40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3889 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3788  phosphate-selective porin O and P  90.13 
 
 
395 aa  747    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000264942  decreased coverage  0.00000068158 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0712  phosphate-selective porin O and P  87.12 
 
 
392 aa  717    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000988796  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3889  phosphate-selective porin O and P  100 
 
 
395 aa  810    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000019269  decreased coverage  0.000370882 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3120  phosphate-selective porin O and P  81.73 
 
 
390 aa  674    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000046634  unclonable  0.00000572585 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2014  phosphate-selective porin O and P  80.41 
 
 
393 aa  645    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.637056  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0638  phosphate-selective porin O and P  76.96 
 
 
393 aa  637    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000222961  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4035  phosphate-selective porin O and P  76.08 
 
 
391 aa  629  1e-179  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0589  phosphate-selective porin O and P  75.95 
 
 
391 aa  623  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000499281  unclonable  0.0000111386 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4602  hypothetical protein  64.84 
 
 
392 aa  524  1e-147  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0706  putative signal peptide protein  52.36 
 
 
407 aa  404  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.278446  normal  0.126589 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1315  putative signal peptide protein  51.39 
 
 
372 aa  402  1e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000348515  n/a   
 
 
 
NC_007912  Sde_2437  hypothetical protein  49.75 
 
 
398 aa  371  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000306411  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2973  hypothetical protein  35.46 
 
 
490 aa  166  9e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000455039  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01730  putative signal peptide protein  30.21 
 
 
457 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1905  hypothetical protein  31.74 
 
 
505 aa  160  4e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1559  phosphate-selective porin O and P  30.18 
 
 
458 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.186929 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1888  phosphate-selective porin O and P  30.18 
 
 
458 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00748844  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0905  hypothetical protein  28.79 
 
 
451 aa  153  5.9999999999999996e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1184  hypothetical protein  30.24 
 
 
410 aa  150  3e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2944  hypothetical protein  31.46 
 
 
420 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140156  hitchhiker  0.0032138 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2247  hypothetical protein  32.67 
 
 
431 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.310158 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0930  hypothetical protein  26.76 
 
 
419 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000108303  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1567  hypothetical protein  29.25 
 
 
447 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2384  hypothetical protein  29.81 
 
 
450 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.537039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2296  hypothetical protein  29.81 
 
 
448 aa  113  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.744575  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0425  hypothetical protein  25.23 
 
 
413 aa  110  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000166547  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0447  hypothetical protein  25.64 
 
 
413 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0693  hypothetical protein  27.39 
 
 
454 aa  97.8  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0790  hypothetical protein  24.63 
 
 
461 aa  87.4  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0810  hypothetical protein  25.21 
 
 
467 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.682214  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0675  hypothetical protein  27.19 
 
 
481 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0234348 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0936  hypothetical protein  23.97 
 
 
468 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104038  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3793  hypothetical protein  24.47 
 
 
465 aa  79.7  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000178587  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0970  hypothetical protein  23.76 
 
 
468 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000021772  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0670  hypothetical protein  32.28 
 
 
469 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2608  hypothetical protein  23.73 
 
 
567 aa  75.1  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0721  hypothetical protein  27.22 
 
 
491 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000460382  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00880  phosphate-selective porin O and P  38.2 
 
 
333 aa  48.9  0.0001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3098  hypothetical protein  38.36 
 
 
304 aa  45.4  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.234071  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1834  hypothetical protein  24.17 
 
 
471 aa  43.5  0.006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.563481  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>