More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3739 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03891  B12-dependent methionine synthase  65.51 
 
 		 1227 aa  1644    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3978  methionine synthase  65.34 
 
 		 1227 aa  1639    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2375  B12-dependent methionine synthase  63.01 
 
 		 1235 aa  1581    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1545  B12-dependent methionine synthase  63.62 
 
 		 1237 aa  1614    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.396086  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0294  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  60.85 
 
 		 905 aa  1085    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0433  methionine synthase  60.31 
 
 		 905 aa  1115    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0790009  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4332  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  38.6 
 
 		 1132 aa  777    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1101  B12-dependent methionine synthase  65.32 
 
 		 1230 aa  1661    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.875071  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0188  B12-dependent methionine synthase  62.82 
 
 		 1261 aa  1551    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1030  B12-dependent methionine synthase  84.99 
 
 		 1244 aa  2184    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2732  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  63.26 
 
 		 1239 aa  1592    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0346659  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4156  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  38.84 
 
 		 1132 aa  770    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3995  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  38.76 
 
 		 1133 aa  765    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4005  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  38.84 
 
 		 1133 aa  772    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2464  B12-dependent methionine synthase  63.66 
 
 		 1239 aa  1581    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.782684  normal  0.0191622 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0403  B12-dependent methionine synthase  60.26 
 
 		 1271 aa  1503    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0459446  hitchhiker  0.000026899 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0046  B12-dependent methionine synthase  61.7 
 
 		 1220 aa  1477    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.61869 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0182  B12-dependent methionine synthase  62.82 
 
 		 1261 aa  1549    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2965  B12-dependent methionine synthase  84.71 
 
 		 1244 aa  2184    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0413  methionine synthase  60.41 
 
 		 905 aa  1116    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0119  methionine synthase (B12-dependent)  59.4 
 
 		 915 aa  1063    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0234  B12-dependent methionine synthase  64.59 
 
 		 1237 aa  1584    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.545849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0283  B12-dependent methionine synthase  60.96 
 
 		 1290 aa  1533    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.383841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3219  methionine synthase  60.41 
 
 		 905 aa  1116    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0594  methionine synthase  60.41 
 
 		 905 aa  1116    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.52198  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3368  B12-dependent methionine synthase  84.67 
 
 		 1233 aa  2172    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1206  B12-dependent methionine synthase  67.69 
 
 		 1232 aa  1746    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3107  B12-dependent methionine synthase  63.77 
 
 		 1236 aa  1600    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3346  methionine synthase (B12-dependent)  60.18 
 
 		 908 aa  1075    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0117  methionine synthase  57.89 
 
 		 939 aa  1052    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0603491 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1344  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  60.41 
 
 		 905 aa  1116    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.471509  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6260  methionine synthase (B12-dependent)  60.96 
 
 		 901 aa  1102    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0315  B12-dependent methionine synthase  57.64 
 
 		 1225 aa  1446    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170465 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2808  B12-dependent methionine synthase  64.84 
 
 		 1226 aa  1643    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1692  B12-dependent methionine synthase  55.81 
 
 		 1224 aa  1389    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2399  methionine synthase (B12-dependent)  59.33 
 
 		 902 aa  1052    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.561826 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0172  B12-dependent methionine synthase  66.07 
 
 		 1239 aa  1682    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432955  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4478  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  38.84 
 
 		 1132 aa  770    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3161  B12-dependent methionine synthase  60.08 
 
 		 1264 aa  1503    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.95608 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3658  hypothetical protein  59.49 
 
 		 900 aa  1054    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0544622 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3320  B12-dependent methionine synthase  63.17 
 
 		 1235 aa  1584    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.487541 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0045  B12-dependent methionine synthase  62.95 
 
 		 1267 aa  1587    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_45056  B12 dependent methionine synthase  51.81 
 
 		 1252 aa  1288    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00353368  normal  0.902557 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0357  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  60.09 
 
 		 905 aa  1091    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.569337  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0014  methionine synthase  58.48 
 
 		 911 aa  1029    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0698387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1510  methionine synthase  59.64 
 
 		 891 aa  1050    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0112  B12-dependent methionine synthase  51.23 
 
 		 1259 aa  1190    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.937971  normal  0.535785 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1764  B12-dependent methionine synthase  60.35 
 
 		 1304 aa  1508    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.075059  normal  0.0106397 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3206  methionine synthase (B12-dependent)  60.09 
 
 		 878 aa  1037    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.336651  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1526  B12-dependent methionine synthase  63.97 
 
 		 1232 aa  1605    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0168  methionine synthase (B12-dependent)  62.17 
 
 		 923 aa  1127    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.616802 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0466  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  56.02 
 
