More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3908 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3908  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 258 aa  512  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3816  ABC-2 type transporter  92.25 
 
 		 258 aa  482  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.791577 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0690  ABC-2 type transporter  90.7 
 
 		 258 aa  478  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.809524  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3140  ABC-2 type transporter  89.53 
 
 		 262 aa  471  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.432553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0723  ABC-2 type transporter  87.5 
 
 		 256 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3711  ABC-2 type transporter  87.5 
 
 		 256 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3519  ABC-2 type transporter  87.5 
 
 		 256 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.238751  normal  0.0167423 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3588  ABC-2 type transporter  87.5 
 
 		 256 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0782802  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3801  ABC transporter, permease protein  87.5 
 
 		 256 aa  456  1e-127  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0831  ABC-2 type transporter  87.5 
 
 		 256 aa  455  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0652  hypothetical protein  87.5 
 
 		 256 aa  456  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3143  ABC-2 type transporter  87.5 
 
 		 256 aa  454  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0795  ABC-2 type transporter  87.11 
 
 		 256 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0824  ABC-2 type transporter  87.11 
 
 		 256 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3231  ABC-2 type transporter  85.55 
 
 		 256 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0773  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems permease component  83.2 
 
 		 256 aa  434  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002558  ABC-type multidrug transport system permease component  69.53 
 
 		 256 aa  379  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.644442  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03454  hypothetical protein  68.75 
 
 		 256 aa  374  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0121  putative permease  69.14 
 
 		 256 aa  377  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1025  ABC-2 type transporter  66.02 
 
 		 256 aa  359  2e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0880893  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3121  ABC-2 type transporter  66.8 
 
 		 256 aa  358  3e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1005  ABC transporter, permease protein  69.72 
 
 		 254 aa  358  5e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03555  ABC-type multidrug transport system, permease component  68.67 
 
 		 271 aa  358  6e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2614  ABC transporter, integral membrane protein  69.92 
 
 		 256 aa  357  9.999999999999999e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.838377  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3995  ABC-2 type transporter  67.19 
 
 		 256 aa  356  1.9999999999999998e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0188  ABC transporter permease  67.58 
 
 		 256 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.137921  normal  0.864827 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0197  ABC transporter permease  67.58 
 
 		 256 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.737997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0192  ABC transporter permease  67.58 
 
 		 256 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.201983  normal  0.333926 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1016  ABC transporter permease  66.02 
 
 		 256 aa  353  2e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.875005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0205  ABC transporter, permease protein  67.58 
 
 		 256 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0189  ABC transporter permease protein  67.58 
 
 		 256 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3348  ABC transporter, permease protein  66.02 
 
 		 256 aa  352  4e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0192428  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3476  ABC-2 type transporter  66.02 
 
 		 256 aa  352  4e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0849  ABC-type multidrug transport system, permease component  64.66 
 
 		 254 aa  347  1e-94  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.227676  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0574  ABC-2 type transporter permease protein  66.8 
 
 		 257 aa  345  4e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00127  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  65.23 
 
 		 256 aa  342  5e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3474  ABC-2 type transporter  65.23 
 
 		 256 aa  342  5e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00126  hypothetical protein  65.23 
 
 		 256 aa  342  5e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0138  ABC transporter, permease protein  65.23 
 
 		 256 aa  342  5e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0136  ABC transporter, permease protein  65.23 
 
 		 256 aa  342  5e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3531  ABC-2 type transporter  65.23 
 
 		 256 aa  342  5e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0130  ABC transporter, permease protein  65.23 
 
 		 256 aa  342  5e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0132  ABC transporter, permease protein  65.23 
 
 		 256 aa  342  5e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0121  ABC transporter, permease protein  65.23 
 
 		 256 aa  341  8e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0676  ABC-2 type transporter  67.97 
 
 		 256 aa  339  2.9999999999999998e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.655554 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3928  ABC-2 type transporter  69.08 
 
 		 256 aa  328  5.0000000000000004e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1171  16S rRNA processing protein RimM  61 
 
 		 257 aa  326  2.0000000000000001e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.730617  hitchhiker  0.000000152208 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1098  ABC-2 type transporter  61.48 
 
 		 257 aa  325  3e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2137  ABC-2 type transporter  62.25 
 
 		 257 aa  324  7e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0672016  normal  0.103113 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1078  ABC-2 type transporter  60.77 
 
 		 260 aa  321  9.000000000000001e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1779  ABC-2 type transporter  60.24 
 
 		 275 aa  320  9.999999999999999e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1157  ABC-2 type transporter  65.23 
 
