More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3877 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3776  flavocytochrome c  91.26 
 
 
596 aa  1110    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00235124 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0970  fumarate reductase flavoprotein subunit precursor  63.95 
 
 
596 aa  733    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0859  flavocytochrome c  63.27 
 
 
596 aa  733    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3505  flavocytochrome c  63.27 
 
 
596 aa  733    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3433  flavocytochrome c  63.27 
 
 
596 aa  733    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3112  flavocytochrome c  89.08 
 
 
596 aa  1085    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000541974 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0905  flavocytochrome c  63.73 
 
 
597 aa  731    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.604755  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3877  succinate dehydrogenase  100 
 
 
596 aa  1228    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000270258  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0808  flavocytochrome c  64.12 
 
 
596 aa  736    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.587828  normal  0.0624147 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3215  flavocytochrome c  64.12 
 
 
596 aa  735    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.57421 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3690  flavocytochrome c  87.11 
 
 
583 aa  1038    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3318  flavocytochrome c  63.95 
 
 
596 aa  733    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.5959  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0722  flavocytochrome c  87.56 
 
 
596 aa  1082    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0611  fumarate reductase flavoprotein subunit precursor  62.54 
 
 
593 aa  719    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.755689 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3628  flavocytochrome c  63.27 
 
 
596 aa  733    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3541  flavocytochrome c  52.08 
 
 
589 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000144139  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3597  flavocytochrome c  51.36 
 
 
591 aa  573  1.0000000000000001e-162  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4036  flavocytochrome c  47.89 
 
 
598 aa  526  1e-148  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4127  flavocytochrome c  47.54 
 
 
598 aa  526  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.431024 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3625  flavocytochrome c  47.98 
 
 
596 aa  525  1e-147  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0810  flavocytochrome c  44.56 
 
 
589 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2586  flavocytochrome c  43.2 
 
 
588 aa  500  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.110511  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1421  fumarate reductase flavoprotein subunit  41.57 
 
 
589 aa  438  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4309  flavocytochrome c  50.11 
 
 
598 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000651715  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3299  flavocytochrome c  46.62 
 
 
597 aa  381  1e-104  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3126  flavocytochrome c  46.07 
 
 
925 aa  375  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1226  fumarate reductase flavoprotein subunit  43.18 
 
 
502 aa  365  1e-100  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00121043  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2558  flavocytochrome c  44.06 
 
 
926 aa  363  3e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0327685 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2625  flavocytochrome c  45.94 
 
 
957 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.809387  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3495  flavocytochrome c  45.12 
 
 
925 aa  354  2.9999999999999997e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11650  flavocytochrome c  45.27 
 
 
504 aa  350  5e-95  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0138  flavocytochrome c  40.32 
 
 
608 aa  331  3e-89  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000254788  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1530  flavocytochrome c  39.74 
 
 
464 aa  329  8e-89  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000593943  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0098  fumarate reductase, flavoprotein subunit  37.86 
 
 
465 aa  315  9.999999999999999e-85  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0848  fumarate reductase, flavoprotein subunit  37.5 
 
 
457 aa  313  7.999999999999999e-84  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000988882  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2466  flavocytochrome c  38.83 
 
 
599 aa  296  7e-79  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3885  flavocytochrome c  39.87 
 
 
609 aa  281  3e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000688641  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0694  fumarate reductase, flavoprotein subunit precursor  36.83 
 
 
584 aa  273  7e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3574  flavocytochrome c  40.87 
 
 
586 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3912  flavocytochrome c  39.47 
 
 
586 aa  263  6e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3795  flavocytochrome c  36.29 
 
 
582 aa  262  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.343394  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4620  fumarate reductase, flavoprotein subunit precursor  36.08 
 
 
582 aa  258  2e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4004  flavocytochrome c  37.04 
 
 
582 aa  249  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0378  flavocytochrome c  38.71 
 
 
591 aa  244  3e-63  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000382997  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2096  flavocytochrome c  38.24 
 
 
515 aa  244  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148795  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0943  flavocytochrome c  36.72 
 
 
517 aa  242  2e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1861  flavocytochrome c  38.17 
 
 
515 aa  241  4e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1782  flavocytochrome c  38.2 
 
 
515 aa  241  4e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.283775  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4193  flavocytochrome c  35.73 
 
 
582 aa  240  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4325  flavocytochrome c  35.73 
 
 
582 aa  240  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0344  flavocytochrome c flavin subunit, putative  34.83 
 
 
519 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.892888 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10160  flavocytochrome c  37.89 
 
