More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3304 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3304  porin  100 
 
 		 314 aa  635    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  hitchhiker  0.00000130468 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  81.33 
 
 		 316 aa  533  1e-150  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  86.71 
 
 		 316 aa  520  1e-147  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000019899  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  83.17 
 
 		 315 aa  513  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  76.9 
 
 		 316 aa  498  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000017597  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  78.98 
 
 		 314 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  78.98 
 
 		 314 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  78.98 
 
 		 314 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  78.91 
 
 		 313 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  78.34 
 
 		 314 aa  478  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000245677  hitchhiker  0.00000646129 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  77.71 
 
 		 314 aa  474  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000036835  hitchhiker  0.00000168324 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  77.39 
 
 		 314 aa  473  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000203454  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  71.56 
 
 		 314 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  72.14 
 
 		 317 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000491313  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  70.7 
 
 		 308 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  71.96 
 
 		 321 aa  435  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  39.52 
 
 		 340 aa  217  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  40.19 
 
 		 302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  31.03 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000245606  unclonable  0.000000000165223 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  31.02 
 
 		 338 aa  149  9e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  29.71 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000138522  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  31.36 
 
 		 347 aa  144  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  31.03 
 
 		 342 aa  143  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  30.51 
 
 		 348 aa  144  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  29.32 
 
 		 354 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000255579  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  29.32 
 
 		 354 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000049607  unclonable  0.00000000000354557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  29.75 
 
 		 353 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000331419  unclonable  0.0000251685 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  30.81 
 
 		 361 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000269892  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  28.93 
 
 		 346 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000129455  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  28.22 
 
 		 356 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000270281  hitchhiker  0.000000479229 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  29.58 
 
 		 344 aa  136  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000486852  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  27.93 
 
 		 365 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  27.45 
 
 		 359 aa  135  8e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000551944  decreased coverage  0.0000318488 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2278  porin  30.09 
 
 		 346 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  28.96 
 
 		 355 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  28.94 
 
 		 349 aa  126  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  27.82 
 
 		 369 aa  125  9e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  26.18 
 
 		 372 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  31.03 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  26.2 
 
 		 347 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  33.53 
 
 		 345 aa  122  5e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000937994  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  29.81 
 
 		 354 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000457647  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  28.97 
 
 		 354 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  0.000000540368 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  27.91 
 
 		 345 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  28.93 
 
 		 354 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  27.73 
 
 		 353 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000021464  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  32.76 
 
 		 362 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.0000207768  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  30.8 
 
 		 351 aa  119  6e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  28.49 
 
 		 354 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  0.000000000146698 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  28.49 
 
 		 354 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  28.49 
 
 		 354 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000041631  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  28.49 
 
 		 354 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  28.69 
 
 		 354 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000494692  decreased coverage  0.0000362774 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  28.36 
 
 		 352 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000145814  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  30.33 
 
 		 346 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  28.74 
 
 		 354 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000296209  hitchhiker  0.0000000599213 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  26.69 
 
 		 351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1984  porin Gram-negative type  31.91 
 
 		 367 aa  103  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000864013  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  33.47 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1755  outer membrane protein (porin)  31.18 
 
 		 344 aa  89.7  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  25.89 
 
 		 339 aa  89.7  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000063685  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2179  porin Gram-negative type  30.65 
 
 		 344 aa  89.4  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2085  porin Gram-negative type  30.11 
 
 		 344 aa  87.4  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  30.19 
 
 		 350 aa  87  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  25.19 
 
 		 349 aa  85.1  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  27.24 
 
 		 360 aa  70.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0773  outer membrane protein (porin)  30.65 
 
 		 333 aa  70.5  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000136886  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  26.3 
 
 		 336 aa  70.1  0.00000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00714  porin precursor transmembrane protein  24.63 
 
 		 351 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000654265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4343  porin  27.09 
 
 		 329 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.926116 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3719  porin Gram-negative type  25 
 
 		 352 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0865217  normal  0.777538 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4796  porin Gram-negative type  25 
 
 		 352 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0944571 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  25.61 
 
 		 336 aa  67.4  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0683  porin  25.66 
 
 		 374 aa  67  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.925989  normal  0.138138 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4344  porin  25.88 
 
 		 340 aa  66.6  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3619  porin  32.04 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00814713  hitchhiker  0.000626755 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1939  porin Gram-negative type  25.15 
 
 		 356 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173023  normal  0.0269425 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  28.09 
 
 		 373 aa  64.3  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2262  porin Gram-negative type  24.62 
 
 		 356 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.865753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0724  porin  29.27 
 
 		 348 aa  63.5  0.000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  25.5 
 
 		 326 aa  62.8  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0593  porin  30 
 
 		 368 aa  63.2  0.000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.000000197819  unclonable  2.8842300000000004e-18 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5820  porin  28.02 
 
 		 338 aa  62.8  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.595518  normal  0.841519 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2847  porin  29.29 
 
 		 389 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0452  porin  26.13 
 
 		 385 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14543  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6317  outer membrane protein, (porin)  23.67 
 
 		 358 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1069  porin Gram-negative type  24.1 
 
 		 372 aa  62  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.992947  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0477  porin  26.13 
 
 		 385 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  30.14 
 
 		 380 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  28.78 
 
 		 380 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0438  OmpC family outer membrane porin  24.83 
 
 		 344 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.513218  normal  0.842946 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3742  porin  29.53 
 
 		 380 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4315  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  28.42 
 
 		 357 aa  60.8  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4327  porin  29.53 
 
 		 380 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  27.88 
 
 		 365 aa  60.5  0.00000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000869717  unclonable  0.00000125637 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4039  porin  29.53 
 
 		 379 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0993774  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0153  porin Gram-negative type  24.68 
 
 		 344 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0650  porin  25.78 
 
 		 369 aa  60.1  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000349197  normal  0.162286 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0527  porin  25.47 
 
 		 352 aa  59.7  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0023989  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  25.91 
 
 		 367 aa  59.7  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>