More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3738 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3738  Na+/proline symporter-like protein  100 
 
 		 950 aa  1944    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0294  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.29 
 
 		 1071 aa  524  1e-147  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.565561 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3243  PAS sensor protein  38.72 
 
 		 1323 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1017  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.01 
 
 		 1323 aa  480  1e-134  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0385374  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1904  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 		 932 aa  459  9.999999999999999e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.636099  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0666  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.54 
 
 		 917 aa  461  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.220304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1502  Histidine kinase  31.74 
 
 		 919 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2030  histidine kinase  31.48 
 
 		 927 aa  433  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3779  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.75 
 
 		 920 aa  431  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1631  sensor histidine kinase  32.2 
 
 		 903 aa  427  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1498  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.35 
 
 		 1070 aa  429  1e-118  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.308131  normal  0.537019 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2650  ATP-binding region ATPase domain protein  32.11 
 
 		 913 aa  425  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.574534  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4149  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.24 
 
 		 919 aa  421  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0236  histidine kinase  33.02 
 
 		 935 aa  416  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00442274 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2045  histidine kinase  30.41 
 
 		 906 aa  415  1e-114  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189516  normal  0.433786 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5112  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.02 
 
 		 901 aa  400  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2693  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.29 
 
 		 893 aa  399  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2900  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 		 1069 aa  395  1e-108  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.095908  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2991  GAF sensor signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 		 1069 aa  394  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2061  Na+/solute symporter  35.29 
 
 		 671 aa  391  1e-107  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.274324 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1429  hypothetical protein  34.75 
 
 		 910 aa  386  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0921  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.92 
 
 		 1169 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.306622  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1408  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 		 897 aa  384  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.263667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0837  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.08 
 
 		 1168 aa  385  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.303418 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0898  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.59 
 
 		 1172 aa  383  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.149338  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0715  Na+/solute symporter  36.25 
 
 		 1039 aa  383  1e-104  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.723376  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0169  Na+/solute symporter  30.81 
 
 		 894 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0827667  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.43 
 
 		 1070 aa  382  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4564  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.49 
 
 		 1169 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.519353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1586  putative phytochrome sensor protein  35.03 
 
 		 1087 aa  380  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0975529 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1803  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 		 894 aa  380  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.27583 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0274  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.98 
 
 		 1169 aa  380  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.41273  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1507  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.64 
 
 		 896 aa  383  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.808684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2045  putative GAF sensor protein  33.57 
 
 		 1079 aa  382  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0456906  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2648  putative phytochrome sensor protein  34.29 
 
 		 1087 aa  379  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2428  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.27 
 
 		 945 aa  375  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.396366 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0058  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.49 
 
 		 1170 aa  376  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950876  normal  0.562732 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1897  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.31 
 
 		 1088 aa  371  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0860  putative two-component hybrid sensor histidine kinase and response regulator  35.76 
 
 		 1169 aa  372  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0827695 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0090  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.84 
 
 		 1163 aa  372  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1474  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.26 
 
 		 894 aa  368  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2659  serine phosphatase  32.59 
 
 		 1083 aa  366  1e-99  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.623664  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2100  putative phytochrome sensor protein  35.74 
 
 		 1082 aa  365  3e-99  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.758651  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4823  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.15 
 
 		 1169 aa  364  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3978  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.77 
 
 		 1152 aa  361  5e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.508831  normal  0.169335 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0409  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.73 
 
 		 1171 aa  359  9.999999999999999e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0316  sensor histidine kinase/response regulator  34.83 
 
 		 1174 aa  353  5.9999999999999994e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02752  two-component system sensor protein  36.62 
 
 		 1150 aa  350  1e-94  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0165  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.03 
 
 		 1168 aa  348  4e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.53132  normal  0.851256 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1230  serine phosphatase  34.55 
 
 		 1100 aa  345  2e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.081901 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21700  putative two-component sensor  37.58 
 
 		 1159 aa  337  7e-91  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1850  putative two-component sensor  37.42 
 
 		 1159 aa  336  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460329  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4538  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 		 1172 aa  334  5e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0620  two component sensor kinase/response regulator hybrid  27.29 
 
 		 1169 aa  330  6e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3139  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.16 
 
 		 1161 aa  330  6e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.305564 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0869  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.71 
 
 		 1316 aa  329  1.0000000000000001e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0225926  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1250  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.29 
 
 		 1158 aa  328  3e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0252543 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3169  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.17 
 
 		 1168 aa  327  6e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.51 
 
 		 1159 aa  327  8.000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.948496  normal  0.574545 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1292  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.51 
 
 		 1159 aa  325  2e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0372313  normal  0.867611 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4025  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.21 
 
 		 1159 aa  324  6e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0792472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1660  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.6 
 
 		 1156 aa  323  8e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0486727  normal  0.0112915 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35230  integral membrane sensor hybrid histidine protein kinase  35.34 
 
 		 1161 aa  322  1.9999999999999998e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234785  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0675  two-component sensor kinase CbrA  28.46 
 
 		 975 aa  321  3.9999999999999996e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3284  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.81 
 
 		 1168 aa  320  6e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.431447 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  35.75 
 
 		 1168 aa  319  1e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3460  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.65 
 
 		 1175 aa  319  2e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.549126 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0663  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.49 
 
 		 1172 aa  317  5e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.564919 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3900  sensory box histidine kinase/response regulator  38.03 
 
 		 1157 aa  316  9.999999999999999e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1585  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  37.8 
 
 		 1158 aa  316  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.484303 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0523  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.59 
 
 		 1179 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.183484 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2829  membrane associated response regulator, histidine kinase  33.71 
 
 		 1148 aa  312  2e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1829  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.62 
 
 		 1185 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3255  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.52 
 
 		 1177 aa  310  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0680649  normal  0.187811 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0224  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.28 
 
 		 1167 aa  306  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0068  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.65 
 
 		 1156 aa  306  2.0000000000000002e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2613  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.82 
 
 		 1166 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2695  sensor histidine kinase  32.54 
 
 		 1147 aa  305  3.0000000000000004e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0252  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.07 
 
 		 1174 aa  304  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00164  sensor histidine kinase  32.64 
 
 		 1177 aa  303  8.000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0523  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.23 
 
 		 1145 aa  300  7e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3419  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  33.28 
 
 		 1184 aa  297  8e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.285921  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2742  sensor histidine kinase/response regulator  35.4 
 
 		 1145 aa  295  2e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1753  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 1146 aa  294  5e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1792  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 1146 aa  294  7e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.103598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1749  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 1146 aa  293  7e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0353406  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2348  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.31 
 
 		 1145 aa  293  2e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1893  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.07 
 
 		 985 aa  291  3e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.426931  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2531  histidine kinase  37.28 
 
 		 1146 aa  292  3e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.014523  hitchhiker  0.00504999 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62530  two-component sensor CbrA  28.24 
 
 		 983 aa  291  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2361  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.31 
 
 		 1146 aa  290  9e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00248753 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5442  two-component sensor CbrA  28.2 
 
 		 983 aa  289  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2724  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 		 1140 aa  289  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178694  hitchhiker  0.00103188 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1864  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.96 
 
 		 1159 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0562222 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2078  sensor histidine kinase/response regulator  26.45 
 
 		 1141 aa  285  3.0000000000000004e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.45474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1470  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.14 
 
 		 1140 aa  284  6.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1985  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1138 aa  282  3e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2433  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.09 
 
 		 1146 aa  274  6e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0799381 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2522  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.09 
 
 		 1146 aa  273  1e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042371 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1534  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 		 1140 aa  273  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.254728  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>