252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3617 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  100 
 
 		 293 aa  598  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  52.28 
 
 		 292 aa  311  1e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  46.21 
 
 		 292 aa  278  1e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  44.25 
 
 		 291 aa  264  1e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  43.88 
 
 		 296 aa  241  7.999999999999999e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  40.48 
 
 		 291 aa  237  2e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  39.43 
 
 		 291 aa  228  9e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  38.27 
 
 		 291 aa  223  3e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  40.07 
 
 		 292 aa  214  1.9999999999999998e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  39.49 
 
 		 338 aa  212  5.999999999999999e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  37.91 
 
 		 289 aa  210  2e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  43.41 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  38.65 
 
 		 293 aa  188  7e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  37.82 
 
 		 292 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  37.33 
 
 		 309 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  35.94 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  35.94 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  37.05 
 
 		 293 aa  178  8e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  35.94 
 
 		 295 aa  178  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  35.46 
 
 		 293 aa  178  1e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  40.45 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  36.72 
 
 		 292 aa  176  3e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  38.49 
 
 		 295 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  38.11 
 
 		 295 aa  175  7e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  37.32 
 
 		 294 aa  175  7e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  35.87 
 
 		 293 aa  175  8e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  37.1 
 
 		 295 aa  175  9e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  37.1 
 
 		 295 aa  172  5e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  36.68 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  36.6 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  36.3 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  38.22 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  35.51 
 
 		 293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  38.26 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  37.12 
 
 		 296 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  40.59 
 
 		 293 aa  162  7e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  37.5 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  32.88 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  34.24 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  33.56 
 
 		 308 aa  155  5.0000000000000005e-37  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  34.66 
 
 		 293 aa  155  7e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  33.57 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  28.71 
 
 		 380 aa  153  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  31.06 
 
 		 293 aa  152  7e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  32.44 
 
 		 386 aa  149  7e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  38.08 
 
 		 257 aa  149  8e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  28.17 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  34.21 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  32.54 
 
 		 294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  32.83 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  34.39 
 
 		 293 aa  135  9e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  30.77 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  27.03 
 
 		 399 aa  128  1.0000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  29.49 
 
 		 388 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  28.93 
 
 		 377 aa  127  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  28.93 
 
 		 373 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27.48 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  32.88 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  32.46 
 
 		 409 aa  109  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  29.89 
 
 		 321 aa  108  2e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  32.18 
 
 		 390 aa  102  6e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  27.8 
 
 		 332 aa  100  2e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  29.84 
 
 		 402 aa  99.8  6e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  23.08 
 
 		 490 aa  68.6  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  28.64 
 
 		 1250 aa  67  0.0000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.56 
 
 		 474 aa  66.6  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  26.51 
 
 		 552 aa  66.2  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  24.39 
 
 		 1288 aa  63.5  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  22.67 
 
 		 474 aa  63.2  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4964  radical SAM family protein  25.87 
 
 		 476 aa  63.2  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.576294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.07 
 
 		 474 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.76 
 
 		 478 aa  61.6  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.26 
 
 		 479 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.26 
 
 		 479 aa  62  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  28.06 
 
 		 470 aa  60.8  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3654  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.33 
 
 		 474 aa  60.8  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.176133  normal  0.0619947 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3455  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.44 
 
 		 474 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.207743  normal  0.273738 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3764  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.44 
 
 		 474 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.427217  normal  0.868511 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  24.62 
 
 		 473 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  24.62 
 
 		 473 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1178  radical SAM domain-containing protein  27.83 
 
 		 439 aa  58.9  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  24.62 
 
 		 473 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  24.07 
 
 		 473 aa  58.9  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  24.07 
 
 		 473 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  24.1 
 
 		 503 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  24.62 
 
 		 481 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  24.62 
 
 		 481 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  24.62 
 
 		 481 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  22.88 
 
 		 494 aa  57  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4283  radical SAM family protein  25.64 
 
 		 480 aa  57  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  22.88 
 
 		 494 aa  57  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1050  radical SAM domain-containing protein  25.64 
 
 		 473 aa  57  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0795903  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6339  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.33 
 
 		 479 aa  57  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317674 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1053  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.64 
 
 		 473 aa  57  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  23.61 
 
 		 473 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  37.74 
 
 		 156 aa  57  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0692  radical SAM family protein  24.62 
 
 		 473 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346694  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1147  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.62 
 
 		 473 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125383  normal  0.546782 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1171  radical SAM domain-containing protein  24.62 
 
 		 473 aa  57  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.397655  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00191  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  22.66 
 
 		 506 aa  56.6  0.0000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>