More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3932 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 262 aa  540  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1329  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 253 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1339  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 253 aa  102  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3019  extracellular solute-binding protein family 3  25 
 
 		 253 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.683657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1365  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 322 aa  98.2  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.975535 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2926  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 		 258 aa  95.1  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.441987  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2828  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 		 258 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2750  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  23.48 
 
 		 258 aa  91.7  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 252 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1176  extracellular solute-binding protein family 3  24.79 
 
 		 312 aa  85.1  9e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.975063 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1503  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  24.53 
 
 		 258 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1256  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  23.11 
 
 		 253 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  23.02 
 
 		 262 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  27.47 
 
 		 264 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 		 275 aa  72.8  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  24.03 
 
 		 275 aa  70.5  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  23.77 
 
 		 262 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 262 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 258 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.64 
 
 		 263 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  20.34 
 
 		 457 aa  67.4  0.0000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  22.52 
 
 		 270 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0527  hypothetical protein  25.75 
 
 		 261 aa  66.6  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0526  hypothetical protein  20.93 
 
 		 268 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.601603  normal  0.130395 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 286 aa  66.2  0.0000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1802  histidine kinase  26.41 
 
 		 540 aa  65.5  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.963501  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  29.74 
 
 		 247 aa  65.1  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  24.01 
 
 		 257 aa  64.7  0.000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2377  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.79 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.730778  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  24.78 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 270 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3266  putative PAS/PAC sensor protein  25.88 
 
 		 830 aa  62.4  0.000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1407  hypothetical protein  26.89 
 
 		 245 aa  62  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0802  hypothetical protein  23.01 
 
 		 285 aa  62  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0594  hypothetical protein  25.59 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.744113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0411  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  25.33 
 
 		 238 aa  61.2  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  24.78 
 
 		 255 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.71 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  18.94 
 
 		 258 aa  59.7  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2855  extracellular solute-binding protein  22.27 
 
 		 249 aa  59.7  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  23.05 
 
 		 252 aa  58.9  0.00000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.33 
 
 		 267 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2649  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.95 
 
 		 269 aa  58.2  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  27.73 
 
 		 245 aa  58.2  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  21.93 
 
 		 243 aa  58.5  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 		 245 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  23.61 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  23.79 
 
 		 255 aa  57.8  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  26.22 
 
 		 714 aa  57.4  0.0000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2873  hypothetical protein  28.68 
 
 		 267 aa  57.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0466901  normal  0.646305 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1706  glutamine ABC transporter periplasmic protein  24.03 
 
 		 252 aa  57.4  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.114527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3223  extracellular solute-binding protein  22.18 
 
 		 268 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  22.68 
 
 		 243 aa  57  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  20.8 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 266 aa  56.6  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 260 aa  56.2  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  20.8 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1728  histidine kinase  25.11 
 
 		 560 aa  55.8  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.864697  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1233  CjaC  26.32 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.4 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2102  histidine kinase  25.65 
 
 		 575 aa  55.5  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.05 
 
 		 584 aa  55.5  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1213  extracellular solute-binding protein  21.4 
 
 		 292 aa  55.5  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.354605  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2755  periplasmic substrate-binding protein/sensor histidine kinase  25 
 
 		 590 aa  55.1  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  21.78 
 
 		 272 aa  55.1  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.33 
 
 		 253 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  23.5 
 
 		 297 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2473  succinate dehydrogenase (ubiquinone)  24.9 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.675099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2626  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtI  20.34 
 
 		 243 aa  53.9  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.359067  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0754  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 		 252 aa  54.3  0.000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  decreased coverage  0.00633321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1232  arginine-binding periplasmic protein 1  21.55 
 
 		 242 aa  53.9  0.000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2711  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  20.34 
 
 		 243 aa  53.9  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1582  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtI  20.34 
 
 		 243 aa  53.9  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  22.35 
 
 		 264 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1142  extracellular solute-binding protein  20.99 
 
 		 292 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  21.33 
 
 		 272 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.75 
 
 		 604 aa  53.9  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  23.77 
 
 		 263 aa  54.7  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1967  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  20.26 
 
 		 243 aa  54.3  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.471515  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  21.33 
 
 		 272 aa  54.3  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  21.01 
 
 		 268 aa  53.9  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 274 aa  53.5  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2283  ABC transporter  25.42 
 
 		 250 aa  53.5  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0366  extracellular solute-binding protein  23.01 
 
 		 253 aa  53.5  0.000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.54 
 
 		 255 aa  53.5  0.000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.279039  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  21.28 
 
 		 483 aa  53.1  0.000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0339  amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  24.28 
 
 		 264 aa  53.5  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.140169  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  26.17 
 
 		 248 aa  53.5  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2355  ABC transporter  25.62 
 
 		 250 aa  53.1  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0184824  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  22.22 
 
 		 274 aa  53.1  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3391  putative PAS/PAC sensor protein  21.62 
 
 		 1301 aa  52.8  0.000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0258089  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.18 
 
 		 265 aa  52.4  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3412  extracellular solute-binding protein  21.31 
 
 		 296 aa  52.4  0.000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0467  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  25 
 
 		 264 aa  52.4  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0226  metal dependent phosphohydrolase  24.12 
 
 		 770 aa  52.4  0.000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  21.51 
 
 		 255 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2573  extracellular solute-binding protein  21.29 
 
 		 280 aa  52.4  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000612077  hitchhiker  0.000188073 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  20.45 
 
 		 265 aa  52.4  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  23.04 
 
 		 246 aa  52.4  0.000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>