199 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3500 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3500  putative lipoprotein  100 
 
 		 282 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.538329  normal  0.104319 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3723  putative lipoprotein  88.01 
 
 		 268 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.196692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2994  putative lipoprotein  80.78 
 
 		 282 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000158327  normal  0.33203 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3075  putative lipoprotein  80.78 
 
 		 282 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000146144  normal  0.73479 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3167  putative lipoprotein  80.6 
 
 		 268 aa  455  1e-127  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0598273  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3172  putative lipoprotein  80.78 
 
 		 282 aa  456  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000327515  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3580  hypothetical protein  80.52 
 
 		 268 aa  432  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2606  putative lipoprotein  72.6 
 
 		 283 aa  432  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000151596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0666  putative lipoprotein  79.37 
 
 		 253 aa  429  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0926044  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2951  putative lipoprotein  82.87 
 
 		 252 aa  419  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000165501  normal  0.568121 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2864  putative lipoprotein  77.38 
 
 		 253 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000160081  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3273  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  79.37 
 
 		 253 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000016984  normal  0.040327 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1118  putative lipoprotein  79.37 
 
 		 253 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000738911  normal  0.0672977 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1085  putative lipoprotein  79.37 
 
 		 253 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446586  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1016  putative lipoprotein  79.37 
 
 		 253 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000150012  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1021  putative lipoprotein  78.97 
 
 		 253 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000015232  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01439  Competence lipoprotein ComL  50.63 
 
 		 254 aa  266  2.9999999999999995e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1334  putative lipoprotein  51.05 
 
 		 255 aa  259  3e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000708503  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3916  putative lipoprotein  47.62 
 
 		 252 aa  253  4.0000000000000004e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3266  putative lipoprotein  51.07 
 
 		 257 aa  248  8e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0237  putative lipoprotein  49.56 
 
 		 253 aa  233  3e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.558058  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3075  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  46.81 
 
 		 245 aa  232  6e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.298644  normal  0.0263733 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2880  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.23 
 
 		 245 aa  227  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2878  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.23 
 
 		 245 aa  227  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.732021 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2775  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.23 
 
 		 245 aa  227  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000251049  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2992  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.23 
 
 		 245 aa  227  1e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02485  predicted lipoprotein  47.23 
 
 		 245 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.232187  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1077  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  47.23 
 
 		 245 aa  227  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0504949  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2881  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.23 
 
 		 245 aa  227  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0417969  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2976  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.23 
 
 		 245 aa  227  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0410955  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1086  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.23 
 
 		 245 aa  227  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.403898  decreased coverage  0.000000281733 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3836  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.23 
 
 		 245 aa  227  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000106829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2749  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.23 
 
 		 245 aa  227  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000166686  normal  0.272944 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2859  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.23 
 
 		 245 aa  227  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0511972 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2753  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.23 
 
 		 245 aa  227  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000042018  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02449  hypothetical protein  47.23 
 
 		 245 aa  227  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.235598  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01004  hypothetical protein  45.61 
 
 		 242 aa  225  7e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004395  probable component of the lipoprotein assembly complex (forms a complex with YaeT YfgL and NlpB)  44.77 
 
 		 242 aa  223  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3352  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.41 
 
 		 243 aa  219  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.527935  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3478  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.41 
 
 		 243 aa  219  3e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.531576  normal  0.377875 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3215  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.41 
 
 		 243 aa  219  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00228309  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1001  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  46.12 
 
 		 243 aa  218  6e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.742484  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3144  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.35 
 
 		 244 aa  218  8.999999999999998e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2851  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  49.52 
 
 		 243 aa  217  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0663  outer membrane protein  50.95 
 
 		 255 aa  217  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000502796  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1135  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  46.9 
 
 		 244 aa  216  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.603572  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0883  outer membrane protein assembly complex subunit YfiO  47.35 
 
 		 243 aa  215  7e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.192303  normal  0.0728426 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1603  putative competence lipoprotein precursor  41.63 
 
 		 257 aa  202  4e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1627  hypothetical protein  40.08 
 
 		 289 aa  201  8e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  38.82 
 
 		 279 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.894464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1975  TPR repeat-containing protein  41.35 
 
