109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3286 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3286  hypothetical protein  100 
 
 
714 aa  1495  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.909593  hitchhiker  4.68411e-07 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1211  decaheme cytochrome c MtrF  27.62 
 
 
639 aa  203  1e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1580  decaheme cytochrome c MtrF  27.04 
 
 
639 aa  201  5e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0766819  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1614  decaheme cytochrome c MtrF  26.7 
 
 
639 aa  199  1e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0474266  normal  0.168927 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1780  decaheme cytochrome c MtrF  27.08 
 
 
639 aa  199  2e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1591  decaheme cytochrome c MtrF  26.29 
 
 
639 aa  191  4e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.58979e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2674  decaheme cytochrome c MtrF  26.45 
 
 
639 aa  191  6e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0899912  normal  0.105553 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2763  decaheme cytochrome c MtrF  26.65 
 
 
639 aa  189  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0120659  hitchhiker  4.44921e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2508  decaheme cytochrome c MtrF  25.96 
 
 
639 aa  189  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00292179  decreased coverage  0.000509076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1528  decaheme cytochrome c MtrF  27.52 
 
 
646 aa  189  2e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2576  decaheme cytochrome c MtrF  25.82 
 
 
639 aa  186  1e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.134423  decreased coverage  0.00876105 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2694  decaheme cytochrome c MtrF  27.59 
 
 
640 aa  182  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2521  decaheme cytochrome c MtrF  26.53 
 
 
639 aa  179  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4048  hypothetical protein  24.84 
 
 
764 aa  135  2e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1478  decaheme cytochrome c  24.85 
 
 
663 aa  132  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.54716e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3466  hypothetical protein  24.85 
 
 
785 aa  126  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.724503 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3588  decaheme cytochrome c  24.28 
 
 
745 aa  119  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1208  decaheme cytochrome c  25.4 
 
 
656 aa  116  1e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.474569  normal  0.550051 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1526  decaheme cytochrome c  23.88 
 
 
738 aa  116  2e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.324001  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3573  decaheme cytochrome c  24.02 
 
 
716 aa  116  2e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2696  hypothetical protein  22.63 
 
 
822 aa  115  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1612  decaheme cytochrome c  28.8 
 
 
650 aa  110  7e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0130523  normal  0.2896 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1589  decaheme cytochrome c  28.27 
 
 
650 aa  108  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.35795e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2578  decaheme cytochrome c  25.1 
 
 
650 aa  107  6e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00427395  decreased coverage  0.00803379 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1578  decaheme cytochrome c  28.53 
 
 
650 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.05402e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2765  decaheme cytochrome c  28 
 
 
650 aa  106  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00105295  hitchhiker  7.31399e-07 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1779  decaheme cytochrome c  22.86 
 
 
735 aa  106  1e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2676  decaheme cytochrome c  27.74 
 
 
650 aa  106  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000503474  normal  0.0214929 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2524  decaheme cytochrome c  23.05 
 
 
725 aa  103  7e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000418395  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2695  decaheme cytochrome c  24.22 
 
 
719 aa  103  9e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.734788  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3125  decaheme cytochrome c  23.48 
 
 
667 aa  103  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.045e-05  hitchhiker  6.06277e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4254  decaheme cytochrome c  23.58 
 
 
729 aa  101  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.353597  unclonable  2.80036e-08 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2522  decaheme cytochrome c  22.58 
 
 
720 aa  100  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1210  decaheme cytochrome c  23.9 
 
 
727 aa  100  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.260087  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1209  decaheme cytochrome c  22.6 
 
 
729 aa  98.6  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00658895  normal  0.327868 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1525  decaheme cytochrome c  24.28 
 
 
660 aa  98.2  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100516  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1479  hypothetical protein  23.72 
 
 
833 aa  95.1  4e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0424195  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2509  decaheme cytochrome c  22.98 
 
 
731 aa  95.1  4e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.84393e-06  hitchhiker  0.000632353 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2637  decaheme cytochrome c  23.74 
 
 
653 aa  94.4  7e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2697  decaheme cytochrome c  22.72 
 
 
745 aa  92.4  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0633196  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1527  decaheme cytochrome c  21.63 
 
 
722 aa  92.4  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1778  decaheme cytochrome c  23.3 
 
 
671 aa  91.3  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2675  decaheme cytochrome c  22.35 
 
 
724 aa  90.9  8e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  7.33685e-05  normal  0.0455406 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3124  decaheme cytochrome c  23.66 
 
 
741 aa  87  1e-15  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00184772  hitchhiker  4.2193e-05 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2577  decaheme cytochrome c  22.41 
 
 
731 aa  85.5  3e-15  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00883016  decreased coverage  0.00925289 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3200  hypothetical protein  23.14 
 
 
820 aa  84.7  5e-15  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1187  hypothetical protein  22.17 
 
 
778 aa  82.8  2e-14  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2525  decaheme cytochrome c  23.71 
 
 
656 aa  81.6  5e-14  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  8.37992e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2764  hypothetical protein  23.36 
 
 
843 aa  81.3  6e-14  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.185672  hitchhiker  8.08171e-07 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2510  decaheme cytochrome c  24.08 
 
