97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3466 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3466  hypothetical protein  100 
 
 
785 aa  1647  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.724503 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4048  hypothetical protein  33.83 
 
 
764 aa  382  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1780  decaheme cytochrome c MtrF  27.14 
 
 
639 aa  249  1e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1614  decaheme cytochrome c MtrF  27.49 
 
 
639 aa  246  1e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0474266  normal  0.168927 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1580  decaheme cytochrome c MtrF  27.36 
 
 
639 aa  244  4e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0766819  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2763  decaheme cytochrome c MtrF  27.74 
 
 
639 aa  243  1e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0120659  hitchhiker  4.44921e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1591  decaheme cytochrome c MtrF  27.36 
 
 
639 aa  242  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.58979e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2508  decaheme cytochrome c MtrF  27.08 
 
 
639 aa  238  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00292179  decreased coverage  0.000509076 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2674  decaheme cytochrome c MtrF  27.08 
 
 
639 aa  238  5e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0899912  normal  0.105553 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2576  decaheme cytochrome c MtrF  26.69 
 
 
639 aa  234  3e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.134423  decreased coverage  0.00876105 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1211  decaheme cytochrome c MtrF  26.73 
 
 
639 aa  220  9e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2694  decaheme cytochrome c MtrF  26.68 
 
 
640 aa  211  5e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2521  decaheme cytochrome c MtrF  27.22 
 
 
639 aa  209  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1528  decaheme cytochrome c MtrF  26.29 
 
 
646 aa  202  2e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2676  decaheme cytochrome c  34.4 
 
 
650 aa  192  2e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000503474  normal  0.0214929 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2578  decaheme cytochrome c  34.58 
 
 
650 aa  192  3e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00427395  decreased coverage  0.00803379 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1612  decaheme cytochrome c  34.91 
 
 
650 aa  191  5e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0130523  normal  0.2896 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1578  decaheme cytochrome c  34.3 
 
 
650 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.05402e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2765  decaheme cytochrome c  34.04 
 
 
650 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00105295  hitchhiker  7.31399e-07 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1589  decaheme cytochrome c  34.38 
 
 
650 aa  189  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.35795e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1478  decaheme cytochrome c  33.96 
 
 
663 aa  175  3e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.54716e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1778  decaheme cytochrome c  33.83 
 
 
671 aa  160  7e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2510  decaheme cytochrome c  31.52 
 
 
655 aa  159  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0178218  hitchhiker  0.000666167 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1208  decaheme cytochrome c  32.95 
 
 
656 aa  154  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.474569  normal  0.550051 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2637  decaheme cytochrome c  29.64 
 
 
653 aa  154  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3125  decaheme cytochrome c  30.64 
 
 
667 aa  135  4e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.045e-05  hitchhiker  6.06277e-06 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2525  decaheme cytochrome c  26.66 
 
 
656 aa  134  7e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  8.37992e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3286  hypothetical protein  25.15 
 
 
714 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.909593  hitchhiker  4.68411e-07 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2698  decaheme cytochrome c  28.9 
 
 
671 aa  111  4e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0681671  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1525  decaheme cytochrome c  27.52 
 
 
660 aa  110  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100516  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1209  decaheme cytochrome c  24.28 
 
 
729 aa  109  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00658895  normal  0.327868 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4079  hypothetical protein  22.67 
 
 
885 aa  109  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.299167  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2292  hypothetical protein  23.97 
 
 
782 aa  107  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2524  decaheme cytochrome c  23.74 
 
 
725 aa  105  3e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000418395  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2695  decaheme cytochrome c  23.71 
 
 
719 aa  100  8e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.734788  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0918  decaheme cytochrome c  23.03 
 
 
764 aa  99.4  3e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.613412  normal  0.552776 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2299  hypothetical protein  26 
 
 
809 aa  97.4  8e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3371  hypothetical protein  24.72 
 
 
895 aa  91.7  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.94917  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1210  decaheme cytochrome c  22.7 
 
 
727 aa  90.9  8e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.260087  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2522  decaheme cytochrome c  24.88 
 
 
720 aa  88.6  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1527  decaheme cytochrome c  24.77 
 
 
722 aa  88.2  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2636  decaheme cytochrome c  23.9 
 
 
724 aa  87.4  1e-15  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2697  decaheme cytochrome c  25.07 
 
 
745 aa  84.3  7e-15  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0633196  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3588  decaheme cytochrome c  23 
 
 
745 aa  82.4  3e-14  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0875  hypothetical protein  24.31 
 
 
893 aa  82.4  3e-14  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0421546 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1579  decaheme cytochrome c  22.96 
 
 
730 aa  81.3  6e-14  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00874065  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1526  decaheme cytochrome c  22.55 
 
 
738 aa  81.6  6e-14  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.324001  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1590  decaheme cytochrome c  22.96 
 
 
730 aa  80.9  9e-14  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.52412e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2216  hypothetical protein  25 
 
