More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3242 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_3375  TonB-dependent receptor plug  84.34 
 
 		 824 aa  1420    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.31809  normal  0.581234 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1347  TonB-dependent receptor  83.41 
 
 		 820 aa  1429    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.475888  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1482  TonB-dependent receptor, putative  77.13 
 
 		 815 aa  1327    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2930  TonB-dependent receptor plug  83 
 
 		 810 aa  1424    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1342  TonB-dependent receptor plug  76.74 
 
 		 820 aa  1321    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00424571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1315  TonB-dependent receptor plug  73.84 
 
 		 821 aa  1280    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000529097  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3044  TonB-dependent receptor plug  73.72 
 
 		 821 aa  1278    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000527887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1445  TonB-dependent receptor, plug  72.19 
 
 		 825 aa  1229    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000476077  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1306  TonB-dependent receptor plug  76.25 
 
 		 820 aa  1314    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000196501  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3242  TonB-dependent receptor  100 
 
 		 811 aa  1665    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000414671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3803  TonB-dependent receptor, plug  50.12 
 
 		 807 aa  796    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2768  TonB-dependent receptor  77.6 
 
 		 823 aa  1331    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000855789  normal  0.291776 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1237  TonB-dependent receptor, plug  76.69 
 
 		 814 aa  1316    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.115199  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2846  TonB-dependent receptor  77.36 
 
 		 823 aa  1326    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000571125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2440  TonB-dependent receptor, plug  73.49 
 
 		 825 aa  1276    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000351973  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2690  TonB-dependent receptor, plug  79.31 
 
 		 812 aa  1362    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.228232 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2944  TonB-dependent receptor  77.72 
 
 		 823 aa  1333    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000178601  normal  0.742035 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2881  TonB-dependent siderophore receptor  25.78 
 
 		 714 aa  181  4.999999999999999e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3329  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 720 aa  172  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1590  TonB-dependent siderophore receptor  25.47 
 
 		 737 aa  170  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1080  TonB-dependent siderophore receptor  24.73 
 
 		 720 aa  169  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210628 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1767  TonB-dependent siderophore receptor  24.62 
 
 		 748 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000312172  normal  0.573538 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1724  TonB-dependent siderophore receptor  24.62 
 
 		 748 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000700289  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2386  TonB-dependent siderophore receptor  25.22 
 
 		 742 aa  165  4.0000000000000004e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000185534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2565  TonB-dependent siderophore receptor  24.75 
 
 		 740 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000192113  hitchhiker  0.000234826 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1729  TonB-dependent siderophore receptor  24.85 
 
 		 749 aa  164  6e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.775588  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2458  TonB-dependent siderophore receptor  25.03 
 
 		 742 aa  164  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0314212 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2551  TonB-dependent siderophore receptor  25.25 
 
 		 738 aa  163  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000835907  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3465  TonB-dependent siderophore receptor  24.73 
 
 		 720 aa  162  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.47616  normal  0.0124574 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1142  TonB-dependent siderophore receptor  24.49 
 
 		 711 aa  160  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.634377  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0391  TonB-dependent siderophore receptor  24.18 
 
 		 712 aa  150  7e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.196206  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3133  TonB-dependent siderophore receptor  24.71 
 
 		 776 aa  144  5e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.989614  normal  0.593866 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3776  TonB-dependent siderophore receptor  22.94 
 
 		 707 aa  135  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658574  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3561  TonB-dependent siderophore receptor  23.46 
 
 		 713 aa  134  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  24.19 
 
 		 708 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0979  TonB-dependent siderophore receptor  32.62 
 
 		 724 aa  132  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.16439 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1044  TonB-dependent siderophore receptor  32.62 
 
 		 724 aa  132  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00225756 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0983  TonB-dependent siderophore receptor  31.76 
 
 		 723 aa  132  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.698273  normal  0.622732 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1156  TonB-dependent receptor  30.67 
 
 		 715 aa  125  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3287  TonB-dependent siderophore receptor  30.8 
 
 		 720 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04088  TonB-dependent outer membrane Receptor  34.4 
 
 		 713 aa  125  3e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3922  TonB-dependent siderophore receptor  23.83 
 
 		 709 aa  125  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000715438  normal  0.0397715 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2387  TonB-dependent siderophore receptor  33.73 
 
 		 712 aa  124  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4127  TonB-dependent siderophore receptor  23.23 
 
 		 702 aa  122  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00050238  normal  0.542591 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3611  homoserine O-acetyltransferase  32.67 
 
 		 699 aa  121  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000219924  decreased coverage  0.00028675 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5556  outer membrane protein  23.61 
 
 		 703 aa  121  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.459514  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4014  TonB-dependent siderophore receptor  23.22 
 
 		 709 aa  120  9e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00017833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0718  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  23.88 
 
