More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3559 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_0663  TonB-dependent receptor  69.36 
 
 		 652 aa  943    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.136044  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  68.75 
 
 		 653 aa  939    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2631  TonB-dependent receptor domain-containing protein  58.64 
 
 		 646 aa  761    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.221793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3767  TonB-dependent receptor  68.75 
 
 		 653 aa  915    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3576  TonB-dependent receptor  68.45 
 
 		 653 aa  921    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3176  TonB-dependent siderophore receptor  68.65 
 
 		 653 aa  924    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3644  TonB-dependent receptor  69.05 
 
 		 653 aa  926    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.388894  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3559  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 665 aa  1357    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00145171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0729  TonB-dependent receptor, plug  61.04 
 
 		 656 aa  826    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000181168  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2990  TonB-dependent receptor  69.15 
 
 		 656 aa  933    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  69.21 
 
 		 653 aa  937    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0651  TonB-dependent siderophore receptor  69.36 
 
 		 653 aa  940    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.68611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0824  TonB-dependent receptor, plug  61.06 
 
 		 659 aa  794    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3472  TonB-dependent siderophore receptor  68.6 
 
 		 653 aa  928    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0503687  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4030  TonB-dependent receptor:Lipocalin  27.53 
 
 		 713 aa  202  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4390  TonB-dependent receptor  29.26 
 
 		 704 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0628  TonB-dependent receptor  28.76 
 
 		 688 aa  187  8e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4681  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 		 704 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0656736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2625  TonB-dependent receptor  26.89 
 
 		 657 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.980205  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2309  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  28.12 
 
 		 666 aa  154  5.9999999999999996e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2786  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 		 644 aa  147  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.934768  normal  0.0544871 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0635  TonB-dependent receptor, plug  25.61 
 
 		 706 aa  146  1e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0651  tonB-dependent receptor  26.53 
 
 		 656 aa  136  9.999999999999999e-31  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0646495  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2666  TonB-dependent receptor  24.7 
 
 		 638 aa  135  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0118  TonB-dependent receptor  24.05 
 
 		 633 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  24.04 
 
 		 740 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  26.05 
 
 		 728 aa  109  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0582  TonB-dependent receptor plug  25.12 
 
 		 664 aa  108  4e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000848459  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  23.76 
 
 		 748 aa  107  9e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  23.76 
 
 		 748 aa  107  9e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1729  TonB-dependent siderophore receptor  23.58 
 
 		 749 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.775588  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0576  TonB-dependent receptor plug  31.91 
 
 		 621 aa  105  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 700 aa  105  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  23.2 
 
 		 737 aa  104  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1968  TonB-dependent heme receptor  24.62 
 
 		 690 aa  104  6e-21  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 700 aa  104  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 700 aa  103  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  24.14 
 
 		 700 aa  102  2e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  22.69 
 
 		 731 aa  102  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06761  hypothetical protein  24.13 
 
 		 690 aa  102  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3082  TonB-dependent siderophore receptor  23.96 
 
 		 825 aa  102  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.213327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1601  TonB-dependent heme receptor  22.82 
 
 		 702 aa  101  4e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  34.27 
 
 		 618 aa  101  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  23.99 
 
 		 700 aa  101  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  23.99 
 
 		 700 aa  101  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  23.85 
 
 		 700 aa  100  6e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  23.85 
 
 		 700 aa  100  6e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  22.53 
 
 		 704 aa  101  6e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1561  TonB-dependent receptor plug  37.37 
 
 		 681 aa  100  7e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.00000105774  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3039  TonB-dependent siderophore receptor  23.82 
 
 		 825 aa  100  7e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  23.71 
 
 		 700 aa  100  7e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  25.34 
 
 		 715 aa  100  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5364  TonB-dependent receptor plug  30.98 
 
 		 729 aa  99.8  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0562  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 		 634 aa  97.8  6e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.222662 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  22.98 
 
 		 795 aa  96.7  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  23.08 
 
 		 640 aa  95.9  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  24.43 
 
 		 617 aa  94.7  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  30.24 
 
 		 776 aa  94.4  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2410  TonB-dependent receptor  21.68 
 
 		 683 aa  94  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5579  TonB-dependent siderophore receptor  26.94 
 
 		 812 aa  92.4  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.761851 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1964  TonB-dependent receptor, plug  32.88 
 
 		 618 aa  92.8  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2735  TonB-dependent receptor, plug  32.14 
 
 		 650 aa  92.4  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2276  TonB-dependent receptor  39.01 
 
 		 751 aa  92.8  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3851  TonB-dependent siderophore receptor  23.28 
 
 		 711 aa  92  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  23.03 
 
 		 616 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3142  TonB-dependent siderophore receptor  22.64 
 
 		 688 aa  91.7  4e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1266  TonB-dependent receptor  24.28 
 
 		 679 aa  91.3  5e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0152296  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1245  TonB-dependent receptor, plug  23.68 
 
 		 636 aa  91.3  5e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0339996 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  24.66 
 
 		 706 aa  91.3  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01528  TonB-dependent receptor  23.66 
 
 		 720 aa  91.3  6e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  24.51 
 
 		 706 aa  90.5  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  24.39 
 
 		 721 aa  90.5  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2881  TonB-dependent siderophore receptor  24.21 
 
 		 714 aa  90.5  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1156  TonB-dependent receptor  25.76 
 
 		 715 aa  90.1  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  24.39 
 
 		 706 aa  90.1  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  24.66 
 
 		 706 aa  90.1  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01404  hypothetical protein  21.65 
 
 		 640 aa  89.7  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0391  TonB-dependent siderophore receptor  21.42 
 
 		 712 aa  89.7  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.196206  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  23.65 
 
 		 616 aa  89  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0220  ferrichrome outer membrane transporter  21.61 
 
 		 729 aa  89.4  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.874732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  23.55 
 
 		 703 aa  89.4  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3340  TonB-dependent receptor, putative  21.85 
 
 		 683 aa  89  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  27.92 
 
 		 645 aa  88.6  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  37.82 
 
 		 613 aa  88.6  3e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  22.99 
 
 		 701 aa  88.6  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0209  ferrichrome outer membrane transporter  21.99 
 
 		 703 aa  88.6  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  28.45 
 
 		 614 aa  88.2  4e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0208  ferrichrome outer membrane transporter  21.99 
 
 		 703 aa  88.6  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  38.36 
 
 		 611 aa  88.2  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1855  TonB-dependent receptor, putative  21.82 
 
 		 693 aa  88.2  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0314757  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1231  TonB-dependent receptor  32.74 
 
 		 678 aa  87.8  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0609  TonB-dependent siderophore receptor  22.74 
 
 		 710 aa  87.8  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2785  TonB-dependent receptor  34.57 
 
 		 710 aa  87.8  7e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  4.99654e-18  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  24.79 
 
 		 720 aa  87.4  8e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  32.91 
 
 		 619 aa  87.4  8e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5758  TonB-dependent siderophore receptor  23.12 
 
 		 815 aa  87  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0142  ferrichrome outer membrane transporter  21.19 
 
 		 729 aa  87  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  26.64 
 
 		 619 aa  87  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2372  TonB-dependent receptor, plug  35.71 
 
 		 642 aa  86.7  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.286336 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2580  iron(III) compound receptor  21.97 
 
 		 718 aa  87  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000113666  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>