106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3963 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3963  hypothetical protein  100 
 
 		 294 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.144543  normal  0.129841 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2734  hypothetical protein  68.84 
 
 		 293 aa  444  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0618  hypothetical protein  66.44 
 
 		 294 aa  429  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3216  hypothetical protein  67.71 
 
 		 299 aa  422  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1915  UspA domain-containing protein  59.86 
 
 		 289 aa  385  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0585  hypothetical protein  48.62 
 
 		 293 aa  291  1e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.723189  decreased coverage  0.000113105 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3443  hypothetical protein  38.54 
 
 		 303 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2103  hypothetical protein  29.31 
 
 		 293 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0483069  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2938  universal stress protein  29.45 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0629  UspA domain-containing protein  32.59 
 
 		 271 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2220  universal stress protein UspE  26.97 
 
 		 310 aa  103  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2019  universal stress protein UspE  24.32 
 
 		 309 aa  100  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.865134  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2015  universal stress protein UspE  24.66 
 
 		 310 aa  99.4  7e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000455059 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1960  universal stress protein UspE  24.66 
 
 		 310 aa  99.4  7e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00778314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2116  universal stress protein UspE  24.66 
 
 		 310 aa  99.4  7e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.673331  normal  0.0394292 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2416  universal stress protein UspE  26.04 
 
 		 310 aa  98.2  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268854  decreased coverage  0.000000187412 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2355  universal stress protein UspE  23.99 
 
 		 310 aa  97.1  3e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4496  universal stress protein UspE  24.32 
 
 		 310 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2210  universal stress protein UspE  24.32 
 
 		 310 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000689351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2211  universal stress protein UspE  24.32 
 
 		 310 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00209938  normal  0.266977 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2223  universal stress protein UspE  24.32 
 
 		 310 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000145957  normal  0.12873 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2161  universal stress protein UspE  23.99 
 
 		 310 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0882327  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1994  universal stress protein UspE  25.83 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.436901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1950  universal stress protein UspE  23.65 
 
 		 310 aa  92.8  6e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1800  universal stress protein UspE  25.76 
 
 		 310 aa  92.4  9e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.846071  normal  0.320472 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2223  universal stress protein UspE  22.97 
 
 		 310 aa  92  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0502569  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2065  universal stress protein UspE  25.08 
 
 		 311 aa  89.4  7e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01310  stress-induced protein  25.45 
 
 		 316 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2312  UspA domain protein  25.45 
 
 		 316 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.172993  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1449  universal stress protein UspE  25.45 
 
 		 316 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2292  universal stress protein UspE  25.45 
 
 		 316 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1789  universal stress protein UspE  25.45 
 
 		 316 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1980  universal stress protein UspE  25.45 
 
 		 316 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.420697 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01320  hypothetical protein  25.45 
 
 		 316 aa  87.4  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1842  universal stress protein UspE  23.99 
 
 		 309 aa  87  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000992679  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1545  universal stress protein UspE  25.45 
 
 		 316 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1851  universal stress protein UspE  25.45 
 
 		 316 aa  86.7  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.749942 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1784  universal stress protein UspE  24.81 
 
 		 315 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334213  normal  0.266242 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1846  universal stress protein UspE  24.81 
 
 		 315 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.717195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1786  universal stress protein UspE  24.81 
 
 		 315 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.144508 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1490  universal stress protein UspE  24.81 
 
 		 315 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0578551  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1672  universal stress protein UspE  24.81 
 
 		 315 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0632813 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1863  universal stress protein UspE  24.18 
 
 		 319 aa  84.3  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.809514  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3393  hypothetical protein  27.35 
 
 		 287 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2583  universal stress protein UspE  25.1 
 
 		 320 aa  82.4  0.000000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3514  hypothetical protein  26.81 
 
 		 287 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.306404  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2080  universal stress protein UspE  23.97 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.108307  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2106  universal stress protein UspE  24.32 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.107549  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41440  hypothetical protein  26.61 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2187  universal stress protein  25.84 
 
