More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4112 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4112  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  615  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269133 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0511  LysR family transcriptional regulator  81.48 
 
 		 301 aa  524  1e-148  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.533248  hitchhiker  0.00184272 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0396  LysR family transcriptional regulator  74.66 
 
 		 304 aa  473  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0336  LysR family transcriptional regulator  67.8 
 
 		 307 aa  436  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0408  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 305 aa  421  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3617  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 305 aa  423  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0407  LysR family transcriptional regulator  67.35 
 
 		 310 aa  420  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0109674 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3956  LysR family transcriptional regulator  67.35 
 
 		 309 aa  417  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4072  LysR family transcriptional regulator  67.24 
 
 		 308 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3435  LysR family transcriptional regulator  67.58 
 
 		 308 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3931  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 308 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3879  transcriptional regulator, LysR family  66.55 
 
 		 308 aa  411  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0402  LysR family transcriptional regulator  67.92 
 
 		 309 aa  410  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3218  LysR family transcriptional regulator  56.08 
 
 		 319 aa  351  1e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1100  LysR, substrate-binding  52.61 
 
 		 307 aa  348  7e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3711  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 		 304 aa  318  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0659  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.17 
 
 		 307 aa  305  7e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2512  transcriptional regulator, LysR family protein  45.3 
 
 		 299 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1579  putative transcriptional regulator  49.83 
 
 		 306 aa  300  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3977  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 323 aa  300  3e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18200  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 306 aa  299  5e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01965  transcriptional regulator, LysR family protein  46.28 
 
 		 302 aa  298  6e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.514809  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1392  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 		 311 aa  288  7e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0421756  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2686  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 299 aa  287  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0075  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 304 aa  285  7e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0067  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 304 aa  284  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0755  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 307 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2914  LysR family transcriptional regulator  49.14 
 
 		 299 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3893  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 320 aa  281  9e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0668  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 309 aa  277  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1404  transcriptional regulator, LysR family protein  43.92 
 
 		 311 aa  275  8e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.416275  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3788  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 310 aa  274  1.0000000000000001e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0896823  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3719  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 302 aa  271  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0668479 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2312  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 302 aa  264  1e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2713  LysR family transcriptional regulator  45.55 
 
 		 323 aa  257  1e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.995522  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1440  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 324 aa  257  1e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001136  transcriptional regulator  40.14 
 
 		 307 aa  255  7e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1158  LysR family transcriptional regulator  47.6 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197117  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06651  transcriptional regulator  40.82 
 
 		 309 aa  253  3e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24760  LysR family transcriptional regulator protein  43.15 
 
 		 319 aa  252  4.0000000000000004e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0580  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 313 aa  251  9.000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3067  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 296 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436418  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2952  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 296 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.845125  decreased coverage  0.00814406 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2720  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 296 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1435  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.25 
 
 		 311 aa  241  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5646  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 307 aa  237  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.431821  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4027  transcriptional regulator, LysR family  42.27 
 
 		 321 aa  236  3e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.198411 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0735  transcriptional regulator, LysR family  44.57 
 
 		 301 aa  228  8e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.645433  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2431  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 307 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.557112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3264  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 309 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.655884 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2076  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 309 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0591  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 304 aa  226  4e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0506  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3695  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4154  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2174  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 331 aa  222  7e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.52777  normal  0.0251381 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1850  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 331 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0195634 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0472  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0453  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4064  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1239  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 309 aa  209  6e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3328  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 327 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.125153 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0592  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 310 aa  206  5e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0631  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 327 aa  205  9e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.764037 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2439  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.5931  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0227  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0891  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5101  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 304 aa  204  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2719  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2359  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0726  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 310 aa  203  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0712  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 310 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.894566  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0413  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 341 aa  203  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.179367 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0606  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2609  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.379478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2720  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 310 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2080  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 325 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2692  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 325 aa  195  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 307 aa  192  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 307 aa  192  4e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4453  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0347042 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1420  LysR family transcriptional regulator  44.27 
 
 		 211 aa  191  9e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.770205  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 292 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 292 aa  186  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.78 
 
 		 311 aa  186  5e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 292 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4032  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 308 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4825  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 293 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4174  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 293 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3269  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>