190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3359 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_1832  cytochrome c-type protein TorC  79.34 
 
 
392 aa  689    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.826575  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1233  tetraheme cytochrome c  85.97 
 
 
392 aa  734    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3342  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  86.73 
 
 
392 aa  738    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.688416  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3359  trimethylamine-N-oxide reductase C-type cytochrome TorC  100 
 
 
392 aa  828    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1155  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  85.71 
 
 
392 aa  733    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1052  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  85.71 
 
 
392 aa  733    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.653719  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1117  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  85.46 
 
 
392 aa  731    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.514316  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1995  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  87.5 
 
 
392 aa  744    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.783137  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1056  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  85.46 
 
 
392 aa  731    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3351  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  85.71 
 
 
392 aa  733    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0988  tetraheme cytochrome c  78.32 
 
 
391 aa  674    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3212  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  85.71 
 
 
392 aa  733    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2797  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  88.78 
 
 
392 aa  754    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.135718 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3525  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  91.84 
 
 
392 aa  776    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3212  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  85.46 
 
 
392 aa  731    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1297  cytochrome c-type protein TorC  54.87 
 
 
394 aa  471  1.0000000000000001e-131  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003826  cytochrome c-type protein TorY  52.6 
 
 
383 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0773  cytochrome c-type protein  49.62 
 
 
392 aa  414  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2730  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  48.08 
 
 
407 aa  409  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0213  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  45.65 
 
 
411 aa  369  1e-101  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.460429  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1672  cytochrome c-type protein  43.44 
 
 
389 aa  334  1e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4106  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.47 
 
 
394 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4213  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.47 
 
 
394 aa  290  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4034  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.47 
 
 
394 aa  290  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4155  cytochrome c-type protein torC  37.47 
 
 
394 aa  290  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4051  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  37.21 
 
 
394 aa  288  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2646  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  39.29 
 
 
390 aa  279  7e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2599  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  39.29 
 
 
390 aa  279  7e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.426905 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1107  cytochrome c-type protein torC  39.29 
 
 
390 aa  279  7e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1113  cytochrome c-type protein torC  39.29 
 
 
390 aa  278  1e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.444567  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2128  cytochrome c-type protein torC  38.78 
 
 
390 aa  276  4e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1232  cytochrome c-type protein torC  38.56 
 
 
390 aa  276  4e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00999  trimethylamine N-oxide (TMAO) reductase I, cytochrome c-type subunit  39.03 
 
 
390 aa  275  8e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01006  hypothetical protein  39.03 
 
 
390 aa  275  8e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3773  trimethylamine-N-oxide reductase c-type cytochrome TorC  36.65 
 
 
392 aa  257  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0656  NapC/NirT cytochrome c-like  38.11 
 
 
389 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.57103 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1283  membrane-bound tetrahaem cytochrome TorC/YecK  38.48 
 
 
392 aa  256  5e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1749  NapC/NirT cytochrome c-like  38.53 
 
 
385 aa  255  8e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.154925 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3046  DMSO/TMAO pentaheme cytochrome c subunit  36.39 
 
 
392 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1875  NapC/NirT cytochrome c-like  34.35 
 
 
391 aa  239  8e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1499  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome, NapC/NirT  57.69 
 
 
195 aa  238  1e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.924736  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1055  cytochrome c-type protein NapC  57.46 
 
 
195 aa  236  6e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2551  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family protein  55.74 
 
 
199 aa  236  7e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.476596  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1938  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  56.83 
 
 
195 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00561646  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1905  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  57.14 
 
 
195 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1844  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  56.28 
 
 
195 aa  234  3e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.413955  hitchhiker  0.000210051 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1624  periplasmic nitrate reductase C-type cytochrome, NapC/NirT  57.14 
 
 
195 aa  233  3e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.123114  normal  0.442563 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2381  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  56.28 
 
 
195 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000554571  normal  0.329531 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1945  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  56.28 
 
 
195 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00277944  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2133  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  56.28 
 
 
195 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000264012 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1902  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  56.28 
 
 
195 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.526119  hitchhiker  0.000000839402 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1912  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  56.28 
 
 
195 aa  232  9e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00847918  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4219  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  36.69 
 
