More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3486 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_3276  rod shape-determining protein RodA  89.13 
 
 		 368 aa  648    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000878779  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2936  rod shape-determining protein RodA  93.48 
 
 		 368 aa  676    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00888464  normal  0.0244175 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1167  rod shape-determining protein RodA  88.25 
 
 		 372 aa  645    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3709  rod shape-determining protein RodA  95.38 
 
 		 368 aa  678    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00326456  hitchhiker  0.000393205 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3454  rod shape-determining protein RodA  89.13 
 
 		 368 aa  648    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0032814  hitchhiker  0.00311192 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2870  rod shape-determining protein RodA  88.59 
 
 		 368 aa  665    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000228961  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3318  rod shape-determining protein RodA  89.13 
 
 		 368 aa  648    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000382573  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0990  rod shape-determining protein RodA  88.8 
 
 		 367 aa  658    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000109624  normal  0.0370361 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3486  rod shape-determining protein RodA  100 
 
 		 368 aa  725    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107855  hitchhiker  0.00000000162732 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1055  rod shape-determining protein RodA  88.8 
 
 		 367 aa  658    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000470795  hitchhiker  0.00677922 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3150  rod shape-determining protein RodA  93.48 
 
 		 368 aa  663    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000182729  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0994  rod shape-determining protein RodA  88.86 
 
 		 367 aa  658    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000228896  normal  0.174291 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1091  rod shape-determining protein RodA  89.13 
 
 		 368 aa  648    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00567468  hitchhiker  0.000000470166 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2589  rod shape-determining protein RodA  85.6 
 
 		 368 aa  619  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.319193 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0698  rod shape-determining protein RodA  85.09 
 
 		 373 aa  616  1e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0484762  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0854  rod shape-determining protein RodA  86.41 
 
 		 368 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000511765  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0472  rod shape-determining protein RodA  65.94 
 
 		 373 aa  477  1e-133  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000647199  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01216  hypothetical protein  66.49 
 
 		 373 aa  472  1e-132  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1714  rod shape-determining protein RodA  64.01 
 
 		 371 aa  457  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.991825  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1559  rod shape-determining protein RodA  61.43 
 
 		 374 aa  456  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0999879  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0984  rod shape-determining protein RodA  65.17 
 
 		 373 aa  451  1.0000000000000001e-126  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.709964  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004223  rod shape-determining protein RodA  66.21 
 
 		 373 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000217373  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1134  rod shape-determining protein RodA  62.74 
 
 		 366 aa  451  1.0000000000000001e-126  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.536387  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1180  cell wall shape-determining protein  61.14 
 
 		 370 aa  450  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0230726  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3151  cell wall shape-determining protein  60.05 
 
 		 370 aa  448  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0537844  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2965  cell wall shape-determining protein  59.78 
 
 		 370 aa  441  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.826481  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0320  rod shape-determining protein  58.79 
 
 		 371 aa  438  9.999999999999999e-123  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0047182  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1850  cell wall shape-determining protein  59.24 
 
 		 370 aa  435  1e-121  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2950  cell wall shape-determining protein  59.24 
 
 		 370 aa  435  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00101238  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3022  cell wall shape-determining protein  59.24 
 
 		 370 aa  435  1e-121  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00135301  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1091  cell wall shape-determining protein  60.33 
 
 		 370 aa  423  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0695  cell wall shape-determining protein  59.24 
 
 		 370 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0654  cell wall shape-determining protein  59.24 
 
 		 370 aa  419  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00038599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1169  cell wall shape-determining protein  59.24 
 
 		 370 aa  421  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.25541  normal  0.27842 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0681  cell wall shape-determining protein  59.24 
 
 		 370 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125336  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0799  cell wall shape-determining protein  59.24 
 
 		 370 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0574935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0755  cell wall shape-determining protein  59.24 
 
 		 370 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.850126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0741  cell wall shape-determining protein  59.24 
 
 		 370 aa  420  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.175825  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00603  cell wall shape-determining protein  58.97 
 
 		 370 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0209477  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2992  rod shape-determining protein RodA  58.97 
 
 		 370 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000333692  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0617  cell wall shape-determining protein  58.97 
 
 		 370 aa  417  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000737698  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1200  cell wall shape-determining protein  59.24 
 
 		 370 aa  415  9.999999999999999e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0686  cell wall shape-determining protein  58.97 
 
 		 370 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000809378  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0660  cell wall shape-determining protein  58.97 
 
 		 370 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639344  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0173  rod shape-determining protein RodA  58.76 
 
 		 383 aa  416  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.463776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0723  cell wall shape-determining protein  58.97 
 
 		 370 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000246706  normal  0.373531 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3011  cell wall shape-determining protein  58.97 
 
 		 370 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000406019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1009  rod shape-determining protein RodA  59.27 
 
