2 
 
 
248 aa  131  6e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0782284 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3575  DSBA oxidoreductase  34.93 
 
 
207 aa  127  8.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4348  thiol:disulfide interchange protein DsbA  35.96 
 
 
214 aa  120  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.259812  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0308  protein disulfide-isomerase (thiol:disulfide interchange protein)  37.19 
 
 
202 aa  120  9.999999999999999e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1693  DSBA oxidoreductase  35.27 
 
 
210 aa  108  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0983  DSBA oxidoreductase  32.94 
 
 
213 aa  108  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0257  thiol:disulfide interchange protein DsbA  31.75 
 
 
223 aa  105  6e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.901513  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0077  hypothetical protein  34.24 
 
 
293 aa  103  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.453985  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2602  thiol:disulfide interchange protein DsbA  35 
 
 
216 aa  100  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.405724  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0551  DSBA oxidoreductase  32.09 
 
 
220 aa  100  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3405  DSBA oxidoreductase  38.04 
 
 
275 aa  96.7  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.681241  normal  0.474892 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72450  thiol:disulfide interchange protein DsbA  30.96 
 
 
211 aa  96.3  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.568444  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6288  thiol:disulfide interchange protein DsbA  31.34 
 
 
211 aa  95.9  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2860  DsbA family thiol:disulfide interchange protein  32.31 
 
 
207 aa  95.5  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1579  DSBA oxidoreductase  31.63 
 
 
207 aa  95.5  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.555105  hitchhiker  0.00803379 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0158  DSBA oxidoreductase  29.9 
 
 
216 aa  95.1  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.699641  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1512  DSBA oxidoreductase  31.4 
 
 
207 aa  94.7  8e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00919562 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2116  DSBA oxidoreductase  33.52 
 
 
213 aa  94.7  8e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4675  thiol:disulfide interchange protein DsbA  32.26 
 
 
219 aa  94.4  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01990  Thiol:disulfide interchange protein DsbA  32.43 
 
 
214 aa  92.4  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1573  DSBA oxidoreductase  31.4 
 
 
217 aa  92  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000164919 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0142  DSBA oxidoreductase  29.41 
 
 
210 aa  92  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5101  DSBA oxidoreductase  31.68 
 
 
211 aa  91.3  9e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0488086 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3118  DSBA oxidoreductase  30.5 
 
 
210 aa  90.5  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2842  DSBA oxidoreductase  29.9 
 
 
208 aa  90.9  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000181204 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1742  DsbA oxidoreductase  29.9 
 
 
210 aa  89.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0147318  hitchhiker  0.0000164323 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0144  DSBA oxidoreductase  28.92 
 
 
210 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0748  DSBA oxidoreductase  32.62 
 
 
206 aa  89.4  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.309813  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0127  DsbA family thiol:disulfide interchange protein  28.92 
 
 
210 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3451  disulfide isomerase  31.34 
 
 
223 aa  89.4  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3546  disulfide isomerase  31.34 
 
 
223 aa  89.4  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.504028 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3444  disulfide isomerase  31.34 
 
 
223 aa  89.4  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.923354  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0234  DsbA family thiol:disulfide interchange protein  30.57 
 
 
202 aa  89  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3374  disulfide isomerase  31.34 
 
 
223 aa  89.4  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3379  disulfide isomerase  31.34 
 
 
223 aa  88.6  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.996727 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2373  DSBA oxidoreductase  29.56 
 
 
210 aa  87  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.563434  hitchhiker  0.0000192462 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3871  DsbA family thiol:disulfide interchange protein  30.39 
 
 
203 aa  85.5  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0463  DSBA oxidoreductase  30.43 
 
 
215 aa  85.5  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0780144  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>