 
655 aa  79.3  2e-13  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0178218  hitchhiker  0.000666167 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2636  decaheme cytochrome c  22.18 
 
 
724 aa  77.4  9e-13  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0910  hypothetical protein  22.38 
 
 
731 aa  75.1  4e-12  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.688824 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1731  multiheme cytochrome  27.3 
 
 
898 aa  74.7  5e-12  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2216  hypothetical protein  27.3 
 
 
898 aa  74.3  6e-12  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.352223  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1658  hypothetical protein  27.3 
 
 
898 aa  74.3  6e-12  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.131846  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2292  hypothetical protein  21.7 
 
 
782 aa  73.2  2e-11  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4083  hypothetical protein  22.5 
 
 
826 aa  72.4  3e-11  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0344261  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1509  decaheme cytochrome c  23.43 
 
 
764 aa  71.6  5e-11  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130709  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0918  decaheme cytochrome c  21.9 
 
 
764 aa  70.9  7e-11  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.613412  normal  0.552776 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2698  decaheme cytochrome c  24.14 
 
 
671 aa  70.9  8e-11  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0681671  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1478  decaheme cytochrome c  23.24 
 
 
761 aa  70.1  1e-10  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.174618  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2874  decaheme cytochrome c  23.24 
 
 
764 aa  70.1  1e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0594793  hitchhiker  8.91097e-06 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3371  hypothetical protein  22.14 
 
 
895 aa  69.7  2e-10  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.94917  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1473  decaheme cytochrome c  23.24 
 
 
761 aa  70.1  2e-10  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000262006  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1409  hypothetical protein  24.01 
 
 
696 aa  69.7  2e-10  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2228  decaheme cytochrome c  21.75 
 
 
755 aa  67  1e-09  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.236086  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2613  decaheme cytochrome c  22.56 
 
 
762 aa  66.6  1e-09  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000355284  hitchhiker  7.40819e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2680  decaheme cytochrome c  22.72 
 
 
762 aa  65.9  2e-09  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.463028  unclonable  6.43351e-05 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1268  hypothetical protein  22.22 
 
 
789 aa  65.5  3e-09  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.487663  hitchhiker  0.00130496 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3251  hypothetical protein  22.75 
 
 
788 aa  65.9  3e-09  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1380  decaheme cytochrome c  21.69 
 
 
765 aa  63.9  9e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2787  decaheme cytochrome c  22.7 
 
 
762 aa  63.9  1e-08  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0256712 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3263  hypothetical protein  31.46 
 
 
655 aa  62.8  2e-08  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2523  hypothetical protein  22.16 
 
 
757 aa  63.2  2e-08  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3108  hypothetical protein  22.53 
 
 
788 aa  62.4  3e-08  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0998  decaheme cytochrome c  21.43 
 
 
766 aa  62  3e-08  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0447  hypothetical protein  29.77 
 
 
612 aa  62.4  3e-08  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.476837 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1356  hypothetical protein  23.34 
 
 
696 aa  61.6  4e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0734371 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3098  hypothetical protein  21.89 
 
 
789 aa  61.6  5e-08  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1659  decaheme cytochrome c  22 
 
 
758 aa  61.2  6e-08  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2603  hypothetical protein  21.36 
 
 
742 aa  60.5  1e-07  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.430741  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1590  decaheme cytochrome c  21.98 
 
 
730 aa  60.1  1e-07  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.52412e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1345  multiheme cytochrome  21.46 
 
 
742 aa  60.5  1e-07  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0450  hypothetical protein  25.09 
 
 
687 aa  59.3  2e-07  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1579  decaheme cytochrome c  21.98 
 
 
730 aa  59.7  2e-07  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00874065  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4080  hypothetical protein  21.91 
 
 
936 aa  59.3  3e-07  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000183317  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1613  decaheme cytochrome c  21.76 
 
 
730 aa  58.5  4e-07  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.96014e-05  normal  0.166254 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1421  hypothetical protein  23.53 
 
 
657 aa  58.2  5e-07  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2507  hypothetical protein  23.21 
 
 
700 aa  58.2  6e-07  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.116766  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3353  hypothetical protein  23.81 
 
 
856 aa  57.4  8e-07  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0913  decaheme cytochrome c  22.79 
 
 
770 aa  57  1e-06  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.546873  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4079  hypothetical protein  27.41 
 
 
885 aa  57  1e-06  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.299167  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1244  hypothetical protein  21 
 
 
742 aa  56.6  2e-06  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0505071  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003776  decaheme cytochrome c MtrF  21.61 
 
 
754 aa  55.1  4e-06  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3163  hypothetical protein  23.38 
 
 
857 aa  54.7  5e-06  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2299  hypothetical protein  30.3 
 
 
809 aa  54.3  7e-06  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4517  hypothetical protein  25.08 
 
 
642 aa  54.7  7e-06  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.247929 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6275  decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family  23.15 
 
 
741 aa  54.3  9e-06  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.772817 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1257  hypothetical protein  23.11 
 
 
762 aa  52.8  2e-05  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2580  hypothetical protein  30.18 
 
 
677 aa  53.1  2e-05  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>