 		 376 aa  410  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0104  rod shape-determining protein RodA  57.82 
 
 		 377 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2710  rod shape-determining protein RodA  61.9 
 
 		 361 aa  401  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.217076  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0615  rod shape-determining protein RodA  56.71 
 
 		 381 aa  394  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.131957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2412  rod shape-determining protein RodA  57.92 
 
 		 380 aa  395  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.305525  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1546  rod shape-determining protein RodA  57.81 
 
 		 381 aa  392  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.317218  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2847  rod shape-determining protein RodA  57.57 
 
 		 373 aa  390  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0258119  hitchhiker  0.000000158658 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4806  rod shape-determining protein RodA  57.26 
 
 		 374 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.42676  normal  0.152125 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4364  cell cycle protein  55.89 
 
 		 381 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4969  rod shape-determining protein RodA  55.62 
 
 		 380 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4681  rod shape-determining protein RodA  57.26 
 
 		 380 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4859  rod shape-determining protein RodA  56.71 
 
 		 380 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2495  rod shape-determining protein RodA  56.37 
 
 		 364 aa  385  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4824  rod-shape-determining protein RodA  55.62 
 
 		 381 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1634  rod shape-determining protein RodA  57.57 
 
 		 376 aa  382  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000283195  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0112  rod shape-determining protein RodA  55.28 
 
 		 370 aa  378  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3340  putative rod shape-determining protein RodA  59.72 
 
 		 381 aa  378  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00193411  normal  0.0192453 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0929  putative rod shape determining protein  54.02 
 
 		 380 aa  375  1e-103  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08400  rod shape-determining protein RodA  55.34 
 
 		 382 aa  375  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.41497  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1328  rod shape-determining protein rodA  52.46 
 
 		 372 aa  372  1e-102  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1485  rod shape-determining protein RodA  53.59 
 
 		 380 aa  372  1e-102  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3797  rod shape-determining protein RodA  53.97 
 
 		 381 aa  371  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.692479  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1973  rod shape-determining protein RodA  57.27 
 
 		 372 aa  368  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0264  rod shape-determining protein RodA  56.93 
 
 		 366 aa  365  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.068566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1786  rod shape-determining protein RodA  52.08 
 
 		 380 aa  366  1e-100  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1514  rod shape-determining protein  54.24 
 
 		 382 aa  366  1e-100  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1325  rod shape-determining protein rodA  52.46 
 
 		 372 aa  363  3e-99  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1107  rod shape-determining protein  58.24 
 
 		 381 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343891  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12070  rod shape-determining protein  58.53 
 
 		 367 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0236  cell wall shape-determining protein  55.68 
 
 		 363 aa  361  9e-99  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0316  rod shape-determining protein RodA  58.92 
 
 		 366 aa  360  3e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01655  rod shape-determining protein RodA  67.97 
 
 		 253 aa  358  8e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0725617  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0663  rod shape-determining protein RodA  53.67 
 
 		 362 aa  358  8e-98  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00441325  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0500  rod shape-determining protein RodA  51.32 
 
 		 384 aa  350  2e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0107532 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1270  rod shape-determining protein RodA  50.7 
 
 		 402 aa  348  8e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.681615  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2566  rod shape-determining protein RodA  49.72 
 
 		 403 aa  342  5.999999999999999e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.397382  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2196  rod shape-determining protein RodA  49.72 
 
 		 364 aa  342  7e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00465004 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0063  rod shape-determining (RODA protein) transmembrane  53.57 
 
 		 380 aa  339  5e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.913941  normal  0.999134 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0080  rod shape-determining protein RodA  51.79 
 
 		 380 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.453004  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3130  rod shape-determining protein RodA  50.96 
 
 		 382 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.416509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0055  rod shape-determining protein RodA  51.79 
 
 		 380 aa  334  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00692025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2500  rod shape-determining protein RodA  50.96 
 
 		 382 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3114  rod shape-determining protein RodA  50.96 
 
 		 382 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.376248  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6465  rod shape-determining protein RodA  50.69 
 
 		 382 aa  334  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.848347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07034  hypothetical protein  47.85 
 
 		 360 aa  333  3e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3169  rod shape-determining protein RodA  50.69 
 
 		 382 aa  333  3e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0940392  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3052  rod shape-determining protein RodA  50.69 
 
 		 382 aa  332  4e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000981  rod shape-determining protein RodA  48.14 
 
 		 360 aa  331  1e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0322  rod shape-determining protein RodA  49.45 
 
 		 382 aa  330  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4402  putative rod shape-determining protein, rodA  49.45 
 
 		 382 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.767453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3371  rod shape-determining protein RodA  48.7 
 
 		 384 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0158  rod shape-determining protein RodA  50.69 
 
 		 382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0177  rod shape-determining protein RodA  50.69 
 
 		 382 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>