More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3364 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3529  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  77.33 
 
 
413 aa  658    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134965  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3364  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  100 
 
 
419 aa  848    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1330  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.53 
 
 
411 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.484151 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.53 
 
 
411 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1296  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  70.05 
 
 
411 aa  579  1e-164  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3058  DEAD/DEAH box helicase domain protein  69.73 
 
 
412 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.025666 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2718  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.43 
 
 
413 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.695132  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1162  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.32 
 
 
409 aa  568  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3388  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  68.36 
 
 
409 aa  567  1e-160  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1232  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  69.32 
 
 
409 aa  565  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1161  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  68.36 
 
 
409 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3027  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  66.26 
 
 
414 aa  560  1e-158  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2952  DEAD/DEAH box helicase-like protein  58.6 
 
 
419 aa  495  1e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0608  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.53 
 
 
421 aa  487  1e-136  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2800  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  60.96 
 
 
408 aa  474  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0135587 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0198  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.45 
 
 
418 aa  464  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0042  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.04 
 
 
420 aa  449  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0429  putative ATP-dependent RNA helicase 1  52.99 
 
 
418 aa  432  1e-120  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0248  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.87 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0735  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  51.87 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0914  ATP-dependent RNA helicase  51.87 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348859  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0025  DEAD/DEAH box helicase-like  51.85 
 
 
398 aa  425  1e-118  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2460  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  51.87 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115512  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0748  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  51.87 
 
 
485 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.162375  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  52.64 
 
 
540 aa  424  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2379  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.49 
 
 
488 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2595  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.77 
 
 
479 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.381467  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  49.31 
 
 
543 aa  419  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2699  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.67 
 
 
486 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.411563  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2059  DEAD/DEAH box helicase-like  52.67 
 
 
486 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311638  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.25 
 
 
560 aa  418  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2404  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.3 
 
 
407 aa  420  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.785328  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.25 
 
 
565 aa  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2723  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.65 
 
 
480 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0181544  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2670  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.67 
 
 
486 aa  418  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.42 
 
 
480 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.42 
 
 
515 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5998  DEAD/DEAH box helicase  52.42 
 
 
484 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0607  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.91 
 
 
482 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  52.33 
 
 
540 aa  417  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.42 
 
 
522 aa  413  1e-114  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0681  ATP-dependent RNA helicase  51.31 
 
 
420 aa  414  1e-114  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.365485  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2698  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  52.33 
 
 
473 aa  413  1e-114  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0786  putative ATP-dependent RNA helicase rhlE  51.31 
 
 
411 aa  415  1e-114  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456558  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0709  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.37 
 
 
422 aa  410  1e-113  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  52.91 
 
 
506 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  51.15 
 
 
454 aa  403  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.15 
 
 
454 aa  403  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.89 
 
 
454 aa  402  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.52 
 
 
426 aa  402  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  51.15 
 
 
454 aa  403  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.15 
 
 
454 aa  403  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.15 
 
 
455 aa  403  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.15 
 
 
454 aa  404  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.15 
 
 
454 aa  403  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000199  ATP-dependent RNA helicase  50.26 
 
 
419 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00545239  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1331  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.89 
 
 
456 aa  399  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.46 
 
 
479 aa  400  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1952  DEAD/DEAH box helicase-like  48.7 
 
 
426 aa  401  9.999999999999999e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.62212 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2510  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.65 
 
 
455 aa  398  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.64 
 
 
453 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3519  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.87 
 
 
436 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.64 
 
 
453 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2555  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.89 
 
 
454 aa  401  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.64 
 
 
453 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.64 
 
 
453 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3215  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.11 
 
 
477 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.64 
 
 
453 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2419  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.15 
 
 
452 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05933  hypothetical protein  46.7 
 
 
421 aa  396  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1974  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.83 
 
 
438 aa  396  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1820  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  52.47 
 
 
447 aa  398  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.219559 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1565  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.92 
 
 
492 aa  396  1e-109  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  52.47 
 
 
418 aa  397  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2657  DEAD/DEAH box helicase-like  48.56 
 
 
510 aa  397  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.37 
 
 
494 aa  398  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.47 
 
 
418 aa  397  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1452  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.64 
 
 
471 aa  398  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000222801  unclonable  0.00000844821 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2535  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.26 
 
 
436 aa  394  1e-108  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4920  DEAD/DEAH box helicase-like  51.43 
 
 
446 aa  392  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00126468  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0924  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.88 
 
 
403 aa  393  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3520  DEAD/DEAH box helicase-like  48.64 
 
 
579 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1528  ATP-dependent RNA helicase RhlE  47.27 
 
 
477 aa  393  1e-108  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.515167  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  50.36 
 
 
452 aa  394  1e-108  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.81 
 
 
513 aa  394  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2088  putative ATP-dependent RNA helicase 1  49.61 
 
 
453 aa  391  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.936977 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  52.08 
 
 
535 aa  390  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0878  helicase, C-terminal:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  47.61 
 
 
425 aa  388  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.121425 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2935  ATP-dependent RNA helicase RhlE  50.89 
 
 
476 aa  390  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  50.5 
 
 
445 aa  390  1e-107  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  49.11 
 
 
462 aa  389  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1244  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.11 
 
 
571 aa  391  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.28 
 
 
491 aa  390  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.56 
 
 
549 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  50.38 
 
 
429 aa  388  1e-107  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.65 
 
 
578 aa  389  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4766  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  50.39 
 
 
443 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110868  decreased coverage  0.00101931 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0654  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.39 
 
 
439 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000031459  normal  0.38064 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.79 
 
 
443 aa  388  1e-106  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.56 
 
 
549 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>