 
603 aa  234  5e-60  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.23612  normal  0.0211586 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0511  flavocytochrome c  34.63 
 
 
510 aa  233  7.000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0107  flavocytochrome c  36.7 
 
 
605 aa  231  3e-59  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2281  flavocytochrome c  34.83 
 
 
519 aa  230  5e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3368  flavocytochrome c  35.04 
 
 
519 aa  229  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3058  flavocytochrome c flavin subunit, putative  35.03 
 
 
517 aa  225  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0488  flavocytochrome c  35.38 
 
 
606 aa  223  6e-57  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.203471 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2741  flavocytochrome c  33.11 
 
 
637 aa  220  6e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2432  flavocytochrome c  34.54 
 
 
517 aa  220  7e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.77876  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1489  flavocytochrome c  34.23 
 
 
517 aa  219  8.999999999999998e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.803318 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_10064  predicted protein  33.61 
 
 
561 aa  219  1e-55  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.14351 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05539  oxidoreductase  33.65 
 
 
1004 aa  217  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_51720  fumarate reductase flavoprotein  33.47 
 
 
668 aa  216  7e-55  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.744935  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3768  flavocytochrome c  33.77 
 
 
515 aa  216  9.999999999999999e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.226332  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0136  flavocytochrome c flavin subunit  33.75 
 
 
517 aa  214  1.9999999999999998e-54  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.584631  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0049  fumarate reductase flavoprotein subunit  34.33 
 
 
616 aa  214  3.9999999999999995e-54  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00375543  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2381  NADH:flavin oxidoreductase/fumarate reductase, flavoprotein subunit, putative  31.9 
 
 
1005 aa  213  7e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13640  flavocytochrome c  34.28 
 
 
650 aa  212  1e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1803  FAD binding domain-containing protein  35.7 
 
 
521 aa  210  8e-53  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000300511  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0270  flavocytochrome c flavin subunit  34.47 
 
 
511 aa  209  1e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2933  flavocytochrome c  34.61 
 
 
521 aa  208  2e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3301  flavocytochrome c flavin subunit  32.9 
 
 
499 aa  208  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_52061  predicted protein  33.77 
 
 
587 aa  207  3e-52  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_27122  predicted protein  33.77 
 
 
587 aa  207  3e-52  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.0188056 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1444  flavocytochrome c  32.98 
 
 
512 aa  206  1e-51  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10296  FAD dependent oxidoreductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G05070)  33.4 
 
 
484 aa  202  9.999999999999999e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13430  flavocytochrome c  33.26 
 
 
616 aa  202  9.999999999999999e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2653  flavocytochrome c  33.91 
 
 
631 aa  201  1.9999999999999998e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.123058 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00140  fumarate reductase (NADH), putative  31.81 
 
 
635 aa  199  2.0000000000000003e-49  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0434389  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01543  hypothetical fumarate reductase (Eurofung)  31.65 
 
 
627 aa  196  8.000000000000001e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.000554356  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3960  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  33.33 
 
 
577 aa  195  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000052594  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0913  flavocytochrome c  32.19 
 
 
483 aa  194  4e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.387235  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0203  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  33.62 
 
 
470 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0139  radical SAM domain-containing protein  32.69 
 
 
511 aa  187  6e-46  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0086  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  32.47 
 
 
515 aa  186  7e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0273  flavocytochrome c  34.13 
 
 
506 aa  186  8e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188956 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0340  flavocytochrome c  31.1 
 
 
500 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0002  flavocytochrome c flavin subunit  31.54 
 
 
518 aa  184  4.0000000000000006e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00000401985  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3939  flavocytochrome c  33.26 
 
 
506 aa  183  8.000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0256  flavocytochrome c  32.46 
 
 
506 aa  182  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_53948  Osmotic growth protein  30.35 
 
 
659 aa  181  4e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.621591 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_45689  fumarate reductase flavoprotein subunit  31.17 
 
 
478 aa  179  9e-44  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3624  flavocytochrome c flavin subunit  33.41 
 
 
494 aa  178  2e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4178  flavocytochrome c flavin subunit  32.55 
 
 
500 aa  179  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.630459 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2230  flavocytochrome c  32.68 
 
 
506 aa  178  3e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.158762 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3897  flavocytochrome c  32.33 
 
 
506 aa  177  5e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.513243  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2089  flavocytochrome c  33.27 
 
 
519 aa  177  7e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.455233  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0275  flavocytochrome c  32.83 
 
 
506 aa  176  9e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000326146 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2153  flavocytochrome c  32.68 
 
 
506 aa  176  9e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0615938 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>