More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3330 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3330  heat shock protein GrpE  100 
 
 
209 aa  423  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000166428  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3479  heat shock protein GrpE  84.69 
 
 
209 aa  360  9e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  4.35816e-05  normal  0.0401789 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2992  heat shock protein GrpE  81.59 
 
 
200 aa  331  6e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.63848e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2772  heat shock protein GrpE  77.46 
 
 
205 aa  307  6e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  9.76111e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2791  heat shock protein GrpE  71.29 
 
 
201 aa  301  4e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  1.03997e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1274  heat shock protein GrpE  71.98 
 
 
206 aa  298  4e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  1.25429e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2572  heat shock protein GrpE  71.29 
 
 
201 aa  298  4e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  9.57049e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2805  heat shock protein GrpE  71.57 
 
 
203 aa  295  4e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.98857e-07  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1524  heat shock protein GrpE  69.63 
 
 
206 aa  295  5e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1356  heat shock protein GrpE  69.16 
 
 
206 aa  293  9e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  8.27789e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1379  heat shock protein GrpE  69.16 
 
 
206 aa  293  9e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  7.98826e-07  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3005  heat shock protein GrpE  69.16 
 
 
206 aa  293  9e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  7.67299e-10  decreased coverage  7.11999e-08 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1342  heat shock protein GrpE  69.16 
 
 
206 aa  293  9e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.63417e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2732  heat shock protein GrpE  71.57 
 
 
203 aa  293  1e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  3.69534e-09  normal  0.883865 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2902  heat shock protein GrpE  71.78 
 
 
206 aa  292  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  7.75754e-08  normal  0.0175654 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2437  heat shock protein GrpE  70.33 
 
 
200 aa  273  1e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  4.5112e-09  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2473  protein GrpE (heat shock protein)  58.97 
 
 
194 aa  227  1e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02254  heat shock protein GrpE  56.46 
 
 
211 aa  217  1e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.781248  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1986  GrpE protein  68.46 
 
 
204 aa  207  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3823  co-chaperone GrpE  62.2 
 
 
209 aa  202  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0381  heat shock protein GrpE  52.91 
 
 
200 aa  200  1e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.901514  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01132  heat shock protein GrpE  50.75 
 
 
212 aa  199  2e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004293  heat shock protein GrpE  52 
 
 
198 aa  198  5e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0129991  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0965  heat shock protein GrpE  57.69 
 
 
195 aa  176  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000249934  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0649  heat shock protein GrpE  51.85 
 
 
195 aa  176  3e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.127631  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4594  heat shock protein GrpE  54.32 
 
 
185 aa  172  3e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.243186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4728  heat shock protein GrpE  53.7 
 
 
185 aa  171  8e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.079881  hitchhiker  0.00247949 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0730  heat shock protein GrpE  57.05 
 
 
195 aa  171  8e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0176899  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0704  heat shock protein GrpE  54.72 
 
 
184 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.94046  hitchhiker  0.000436359 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3625  heat shock protein GrpE  52.98 
 
 
189 aa  169  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.42288  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1378  heat shock protein GrpE  49.26 
 
 
192 aa  167  7e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  9.95394e-12  normal  0.160188 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2887  heat shock protein GrpE  49.26 
 
 
192 aa  167  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.65498e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2974  heat shock protein GrpE  49.26 
 
 
192 aa  167  7e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  3.64467e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3216  heat shock protein GrpE  54.49 
 
 
195 aa  166  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.116428  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4729  heat shock protein GrpE  54.09 
 
 
184 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3095  GrpE protein  55.41 
 
 
210 aa  164  7e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3684  heat shock protein GrpE  46.8 
 
 
190 aa  163  2e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  1.60031e-07  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0916  co-chaperone GrpE  54.19 
 
 
206 aa  162  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.764305  normal  0.338613 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1901  GrpE protein  45.64 
 
 
218 aa  162  3e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.489852  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3296  heat shock protein GrpE  54.49 
 
 
195 aa  161  8e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0127245  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62990  heat shock protein GrpE  50.6 
 
 
186 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142705  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0971  GrpE protein  53.38 
 
 
187 aa  157  8e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.314079  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1857  GrpE protein  49.67 
 
 
185 aa  156  2e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4196  heat shock protein GrpE  50 
 
 
187 aa  156  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00395445  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4506  heat shock protein GrpE  50 
 
 
187 aa  156  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.316473  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2812  GrpE protein  49.7 
 
 
210 aa  157  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0237715  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0869  GrpE protein  44.32 
 
 
186 aa  155  3e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.555049  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0612  co-chaperone GrpE  47.47 
 
 
198 aa  155  5e-37  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0762  heat shock protein GrpE  50.31 
 
