112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3338 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3338  amino acid ABC transporter  100 
 
 		 260 aa  535  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  70.09 
 
 		 250 aa  346  3e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2779  amino acid ABC transporter  55.91 
 
 		 269 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  52.27 
 
 		 270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3185  extracellular solute-binding protein  49.21 
 
 		 274 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1182  extracellular solute-binding protein family 3  48.82 
 
 		 274 aa  251  6e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3329  extracellular solute-binding protein  49.21 
 
 		 274 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1070  extracellular solute-binding protein  52.73 
 
 		 272 aa  249  4e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000162274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1142  extracellular solute-binding protein  52.27 
 
 		 272 aa  248  5e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000284369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1074  extracellular solute-binding protein  52.27 
 
 		 272 aa  248  6e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1260  amino acid ABC transporter  52.51 
 
 		 273 aa  248  9e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3191  extracellular solute-binding protein  48.43 
 
 		 274 aa  247  1e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1008  amino acid ABC transporter  43.41 
 
 		 259 aa  227  2e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  47.39 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2795  extracellular solute-binding protein  51.09 
 
 		 271 aa  219  5e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  37.5 
 
 		 259 aa  157  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6012  putative lipoprotein  27.92 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  27.53 
 
 		 293 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  25.21 
 
 		 252 aa  93.6  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 		 262 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.79 
 
 		 265 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 270 aa  74.7  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 262 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  24.43 
 
 		 262 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.64 
 
 		 243 aa  72  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1295  hypothetical protein  27.82 
 
 		 239 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.634955  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 		 251 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  27.62 
 
 		 264 aa  69.3  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  22.58 
 
 		 245 aa  69.3  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0521  hypothetical protein  25.41 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.282401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0556  hypothetical protein  25.52 
 
 		 247 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25 
 
 		 251 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  24.54 
 
 		 243 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.55 
 
 		 245 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  22.92 
 
 		 245 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3539  ABC transporter periplasmic-binding protein  27.11 
 
 		 277 aa  65.9  0.0000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 232 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  23.86 
 
 		 262 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  25.1 
 
 		 245 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  23.61 
 
 		 253 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0567  hypothetical protein  23.43 
 
 		 247 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.230648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2337  extracellular solute-binding protein  27.44 
 
 		 258 aa  62  0.000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.329158  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 		 272 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.49 
 
 		 263 aa  60.5  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  22.31 
 
 		 252 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0574  hypothetical protein  23.97 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  23.58 
 
 		 297 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  23.81 
 
 		 245 aa  58.2  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  23.36 
 
 		 251 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3932  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.74 
 
 		 262 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3223  extracellular solute-binding protein  20.99 
 
 		 268 aa  57.4  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  25.97 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  22.18 
 
 		 262 aa  57  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  23.89 
 
 		 247 aa  56.6  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4859  putative cation efflux protein  22.39 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.674192  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0574  putative cation efflux protein  24.49 
 
 		 243 aa  55.8  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0793473  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03697  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.14 
 
 		 675 aa  55.1  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 		 246 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  25.11 
 
 		 251 aa  54.7  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 		 258 aa  53.5  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.99 
 
 		 247 aa  53.9  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  23.36 
 
 		 247 aa  53.1  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  22.31 
 
 		 270 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  22.69 
 
 		 269 aa  52.8  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  21.4 
 
 		 259 aa  52  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0802  hypothetical protein  23.87 
 
 		 285 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  21.03 
 
 		 483 aa  51.6  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  20.83 
 
 		 266 aa  50.8  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  21.25 
 
 		 266 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0388  hypothetical protein  26.46 
 
 		 274 aa  51.2  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.333934 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0201  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 266 aa  51.2  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  23.77 
 
 		 247 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  23.77 
 
 		 247 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3857  hypothetical protein  21.84 
 
 		 255 aa  50.4  0.00003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3870  hypothetical protein  25 
 
 		 278 aa  50.4  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  20.92 
 
 		 265 aa  49.7  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  23.48 
 
 		 262 aa  48.9  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  22.62 
 
 		 266 aa  48.5  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  20.98 
 
 		 266 aa  47.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  22.27 
 
 		 253 aa  47.8  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  24.54 
 
 		 288 aa  47.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3729  periplasmic amino acid-binding protein-related protein  22.83 
 
 		 260 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  24.8 
 
 		 264 aa  46.2  0.0006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  19.72 
 
 		 264 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5012  hypothetical protein  22.73 
 
 		 241 aa  44.7  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.414864 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.3 
 
 		 267 aa  45.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  25.51 
 
 		 264 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  25.1 
 
 		 264 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  19.72 
 
 		 313 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  19.72 
 
 		 313 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  19.72 
 
 		 313 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2034  extracellular solute-binding protein  21.72 
 
 		 260 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.530629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2177  extracellular solute-binding protein  22.36 
 
 		 258 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0443241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  19.55 
 
 		 266 aa  43.9  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  19.55 
 
 		 266 aa  44.3  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  19.55 
 
 		 315 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  19.55 
 
 		 320 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4360  hypothetical protein  24.12 
 
 		 264 aa  43.9  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  hitchhiker  0.0094359 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  26.34 
 
 		 264 aa  43.5  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3063  hypothetical protein  26.19 
 
 		 264 aa  43.5  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00343985  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>