 		 287 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3550  UspA domain-containing protein  26.32 
 
 		 287 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1811  UspA domain-containing protein  25.36 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2576  UspA domain-containing protein  28.5 
 
 		 287 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140838  hitchhiker  0.00089263 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2399  universal stress protein UspE  23.64 
 
 		 316 aa  78.2  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0930  universal stress protein UspE  24.77 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.92756 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1986  universal stress protein UspE  24.11 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.652994  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3237  universal stress protein  26.2 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3432  UspA domain-containing protein  24.88 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.85473  normal  0.743493 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1572  universal stress protein UspE  22.31 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.322555  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2453  UspA domain-containing protein  26.2 
 
 		 296 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1832  universal stress protein UspE  23.08 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1943  universal stress protein UspE  23.08 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.361169  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0879  universal stress protein UspE  21.67 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0349688  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1103  UspA domain-containing protein  25.44 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.384617  normal  0.477468 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1169  UspA domain-containing protein  25.44 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0512262  normal  0.061235 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02064  universal stress protein UspE  22.35 
 
 		 307 aa  67.4  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00593148  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1103  hypothetical protein  25 
 
 		 291 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.21994  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02294  universal stress protein UspE  22.15 
 
 		 315 aa  64.7  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25790  universal stress protein, UspA family  26.41 
 
 		 311 aa  64.3  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1258  universal stress protein UspA  22.07 
 
 		 320 aa  63.5  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0722  hypothetical protein  22.86 
 
 		 294 aa  62  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.483462 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3344  hypothetical protein  24.33 
 
 		 307 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003476  universal stress protein E  23.58 
 
 		 254 aa  60.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.181718  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2285  hypothetical protein  24.65 
 
 		 323 aa  60.1  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1288  universal stress protein UspA  24.9 
 
 		 310 aa  57.8  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1041  UspA domain-containing protein  21.99 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2095  UspA domain-containing protein  27.03 
 
 		 320 aa  55.1  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3296  universal stress protein  21.38 
 
 		 307 aa  54.7  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2951  universal stress protein UspA  26.44 
 
 		 318 aa  54.3  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.70353  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3031  UspA domain-containing protein  24.81 
 
 		 308 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.497745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0834  UspA domain protein  23.04 
 
 		 315 aa  53.9  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.652975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2623  putative universal stress protein  27.23 
 
 		 308 aa  52.8  0.000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1044  universal stress protein UspE  20.93 
 
 		 315 aa  52.8  0.000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.106711  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1615  UspA domain protein  23.04 
 
 		 315 aa  52  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38400  universal stress protein family  24.47 
 
 		 310 aa  50.4  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3342  hypothetical protein  19.66 
 
 		 305 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.662627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3008  UspA domain-containing protein  23.86 
 
 		 298 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3260  UspA domain-containing protein  21.36 
 
 		 302 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0884  UspA domain-containing protein  20.47 
 
 		 294 aa  48.5  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1066  GGDEF  17.39 
 
 		 271 aa  48.1  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03146  Universal stress protein, UspA  22.01 
 
 		 315 aa  47.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.747468  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3288  universal stress protein  24.74 
 
 		 308 aa  47  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2470  UspA domain-containing protein  24.87 
 
 		 308 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595783  normal  0.514134 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1714  hypothetical protein  27.39 
 
 		 150 aa  45.4  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1119  hypothetical protein  22.58 
 
 		 313 aa  45.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0988  UspA domain-containing protein  23.46 
 
 		 296 aa  45.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2765  UspA domain-containing protein  24.62 
 
 		 318 aa  45.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4083  UspA domain-containing protein  25.76 
 
 		 172 aa  45.8  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.391845  normal  0.267182 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000419  universal stress protein family 1  25.62 
 
 		 311 aa  44.3  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5580  UspA domain protein  28.85 
 
 		 168 aa  43.5  0.005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.88885  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>