 		 266 aa  198  7e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0809  putative competence lipoprotein precursor  42.36 
 
 		 281 aa  198  9e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0753158  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  38.52 
 
 		 285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11930  competence protein ComL  41.53 
 
 		 337 aa  193  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1920  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  37.7 
 
 		 258 aa  191  9e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.177047  normal  0.0296003 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1343  transmembrane protein  39.15 
 
 		 271 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0622  competence lipoprotein ComL, putative  39.68 
 
 		 339 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.258858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2551  putative lipoprotein  40.68 
 
 		 254 aa  189  4e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00873964  normal  0.0420812 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0968  DNA uptake lipoprotein-like protein  40.34 
 
 		 330 aa  189  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.579627 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0662  DNA uptake lipoprotein-like protein  39.68 
 
 		 339 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.429425  normal  0.0753816 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0668  competence lipoprotein ComL  39.27 
 
 		 339 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4548  competence lipoprotein ComL  39.68 
 
 		 339 aa  188  9e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0971  competence lipoprotein ComL  38.98 
 
 		 286 aa  186  3e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0725  competence lipoprotein ComL, putative  41.4 
 
 		 340 aa  185  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1352  hypothetical protein  38.79 
 
 		 278 aa  185  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.017502  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0826  competence lipoprotein ComL, putative  41.59 
 
 		 338 aa  185  7e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0716  transmembrane protein  37.4 
 
 		 261 aa  185  8e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000618184  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4837  competence lipoprotein ComL, putative  40.09 
 
 		 338 aa  185  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2552  Acyl-(acyl-carrier-protein)--UDP-N- acetylglucosamine O-acyltransferase  39.53 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0201598  hitchhiker  0.00718988 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60230  competence protein ComL  41.63 
 
 		 341 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000131056 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5184  competence protein ComL  41.63 
 
 		 341 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3128  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  39.11 
 
 		 269 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0496  competence lipoprotein ComL, putative  39.91 
 
 		 268 aa  179  4.999999999999999e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.4475  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0814  putative competence lipoprotein precursor  37.99 
 
 		 254 aa  177  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.658327  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1613  putative competence lipoprotein precursor  36.73 
 
 		 267 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000947749 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5095  DNA uptake lipoprotein-like  35.17 
 
 		 274 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6285  DNA uptake lipoprotein-like  35.17 
 
 		 274 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.476035  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1794  DNA uptake lipoprotein-like protein  35.17 
 
 		 274 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1818  DNA uptake lipoprotein-like protein  35.17 
 
 		 274 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.281212 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2315  putative transmembrane protein  35.83 
 
 		 268 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1188  hypothetical protein  37.85 
 
 		 257 aa  172  6.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1194  hypothetical protein  37.85 
 
 		 257 aa  172  6.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1705  competence lipoprotein ComL  35.04 
 
 		 274 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1732  competence lipoprotein ComL  35.04 
 
 		 274 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.424697  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1899  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  38.96 
 
 		 265 aa  170  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1829  putative transmembrane protein  38.96 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0739498  normal  0.248165 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0366  DNA uptake lipoprotein  35.66 
 
 		 262 aa  170  3e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.507354  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0877  DNA uptake lipoprotein  39.74 
 
 		 277 aa  169  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.594367  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1193  competence lipoprotein ComL  37.44 
 
 		 255 aa  168  7e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0772  lipoprotein, ComL family  37.44 
 
 		 272 aa  168  8e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0966  putative competence lipoprotein, ComL  32.84 
 
 		 285 aa  168  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1919  putative lipoprotein  38.79 
 
 		 293 aa  167  1e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.527039  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1857  competence lipoprotein  38.79 
 
 		 293 aa  167  1e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04874  competence lipoprotein  35.32 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1480  competence lipoprotein ComL  34.62 
 
 		 274 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.124446  normal  0.0477124 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2004  putative transmembrane protein  35.71 
 
 		 274 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.519821  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0920  putative transmembrane protein  35.42 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3612  competence lipoprotein ComL, putative  38.24 
 
 		 280 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.622629  hitchhiker  0.00362624 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1325  competence lipoprotein ComL  33.33 
 
 		 280 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.028744  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0082  competence lipoprotein ComL  33.33 
 
 		 274 aa  163  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>