 
359 aa  231  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0284374  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1772  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  56.04 
 
 
195 aa  232  1e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2678  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  55.8 
 
 
199 aa  229  5e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.401671  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2425  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  55.49 
 
 
199 aa  229  9e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4765  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  53.72 
 
 
195 aa  227  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.719721  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3232  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  34.38 
 
 
386 aa  227  3e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000448194 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2846  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  51.61 
 
 
195 aa  225  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.271621  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2983  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  55.25 
 
 
198 aa  223  3e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.000569664  normal  0.0718991 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4207  cytochrome c-type protein NapC  53.19 
 
 
198 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4061  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome NapC/NirT  52.66 
 
 
195 aa  223  4e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418249  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4723  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  53.12 
 
 
237 aa  223  4e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0585086  normal  0.100383 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49270  cytochrome c-type protein NapC  52.66 
 
 
198 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0776862  normal  0.0378882 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2440  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  51.93 
 
 
195 aa  223  6e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.43164 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0086  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  60.98 
 
 
171 aa  221  1.9999999999999999e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2390  cytochrome c-type protein NapC  54.05 
 
 
200 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2495  cytochrome c-type protein NapC  54.05 
 
 
200 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00306548 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2598  cytochrome c-type protein NapC  54.05 
 
 
200 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.374466 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2481  cytochrome c-type protein NapC  54.05 
 
 
200 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2439  cytochrome c-type protein NapC  54.05 
 
 
200 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119993  normal  0.568439 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5182  NapC/NirT family periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome  49.3 
 
 
233 aa  218  2e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.477551 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0369  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  50.83 
 
 
204 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000187536 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1860  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  51.34 
 
 
220 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.791611  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05451  cytochrome c protein, subunit of nitrate reductase  34.05 
 
 
361 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2617  NapC/NirT cytochrome c domain protein  52.51 
 
 
203 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.245408  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02129  nitrate reductase, cytochrome c-type, periplasmic  53.33 
 
 
200 aa  210  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.268616  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1457  periplasmic nitrate (or nitrite) reductase c-type cytochrome, NapC/NirT family  53.33 
 
 
200 aa  210  4e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2501  cytochrome c-type protein NapC  53.33 
 
 
200 aa  210  4e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0954  periplasmic nitrate reductase c-type cytochrome, NapC/NirT  50.82 
 
 
212 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.448088 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02088  hypothetical protein  53.33 
 
 
200 aa  210  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.254061  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3339  cytochrome c-type protein NapC  53.33 
 
 
200 aa  210  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1448  cytochrome c-type protein NapC  52.78 
 
 
200 aa  210  4e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2340  cytochrome c-type protein NapC  53.33 
 
 
200 aa  210  4e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2350  cytochrome c-type protein NapC  53.33 
 
 
200 aa  210  4e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0739  cytochrome c-type protein NapC  53.33 
 
 
200 aa  210  4e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2788  cytochrome c-type protein NapC  51.38 
 
 
200 aa  209  6e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0166943 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1389  cytochrome c-type protein NapC  51.38 
 
 
199 aa  209  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.701394  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1275  cytochrome c-type protein NapC  51.38 
 
 
199 aa  209  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2936  NapC/NirT cytochrome c domain protein  49.47 
 
 
234 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.441265  normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4118  periplasmic nitrate reductase subunit NapC  48.95 
 
 
227 aa  205  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2579  NapC/NirT cytochrome c, N-terminal  50.83 
 
 
191 aa  202  8e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.123088  normal  0.367368 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2415  cytochrome c-type protein NapC  50.28 
 
 
200 aa  202  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3992  hypothetical protein  49.46 
 
 
222 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0212723  normal  0.240868 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2719  cytochrome c-type protein NapC  49.72 
 
 
200 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1915  periplasmic nitrate reductase, cytochrome c-type protein  49.22 
 
 
196 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000371882  normal  0.91066 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1338  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  47.78 
 
 
202 aa  197  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3218  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  45.55 
 
 
234 aa  196  7e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0619  periplasmic nitrate reductase, cytochrome c-type protein  47.87 
 
 
191 aa  196  7e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1017  NapC/NirT cytochrome c domain-containing protein  47.69 
 
 
204 aa  196  8.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>