28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4122 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4122  hypothetical protein  100 
 
 		 169 aa  350  4e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.22167  normal  0.119493 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2910  cytochrome c, class II  28.1 
 
 		 149 aa  65.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.963403  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1171  cytochrome c, class II  27.15 
 
 		 153 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02251  cytochrome c  30.08 
 
 		 170 aa  53.9  0.0000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.536111  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1989  cytochrome c, class II  25.81 
 
 		 155 aa  52.8  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.13994  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2738  cytochrome c, class II  26.85 
 
 		 149 aa  52.8  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000239572  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3420  cytochrome c'  27.56 
 
 		 149 aa  51.2  0.000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0901  cytochrome c, class II  25.32 
 
 		 147 aa  51.2  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.502133 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1134  cytochrome c, class II  26.67 
 
 		 149 aa  51.2  0.000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000245313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1135  cytochrome c, class II  26.67 
 
 		 149 aa  50.8  0.000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000323618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1205  cytochrome c, class II  26.67 
 
 		 149 aa  50.8  0.000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000342907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1075  cytochrome c, class II  25.4 
 
 		 153 aa  50.4  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000870281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0269  cytochrome c, class II  25.6 
 
 		 151 aa  48.5  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2799  cytochrome c'  26.92 
 
 		 159 aa  48.5  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.340153  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2744  cytochrome c, class II  28.19 
 
 		 149 aa  48.9  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1300  cytochrome c prime  26 
 
 		 149 aa  47  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000000571925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1267  cytochrome c class II  25.33 
 
 		 149 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000000308815  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1223  cytochrome c, class II  25.33 
 
 		 149 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000308946  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1266  cytochrome c prime  26.67 
 
 		 153 aa  46.2  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00355907 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3090  cytochrome c prime  25.33 
 
 		 149 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000000689857  normal  0.0144373 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1062  cytochrome c class II  21.19 
 
 		 153 aa  44.7  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.251364  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1340  cytochrome c prime  27.56 
 
 		 150 aa  44.3  0.0008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000194758 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0216  cytochrome c, class II  24 
 
 		 151 aa  44.3  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.322979 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3135  cytochrome c prime  24.19 
 
 		 172 aa  43.5  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0462  cytochrome c'  21.48 
 
 		 155 aa  42.4  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4700  cytochrome c, class II  25.48 
 
 		 151 aa  41.2  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311415  normal  0.313773 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0286  cytochrome c prime  24 
 
 		 153 aa  41.2  0.008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0933227  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1225  cytochrome c prime  25.2 
 
 		 155 aa  40.8  0.009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.239177 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>