More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4005 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_0817  histidine kinase  65.03 
 
 		 543 aa  678    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.874931  hitchhiker  0.000000000210514 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3894  sensor histidine kinase  64.7 
 
 		 543 aa  696    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  76.52 
 
 		 546 aa  815    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.621708 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3567  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  65.03 
 
 		 543 aa  678    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0137414  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0824  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  64.84 
 
 		 543 aa  676    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.468907 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0547  sensor histidine kinase  63.45 
 
 		 547 aa  681    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.562104  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0543  ATP-binding region, ATPase-like protein  60.9 
 
 		 534 aa  644    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3225  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  65.43 
 
 		 543 aa  703    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000746218 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3249  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  74.15 
 
 		 546 aa  806    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.632077 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0764  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  65.43 
 
 		 543 aa  703    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.757334  hitchhiker  0.000343256 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  63.53 
 
 		 548 aa  676    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0612019  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0792  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  65.03 
 
 		 543 aa  675    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4005  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 545 aa  1106    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000706341 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0736  ATPase domain-containing protein  65.06 
 
 		 543 aa  704    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000490957 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0505  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  60.27 
 
 		 530 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.903517  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1052  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.01 
 
 		 579 aa  196  7e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.17007  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3113  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.61 
 
 		 962 aa  193  5e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0730498  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2248  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.26 
 
 		 936 aa  192  2e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.237382  normal  0.945372 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  35.88 
 
 		 950 aa  186  7e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1964  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.52 
 
 		 427 aa  179  9e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00543356  normal  0.092514 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2945  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.95 
 
 		 514 aa  178  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1337  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.31 
 
 		 453 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.154373  hitchhiker  0.00314731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1402  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.31 
 
 		 453 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0809579 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0214  histidine kinase  36.3 
 
 		 657 aa  173  5.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0438  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.75 
 
 		 914 aa  173  7.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.41519  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1390  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.87 
 
 		 453 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0606319  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.33 
 
 		 1242 aa  172  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2962  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.73 
 
 		 729 aa  172  1e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1492  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.43 
 
 		 453 aa  172  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.609505  normal  0.551578 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2867  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.43 
 
 		 453 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5593  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.96 
 
 		 506 aa  171  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0938  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.57 
 
 		 662 aa  171  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.578499  normal  0.445818 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3013  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.04 
 
 		 453 aa  171  3e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2884  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.43 
 
 		 453 aa  171  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.260369  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2270  ATPase domain-containing protein  34.81 
 
 		 471 aa  169  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.250434 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2082  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  37.88 
 
 		 436 aa  169  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0339315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2791  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.44 
 
 		 1226 aa  168  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.544858 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2545  histidine kinase  34.81 
 
 		 471 aa  167  4e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0677665 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1781  signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  37.68 
 
 		 454 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000350892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  37.64 
 
 		 422 aa  166  9e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  33.11 
 
 		 1250 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0932  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.33 
 
 		 632 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3162  sensor histidine kinase  37.36 
 
 		 453 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4665  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.54 
 
 		 670 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4374  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 		 690 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00277  Signal transduction histidine kinase (contains HAMP domain)  33.99 
 
 		 560 aa  164  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2516  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 		 805 aa  164  3e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.436888  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03441  Signal transduction histidine kinase  29.13 
 
 		 499 aa  164  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1018  sensory box sensor histidine kinase  37.1 
 
 		 648 aa  164  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1360  cellulose binding, type IV  32.43 
 
 		 544 aa  163  7e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0712  putative sensor histidine kinase  37.77 
 
 		 667 aa  163  8.000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0966  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.64 
 
 		 632 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.43 
 
 		 789 aa  161  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.774871 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2545  ATP-binding region, ATPase-like protein  36.4 
 
 		 454 aa  161  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0958  histidine kinase  35.64 
 
 		 632 aa  161  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1744  Signal transduction histidine kinase  34.6 
 
 		 893 aa  160  5e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.410742  normal  0.243263 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4495  sensory box sensor histidine kinase  31.22 
 
 		 508 aa  160  6e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1306  histidine kinase  33.45 
 
 		 663 aa  160  6e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0116699  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 		 632 aa  160  7e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2525  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.25 
 
 		 449 aa  159  8e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3281  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.84 
 
 		 781 aa  159  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3235  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.07 
 
 		 498 aa  159  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2754  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.63 
 
 		 466 aa  159  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.762714  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01214  sensor histidine kinase  35.61 
 
 		 450 aa  159  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.699466  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 		 1237 aa  158  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5275  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 		 693 aa  159  2e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.98 
 
 		 893 aa  157  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.546026 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0954  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 		 699 aa  157  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0867  ATPase domain-containing protein  35.12 
 
 		 632 aa  157  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1486  histidine kinase  35.32 
 
 		 473 aa  157  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3384  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 		 898 aa  157  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3685  histidine kinase  38.13 
 
 		 708 aa  155  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1205  sensor histidine kinase  26.56 
 
 		 580 aa  155  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 		 683 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.853209  hitchhiker  0.00641465 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0096  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.59 
 
 		 692 aa  153  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2828  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.06 
 
 		 410 aa  152  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2177  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.84 
 
 		 885 aa  152  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 		 762 aa  151  3e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.111352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3787  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.99 
 
 		 560 aa  151  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3600  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.97 
 
 		 900 aa  150  8e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.182555  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0081  histidine kinase  33.22 
 
 		 529 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.63025  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2390  histidine kinase  32.73 
 
 		 757 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.534498  normal  0.927047 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2113  ATPase domain-containing protein  32.36 
 
 		 757 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.275639  normal  0.031966 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1149  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.42 
 
 		 833 aa  148  3e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.355741  normal  0.205094 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2375  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.21 
 
 		 504 aa  147  6e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0299267  normal  0.484722 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 		 779 aa  147  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.85917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6237  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.49 
 
 		 721 aa  145  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703753 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2356  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.91 
 
 		 900 aa  144  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0113546  normal  0.244783 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2475  sensor histidine kinase/response regulator  26.71 
 
 		 784 aa  144  5e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.446979  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2473  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  35.02 
 
 		 550 aa  144  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3109  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.13 
 
 		 901 aa  144  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143082 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2378  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.19 
 
 		 638 aa  144  5e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4414  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 		 506 aa  143  8e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3880  Signal transduction histidine kinase regulating C4-dicarboxylate transport system-like protein  30.03 
 
 		 680 aa  141  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0660  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 		 625 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5588  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 		 773 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2013  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.63 
 
 		 575 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.899017  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3809  Signal transduction histidine kinase-like  36.47 
 
 		 612 aa  136  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1770  histidine kinase  30.16 
 
 		 778 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0664  Signal transduction histidine kinase-like protein  36 
 
 		 543 aa  134  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>