 		 965 aa  1025    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2010  B12-dependent methionine synthase  63.94 
 
 		 1233 aa  1633    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3735  B12-dependent methionine synthase  59.9 
 
 		 1286 aa  1489    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.391435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2509  B12-dependent methionine synthase  58.31 
 
 		 1262 aa  1449    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0250  methionine synthase  60.41 
 
 		 905 aa  1116    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.344603  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0174  methionine synthase (B12-dependent)  58 
 
 		 944 aa  1045    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.106933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_2997  methionine synthase  60.07 
 
 		 908 aa  1071    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.199846 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4243  methionine synthase (B12-dependent)  59.26 
 
 		 905 aa  1074    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.16214 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1115  B12-dependent methionine synthase  83.08 
 
 		 1241 aa  2154    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3541  B12-dependent methionine synthase  60.08 
 
 		 1293 aa  1503    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0988023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1889  B12-dependent methionine synthase  63.96 
 
 		 1245 aa  1653    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0363  B12-dependent methionine synthase  60.81 
 
 		 1261 aa  1501    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0449  B12-dependent methionine synthase  60.21 
 
 		 1271 aa  1493    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.37086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2154  B12-dependent methionine synthase  61.5 
 
 		 1228 aa  1567    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0088  methionine synthase (B12-dependent)  59.18 
 
 		 915 aa  1082    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.3983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1848  methionine synthase (B12-dependent)  57.36 
 
 		 909 aa  1036    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1336  B12-dependent methionine synthase  57.29 
 
 		 1226 aa  1375    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.262937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0147  methionine synthase (B12-dependent)  58.94 
 
 		 912 aa  1046    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.287887  normal  0.989958 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3618  methionine synthase (B12-dependent)  60.73 
 
 		 913 aa  1097    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279732  hitchhiker  0.0036931 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0037  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  58.38 
 
 		 873 aa  1012    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0357424  normal  0.645269 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0710  B12-dependent methionine synthase  87.65 
 
 		 1240 aa  2273    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2303  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  60.74 
 
 		 905 aa  1117    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3149  B12-dependent methionine synthase  60.52 
 
 		 1220 aa  1499    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.3138  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0328  B12-dependent methionine synthase  62.41 
 
 		 1264 aa  1570    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1979  methionine synthase  59.42 
 
 		 916 aa  1055    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1434  methionine synthase (B12-dependent)  59.71 
 
 		 897 aa  1097    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.162327 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0595  B12-dependent methionine synthase  59.61 
 
 		 1272 aa  1502    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0838  B12-dependent methionine synthase  84.09 
 
 		 1244 aa  2180    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3184  B12-dependent methionine synthase  84.17 
 
 		 1244 aa  2185    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2132  B12-dependent methionine synthase  63.17 
 
 		 1245 aa  1629    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.638146 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0872  B12-dependent methionine synthase  83.56 
 
 		 1238 aa  2172    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2436  methionine synthase  58.12 
 
 		 885 aa  1000    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0619597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0214  methionine synthase (B12-dependent)  60.2 
 
 		 907 aa  1067    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0222  B12-dependent methionine synthase  64.78 
 
 		 1227 aa  1635    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.145544 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2966  methionine synthase  60.85 
 
 		 905 aa  1102    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40670  B12-dependent methionine synthase  64.16 
 
 		 1234 aa  1608    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0754274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3053  B12-dependent methionine synthase  59.6 
 
 		 1251 aa  1486    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.453999 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2159  B12-dependent methionine synthase  65.22 
 
 		 1236 aa  1636    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.088857 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2917  methionine synthase  60.74 
 
 		 905 aa  1117    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.978169  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3690  B12-dependent methionine synthase  58.12 
 
 		 1220 aa  1415    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3282  B12-dependent methionine synthase  83.93 
 
 		 1244 aa  2175    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7061  B12-dependent methionine synthase  61.28 
 
 		 1287 aa  1504    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2102  B12-dependent methionine synthase  57.52 
 
 		 1249 aa  1445    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.876734  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1935  B12-dependent methionine synthase  60.51 
 
 		 1250 aa  1493    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.688432  normal  0.0193285 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2631  B12-dependent methionine synthase  57.95 
 
 		 1244 aa  1480    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0960245  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0758  B12-dependent methionine synthase  82.71 
 
 		 1246 aa  2145    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.659122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3211  B12-dependent methionine synthase  60.08 
 
 		 1264 aa  1506    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.509178 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0113  B12-dependent methionine synthase  64.65 
 
 		 1227 aa  1636    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.352445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3474  B12-dependent methionine synthase  59.87 
 
 		 1251 aa  1511    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>