 
189 aa  154  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0546948  normal  0.350599 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3363  GrpE protein  47.2 
 
 
245 aa  153  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00347236  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42980  heat shock protein GrpE  49.36 
 
 
187 aa  152  3e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3965  GrpE protein  48.35 
 
 
192 aa  152  3e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.54707 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5482  heat shock protein GrpE  47.62 
 
 
189 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.601194  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1473  GrpE protein  49.64 
 
 
190 aa  150  2e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00324826  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2734  heat shock protein GrpE  49.02 
 
 
194 aa  148  7e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  5.6941e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1477  GrpE protein  45.31 
 
 
240 aa  145  4e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0459  GrpE protein  46.54 
 
 
193 aa  142  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.585573  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1061  Ribulose-phosphate 3-epimerase  42.93 
 
 
197 aa  142  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.7652e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3002  heat shock protein GrpE  42.44 
 
 
197 aa  142  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  7.86694e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1070  heat shock protein GrpE  42.44 
 
 
197 aa  142  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00219843  normal  0.0707842 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02466  hypothetical protein  42.44 
 
 
197 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  5.87917e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2772  heat shock protein GrpE  42.44 
 
 
197 aa  142  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.08072e-20  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02502  heat shock protein  42.44 
 
 
197 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  5.06013e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2766  heat shock protein GrpE  42.36 
 
 
196 aa  142  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  5.06874e-10  normal  0.0900785 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2008  heat shock protein GrpE  44 
 
 
199 aa  141  5e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3094  heat shock protein GrpE  43.84 
 
 
197 aa  141  6e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  1.90441e-07  normal  0.118238 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2898  heat shock protein GrpE  42.36 
 
 
196 aa  140  9e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  5.38048e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2877  heat shock protein GrpE  43.07 
 
 
196 aa  140  1e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651941  normal  0.125347 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2895  heat shock protein GrpE  43.07 
 
 
196 aa  140  1e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.804576  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2897  heat shock protein GrpE  43.07 
 
 
196 aa  140  1e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3010  heat shock protein GrpE  43.07 
 
 
250 aa  140  1e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.582953  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0752  GrpE protein  50.97 
 
 
184 aa  140  1e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0541429  normal  0.250608 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2240  GrpE protein  48.68 
 
 
193 aa  140  1e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0231109  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2828  heat shock protein GrpE  43.07 
 
 
241 aa  140  1e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000182531  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3853  heat shock protein GrpE  42.57 
 
 
197 aa  140  1e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  5.10847e-07  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2003  heat shock protein GrpE  43.33 
 
 
199 aa  139  2e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3042  heat shock protein GrpE  50 
 
 
207 aa  139  4e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.27806  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0736  heat shock protein GrpE  48.32 
 
 
194 aa  137  8e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.273487  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0644  heat shock protein GrpE  51.06 
 
 
181 aa  136  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0667  heat shock protein GrpE  51.06 
 
 
181 aa  136  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.151401  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0924  GrpE protein  49.34 
 
 
184 aa  136  3e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.929146  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3544  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.86 
 
 
204 aa  135  3e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.741634 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0180  heat shock protein GrpE  45.83 
 
 
228 aa  136  3e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0599175  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3837  heat shock protein GrpE  51.06 
 
 
181 aa  135  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2468  heat shock protein GrpE  49.33 
 
 
215 aa  135  4e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.338096  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2874  heat shock protein GrpE  50.67 
 
 
215 aa  135  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2635  heat shock protein GrpE  49.65 
 
 
181 aa  135  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0750  heat shock protein GrpE  49.65 
 
 
181 aa  135  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.680261  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0266  heat shock protein GrpE  49.65 
 
 
181 aa  135  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0719  heat shock protein GrpE  49.65 
 
 
181 aa  135  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.76077  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2372  GrpE protein  49.03 
 
 
201 aa  133  2e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.919254  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2639  heat shock protein GrpE  50.33 
 
 
214 aa  132  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3963  heat shock protein GrpE  49.65 
 
 
194 aa  132  4e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.107722 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0012  heat shock protein GrpE  43.51 
 
 
208 aa  132  4e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.976347  hitchhiker  0.000405819 
 
 
-
 
NC_004310  BR0171  heat shock protein GrpE  43.54 
 
 
230 aa  131  6e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1599  heat shock protein GrpE  44.52 
 
 
171 aa  131  7e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.388628  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4019  heat shock protein GrpE  43.33 
 
 
222 aa  131  7e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.925805  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1306  heat shock protein GrpE  48.94 
 
 
178 aa  131  8e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0165  heat shock protein GrpE  43.54 
 
 
230 aa  131  9e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.507974  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2457  GrpE protein  41.58 
 
 
204 aa  131  9e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.23302  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>