 		 256 aa  318  5e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0839963  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1860  ABC-2 type transporter  59.44 
 
 		 257 aa  315  4e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2833  ABC transporter, inner membrane subunit  58.53 
 
 		 258 aa  315  6e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0461  hypothetical protein  59.68 
 
 		 257 aa  311  7.999999999999999e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0612935  normal  0.787561 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1352  hypothetical protein  58.66 
 
 		 257 aa  310  2e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000725132  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1984  ABC-2 type transporter  58.63 
 
 		 260 aa  310  2e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0219123  normal  0.0104118 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0427  ABC transporter, inner membrane subunit  59.27 
 
 		 257 aa  308  4e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0607  ABC-2 type transporter  60.89 
 
 		 271 aa  308  5.9999999999999995e-83  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.837549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2826  ABC-2 type transporter  64.06 
 
 		 256 aa  307  1.0000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.525501  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1471  ABC-2 type transporter  59.04 
 
 		 259 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1896  ABC transporter  58.23 
 
 		 259 aa  300  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.312969  hitchhiker  0.0000781572 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1631  hypothetical protein  58.23 
 
 		 262 aa  300  1e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000356157  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3854  ABC transporter, permease protein  57.43 
 
 		 262 aa  298  8e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.605289  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15510  ABC-2 type transporter, permease component  59.84 
 
 		 259 aa  297  9e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2346  ABC transporter  56.92 
 
 		 259 aa  297  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0982615  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27780  putative ABC transporter, permease protein  57.03 
 
 		 259 aa  297  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.235012 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2121  ABC transporter, permease protein  58.89 
 
 		 254 aa  295  6e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02790  permease  55.82 
 
 		 263 aa  292  4e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1920  ABC-2 type transporter  57.43 
 
 		 264 aa  292  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00135758  normal  0.376856 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3881  ABC-2 type transporter  55.42 
 
 		 263 aa  291  7e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.574088  normal  0.697417 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4180  hypothetical protein  57.43 
 
 		 259 aa  288  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1506  ABC-2 type transporter  58.23 
 
 		 259 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3819  ABC-2 type transporter  58.23 
 
 		 259 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.728867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0881  ABC-2 type transporter  53.31 
 
 		 276 aa  281  8.000000000000001e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1142  ABC transporter permease protein  53.82 
 
 		 257 aa  278  7e-74  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0101435  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1012  ABC transporter, permease protein  53.82 
 
 		 257 aa  278  7e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000447992  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0559  ABC transporter permease protein  52.85 
 
 		 259 aa  270  1e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0495  ABC-2 type transporter  52.85 
 
 		 259 aa  270  1e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0454  hypothetical protein  43.78 
 
 		 257 aa  236  4e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0430  hypothetical protein  43.78 
 
 		 257 aa  236  4e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0800  ABC-2 type transporter  44.49 
 
 		 257 aa  224  1e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0251444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2524  ABC-2 type transporter  42.13 
 
 		 253 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.438838  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1926  ABC-2 type transporter  37.5 
 
 		 255 aa  185  5e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.14437 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0639  ABC-2 type transporter  37.1 
 
 		 253 aa  185  8e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2362  ABC transporter, inner membrane subunit  38.15 
 
 		 253 aa  183  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0916375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6150  putative ABC-2 type transporter (permease protein)  37.35 
 
 		 253 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00809538  normal  0.0938496 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3270  ABC-2 type transporter  39.08 
 
 		 253 aa  182  6e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1221  ABC-2 type transporter  39.32 
 
 		 253 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.389129  decreased coverage  0.00710452 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0097  ABC type transport system, integral membrane protein  40.16 
 
 		 264 aa  181  1e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2326  ABC-2 type transporter  40.85 
 
 		 253 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0379  ABC-2 type transporter  36.78 
 
 		 259 aa  181  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1332  ABC-2 type transporter  37.9 
 
 		 253 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.993972  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0411  ABC-2 type transporter  36.78 
 
 		 259 aa  181  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.164581 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4025  ABC-2 type transporter  36.82 
 
 		 253 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0747  hypothetical protein  38.78 
 
 		 253 aa  180  2e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0447  ABC-2 type transporter  37.7 
 
 		 259 aa  180  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0808  hypothetical protein  40.17 
 
 		 253 aa  180  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0749  ABC-2 type transporter  36.82 
 
 		 253 aa  180  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.41583 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0977  ABC transporter permease protein  35.66 
 
 		 255 aa  179  4e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.024266  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>