 		 724 aa  120  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  23.9 
 
 		 711 aa  117  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4504  TonB-dependent siderophore receptor  23.33 
 
 		 703 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000141313  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4307  TonB-dependent siderophore receptor  23.54 
 
 		 706 aa  114  6e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000234699  hitchhiker  0.000000000225287 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3641  TonB-dependent receptor, putative  24.14 
 
 		 697 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000783326  normal  0.0764781 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4363  TonB-dependent siderophore receptor  23.16 
 
 		 706 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0531  TonB-dependent siderophore receptor  29.84 
 
 		 702 aa  112  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3500  TonB-dependent siderophore receptor  29.84 
 
 		 702 aa  112  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1120  TonB-dependent siderophore receptor  30.71 
 
 		 701 aa  111  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06299  hypothetical protein  30.82 
 
 		 715 aa  111  5e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  36.04 
 
 		 770 aa  110  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6317  TonB-dependent siderophore receptor  36.13 
 
 		 701 aa  109  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585153  normal  0.21494 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6494  TonB-dependent siderophore receptor  36.13 
 
 		 701 aa  109  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  36.04 
 
 		 710 aa  110  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6729  TonB-dependent siderophore receptor  36.13 
 
 		 701 aa  109  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  35.39 
 
 		 710 aa  108  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3953  TonB-dependent siderophore receptor  22.44 
 
 		 701 aa  107  7e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000731032  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5483  TonB-dependent siderophore receptor  34.51 
 
 		 701 aa  106  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00706275 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0192  TonB-dependent siderophore receptor  38.56 
 
 		 710 aa  107  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4743  TonB-dependent receptor, putative  22.32 
 
 		 690 aa  106  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4928  TonB-dependent siderophore receptor  34.51 
 
 		 701 aa  106  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92165  normal  0.0613128 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3200  TonB-dependent siderophore receptor  36.36 
 
 		 701 aa  104  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.611474  normal  0.133436 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3640  TonB-dependent siderophore receptor  22.32 
 
 		 767 aa  104  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0918046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0102  TonB-dependent siderophore receptor  31.88 
 
 		 795 aa  104  6e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4000  TonB-dependent siderophore receptor  31.55 
 
 		 722 aa  104  7e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03023  putative ferrisiderophore receptor protein  37.1 
 
 		 703 aa  103  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.269425 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3980  TonB-dependent siderophore receptor  34.65 
 
 		 719 aa  103  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4056  TonB-dependent siderophore receptor  31.16 
 
 		 709 aa  102  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0594  TonB-dependent siderophore receptor  29.52 
 
 		 708 aa  102  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3345  TonB-dependent siderophore receptor  33.08 
 
 		 705 aa  102  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0305411 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1016  TonB-dependent siderophore receptor  33.18 
 
 		 707 aa  102  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.846104 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0946  TonB-dependent siderophore receptor  31.88 
 
 		 706 aa  101  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3465  TonB-dependent siderophore receptor  31.16 
 
 		 757 aa  101  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0917  TonB-dependent siderophore receptor  33.47 
 
 		 696 aa  101  6e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.572242 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0909  ferrioxamine B receptor  31.96 
 
 		 716 aa  101  6e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003567  ferrichrome-iron receptor  22.01 
 
 		 740 aa  101  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3560  TonB-dependent siderophore receptor  34.1 
 
 		 710 aa  100  8e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06160  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  28.41 
 
 		 797 aa  100  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.616824  normal  0.0240396 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01528  TonB-dependent receptor  32.43 
 
 		 720 aa  99.8  2e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3574  TonB-dependent siderophore receptor, putative  32.7 
 
 		 706 aa  99.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2899  TonB-dependent siderophore receptor  31.17 
 
 		 689 aa  99.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.27988  normal  0.214281 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3327  TonB-dependent siderophore receptor  35.54 
 
 		 799 aa  99.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4462  TonB-dependent siderophore receptor  29.21 
 
 		 757 aa  99.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0705188 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0607  TonB-dependent siderophore receptor  30.58 
 
 		 706 aa  99.8  2e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5758  TonB-dependent siderophore receptor  30.45 
 
 		 815 aa  100  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0947  TonB-dependent siderophore receptor  29.88 
 
 		 683 aa  99  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0779656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0576  putative hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  28.41 
 
 		 806 aa  98.6  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.708306  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2410  TonB-dependent siderophore receptor  32.38 
 
 		 837 aa  97.8  7e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.110935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4042  TonB-dependent siderophore receptor  29.37 
 
 		 697 aa  97.4  8e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.296308  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  30.4 
 
 		 728 aa  97.4  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4606  TonB-dependent siderophore receptor  31.5 
 
 		 796 aa  97.4  9e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2118  TonB-dependent siderophore receptor  30.37 
 
 		 704 aa  97.4  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3001  TonB-dependent siderophore receptor  33.51 
 
 		 721 aa  97.4  9e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.463402  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>