More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4015 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  83.84 
 
 
609 aa  1022    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  72.99 
 
 
610 aa  888    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  73.72 
 
 
604 aa  930    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0583  thiol:disulfide interchange protein precursor  79.05 
 
 
610 aa  976    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  74.07 
 
 
619 aa  936    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0416  thiol:disulfide interchange protein precursor  66.28 
 
 
624 aa  832    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136243  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  100 
 
 
611 aa  1238    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  78.58 
 
 
602 aa  960    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  74.03 
 
 
619 aa  936    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  72.95 
 
 
613 aa  905    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0237355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  72.95 
 
 
613 aa  917    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  69.08 
 
 
628 aa  884    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  74.03 
 
 
619 aa  942    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  73.86 
 
 
619 aa  939    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  73.28 
 
 
613 aa  908    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0538  thiol:disulfide interchange protein precursor  71.28 
 
 
607 aa  867    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.126162  decreased coverage  0.00471183 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0084  thiol:disulfide interchange protein precursor  48.57 
 
 
592 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0953  thiol:disulfide interchange protein precursor  46.04 
 
 
608 aa  542  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447642  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002212  cytochrome c-type biogenesis protein DsbD protein-disulfide reductase  47.77 
 
 
603 aa  544  1e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03921  thiol:disulfide interchange protein precursor  46.05 
 
 
631 aa  533  1e-150  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2274  thiol:disulfide interchange protein precursor  45.65 
 
 
600 aa  528  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00156  thiol:disulfide interchange protein precursor  46.71 
 
 
592 aa  520  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2811  thiol:disulfide interchange protein precursor  45.9 
 
 
624 aa  521  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04006  thiol:disulfide interchange protein precursor  44.21 
 
 
565 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4605  thiol:disulfide interchange protein precursor  44.65 
 
 
565 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0011627  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4665  thiol:disulfide interchange protein precursor  44.04 
 
 
565 aa  507  9.999999999999999e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.836853  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4691  thiol:disulfide interchange protein precursor  44.21 
 
 
565 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3876  thiol:disulfide interchange protein precursor  44.54 
 
 
565 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4377  thiol:disulfide interchange protein precursor  44.21 
 
 
565 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111987  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03968  hypothetical protein  44.21 
 
 
565 aa  506  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3856  Protein-disulfide reductase  44.37 
 
 
565 aa  502  1e-141  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5652  thiol:disulfide interchange protein precursor  44.21 
 
 
565 aa  501  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000390549  normal  0.76636 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0323  thiol:disulfide interchange protein precursor  43.52 
 
 
563 aa  492  9.999999999999999e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000046864 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4593  thiol:disulfide interchange protein precursor  42.55 
 
 
567 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.610696 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4684  thiol:disulfide interchange protein precursor  42.72 
 
 
567 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4601  thiol:disulfide interchange protein precursor  42.55 
 
 
567 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4719  thiol:disulfide interchange protein precursor  42.38 
 
 
567 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0129572  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4741  thiol:disulfide interchange protein precursor  42.38 
 
 
567 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0503  thiol:disulfide interchange protein precursor  45.15 
 
 
583 aa  483  1e-135  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0403  thiol:disulfide interchange protein precursor  44.04 
 
 
561 aa  479  1e-134  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.471471  hitchhiker  0.00764608 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0722  thiol:disulfide interchange protein precursor  44.5 
 
 
583 aa  479  1e-134  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3828  thiol:disulfide interchange protein precursor  43.5 
 
 
595 aa  473  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.368823  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0728  thiol:disulfide interchange protein precursor  43.5 
 
 
595 aa  473  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3681  thiol:disulfide interchange protein precursor  43.5 
 
 
595 aa  473  1e-132  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.576987  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3535  thiol:disulfide interchange protein precursor  42.01 
 
 
572 aa  456  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3410  thiol:disulfide interchange protein precursor  40.9 
 
 
570 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0669  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  41.26 
 
 
810 aa  430  1e-119  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4167  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  41.28 
 
 
586 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0712  thiol:disulfide interchange protein precursor  38.95 
 
 
570 aa  403  1e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.642209  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0285  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.73 
 
 
789 aa  401  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.352123  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0446  protein-disulfide reductase  38.94 
 
 
731 aa  398  1e-109  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0372  Protein-disulfide reductase  40.73 
 
 
750 aa  392  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.754802  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3915  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.58 
 
 
613 aa  389  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1055  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.96 
 