 
898 aa  80.1  1e-13  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.352223  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1731  multiheme cytochrome  25.48 
 
 
898 aa  80.1  2e-13  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1658  hypothetical protein  24.05 
 
 
898 aa  79  3e-13  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.131846  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1613  decaheme cytochrome c  22.81 
 
 
730 aa  79.3  3e-13  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.96014e-05  normal  0.166254 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2675  decaheme cytochrome c  22.74 
 
 
724 aa  78.6  4e-13  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  7.33685e-05  normal  0.0455406 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4080  hypothetical protein  23.98 
 
 
936 aa  77  1e-12  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000183317  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1779  decaheme cytochrome c  24.45 
 
 
735 aa  75.5  3e-12  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1479  hypothetical protein  22.44 
 
 
833 aa  75.1  4e-12  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0424195  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2509  decaheme cytochrome c  24.15 
 
 
731 aa  74.7  6e-12  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.84393e-06  hitchhiker  0.000632353 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1713  hypothetical protein  21.66 
 
 
945 aa  74.7  6e-12  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.436521  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2577  decaheme cytochrome c  24.81 
 
 
731 aa  73.2  2e-11  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00883016  decreased coverage  0.00925289 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3573  decaheme cytochrome c  27.22 
 
 
716 aa  70.9  1e-10  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6275  decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family  22.76 
 
 
741 aa  68.9  3e-10  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.772817 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0998  decaheme cytochrome c  22.31 
 
 
766 aa  68.9  3e-10  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3124  decaheme cytochrome c  27.57 
 
 
741 aa  66.6  2e-09  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00184772  hitchhiker  4.2193e-05 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2228  decaheme cytochrome c  27 
 
 
755 aa  65.9  3e-09  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.236086  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4083  hypothetical protein  23.94 
 
 
826 aa  64.7  6e-09  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0344261  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4254  decaheme cytochrome c  22.51 
 
 
729 aa  60.1  1e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.353597  unclonable  2.80036e-08 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0450  hypothetical protein  28.09 
 
 
687 aa  58.5  4e-07  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2696  hypothetical protein  25.4 
 
 
822 aa  58.9  4e-07  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4517  hypothetical protein  23.31 
 
 
642 aa  57.8  7e-07  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.247929 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1268  hypothetical protein  21.51 
 
 
789 aa  57.8  8e-07  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.487663  hitchhiker  0.00130496 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3108  hypothetical protein  21.72 
 
 
788 aa  57  1e-06  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1421  hypothetical protein  26.75 
 
 
657 aa  56.6  2e-06  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1187  hypothetical protein  23.48 
 
 
778 aa  55.1  5e-06  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3251  hypothetical protein  21.27 
 
 
788 aa  53.1  2e-05  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2613  decaheme cytochrome c  25.51 
 
 
762 aa  52.4  3e-05  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000355284  hitchhiker  7.40819e-06 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2379  hypothetical protein  38.98 
 
 
1111 aa  52  4e-05  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.49944  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0447  hypothetical protein  23.03 
 
 
612 aa  51.6  6e-05  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.476837 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1473  decaheme cytochrome c  25.95 
 
 
761 aa  51.2  8e-05  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000262006  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1478  decaheme cytochrome c  25.95 
 
 
761 aa  50.8  9e-05  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.174618  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3098  hypothetical protein  22.55 
 
 
789 aa  50.4  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3200  hypothetical protein  26.61 
 
 
820 aa  49.7  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2764  hypothetical protein  25.13 
 
 
843 aa  49.7  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.185672  hitchhiker  8.08171e-07 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2874  decaheme cytochrome c  25.18 
 
 
764 aa  49.7  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0594793  hitchhiker  8.91097e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1509  decaheme cytochrome c  25.77 
 
 
764 aa  49.7  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130709  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0913  decaheme cytochrome c  27.91 
 
 
770 aa  48.9  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.546873  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2692  cytochrome C family protein  31.36 
 
 
319 aa  48.1  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1659  decaheme cytochrome c  26.65 
 
 
758 aa  47.8  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2787  decaheme cytochrome c  24.54 
 
 
762 aa  47.8  0.0008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0256712 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2680  decaheme cytochrome c  26.27 
 
 
762 aa  47.4  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.463028  unclonable  6.43351e-05 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2603  hypothetical protein  22.83 
 
 
742 aa  47.4  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.430741  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0523  cytochrome c family protein  27.59 
 
 
259 aa  47  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.149133 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1244  hypothetical protein  22.83 
 
 
742 aa  46.2  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0505071  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2928  cytochrome c family protein  26.09 
 
 
350 aa  46.2  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  7.03284e-06  decreased coverage  2.01033e-17 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1380  decaheme cytochrome c  25.86 
 
 
765 aa  45.8  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2523  hypothetical protein  36.36 
 
 
757 aa  46.2  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0910  hypothetical protein  22.32 
 
 
731 aa  45.8  0.003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.688824 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1345  multiheme cytochrome  22.08 
 
 
742 aa  44.7  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>