 
626 aa  385  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000114598  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1041  DsbD family thiol:disulfide interchange protein  40.24 
 
 
745 aa  375  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0722  hypothetical protein  37.52 
 
 
586 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3288  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.04 
 
 
624 aa  376  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0741  hypothetical protein  37.01 
 
 
586 aa  374  1e-102  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2790  thiol:disulfide interchange protein DsbD  37.06 
 
 
589 aa  371  1e-101  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1181  thiol:disulfide interchange protein DsbD  38.64 
 
 
628 aa  367  1e-100  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.753424  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2559  thiol:disulfide interchange protein DsbD  38.55 
 
 
752 aa  362  1e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.745294  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2921  Protein-disulfide reductase  40.8 
 
 
604 aa  362  1e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000351714 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2990  thiol:disulfide interchange transmembrane protein  38.65 
 
 
608 aa  360  3e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2010  protein-disulfide reductase  37.82 
 
 
649 aa  354  2.9999999999999997e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231364 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0028  protein-disulfide reductase  34.61 
 
 
623 aa  351  3e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3268  Protein-disulfide reductase  39.18 
 
 
605 aa  345  8.999999999999999e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0181869 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3506  protein-disulfide reductase  36.8 
 
 
642 aa  345  2e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3936  protein-disulfide reductase  37.36 
 
 
577 aa  343  5e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.327412  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0281  thiol:disulfide interchange protein  34.92 
 
 
630 aa  340  2.9999999999999998e-92  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1778  protein-disulfide reductase  34.63 
 
 
629 aa  340  4e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3415  disulfide reductase  37.08 
 
 
623 aa  339  9.999999999999999e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.189847 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2329  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.35 
 
 
606 aa  338  1.9999999999999998e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0733929  normal  0.104839 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1355  Thioredoxin domain protein  36.1 
 
 
577 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1357  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.09 
 
 
612 aa  334  2e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.669889  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1568  protein-disulfide reductase  36.29 
 
 
622 aa  334  3e-90  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.314287  normal  0.0195641 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2683  protein-disulfide reductase  36.05 
 
 
654 aa  334  3e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1312  Protein-disulfide reductase  37.17 
 
 
625 aa  333  6e-90  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0091784  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2056  divalent cation transporter  35.7 
 
 
575 aa  332  9e-90  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000288452  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0701  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.72 
 
 
616 aa  330  4e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0529075  hitchhiker  0.000000140832 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3615  Protein-disulfide reductase  34.69 
 
 
626 aa  330  4e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0573017  hitchhiker  0.0000000193428 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0545  thiol:disulfide interchange protein DsbD  34.72 
 
 
616 aa  330  4e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.221768  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2810  protein-disulfide reductase  34.76 
 
 
618 aa  323  4e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.126387  normal  0.451155 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0022  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.3 
 
 
614 aa  320  5e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2394  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.12 
 
 
612 aa  320  6e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000654714  hitchhiker  0.0000354348 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0343  protein-disulfide reductase  33.33 
 
 
631 aa  319  1e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0138358 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0520  protein-disulfide reductase  35.66 
 
 
610 aa  317  4e-85  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00644414  normal  0.263509 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0145  cytochrome C biogenesis protein transmembrane region  32.11 
 
 
570 aa  314  2.9999999999999996e-84  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2730  protein-disulfide reductase  32.58 
 
 
615 aa  313  7.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0377  protein-disulfide reductase  32.58 
 
 
615 aa  313  7.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1683  thiol:disulfide interchange protein DsbD  33.22 
 
 
624 aa  311  2e-83  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.424941  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2592  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.44 
 
 
654 aa  311  2e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6280  protein-disulfide reductase  32.66 
 
 
623 aa  311  2.9999999999999997e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.432431 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2773  Protein-disulfide reductase  36.05 
 
 
632 aa  310  4e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4360  thiol:disulfide interchange protein  33.51 
 
 
603 aa  310  5e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0322676  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2980  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.7 
 
 
611 aa  310  5.9999999999999995e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702235  normal  0.0981242 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0296  protein-disulfide reductase  33.04 
 
 
611 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.58017  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0561  thiol:disulfide interchange protein precursor  35.38 
 
 
590 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0980  thiol:disulfide interchange protein DsbD (protein-disulfide reductase) (disulfide reductase)  32.51 
 
 
574 aa  305  1.0000000000000001e-81  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0356  protein-disulfide reductase  32.78 
 
 
615 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.456746 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3039  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  33.74 
 
 
627 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>