More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3234 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00049  predicted transporter  68.05 
 
 
443 aa  636    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3554  major facilitator superfamily MFS_1  68.05 
 
 
443 aa  636    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0086  putative metabolite transport protein YaaU  68.86 
 
 
468 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.509383  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0047  major facilitator family transporter  68.28 
 
 
443 aa  637    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.454742 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0088  putative metabolite transport protein YaaU  68.86 
 
 
468 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3610  major facilitator transporter  68.05 
 
 
443 aa  636    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0100231 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0051  major facilitator family transporter  68.05 
 
 
443 aa  636    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0085  putative metabolite transport protein YaaU  68.64 
 
 
468 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0085  putative metabolite transport protein YaaU  68.64 
 
 
468 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00048  hypothetical protein  68.05 
 
 
443 aa  636    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0049  major facilitator family transporter  67.82 
 
 
443 aa  635    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2681  general substrate transporter  89.7 
 
 
438 aa  806    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.31051 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4043  general substrate transporter  88.49 
 
 
452 aa  805    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0089  putative metabolite transport protein YaaU  68.86 
 
 
468 aa  640    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343682  normal  0.458255 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3234  general substrate transporter  100 
 
 
445 aa  892    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0049  major facilitator family transporter  67.82 
 
 
443 aa  635    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0578  general substrate transporter  68.65 
 
 
458 aa  602  1.0000000000000001e-171  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1829  General substrate transporter  54.82 
 
 
480 aa  516  1.0000000000000001e-145  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.392144  normal  0.18053 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2255  general substrate transporter  45.18 
 
 
446 aa  397  1e-109  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000684239  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0730  General substrate transporter  44.44 
 
 
464 aa  390  1e-107  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2828  major facilitator transporter  39.63 
 
 
457 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4111  major facilitator transporter  38.67 
 
 
442 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1373  major facilitator transporter  38.32 
 
 
443 aa  299  7e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0434545 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6930  major facilitator superfamily MFS_1  36.66 
 
 
460 aa  293  6e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.11506  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2467  major facilitator transporter  36.32 
 
 
453 aa  290  3e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2112  metabolite transporter  38.01 
 
 
442 aa  285  8e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0151883  normal  0.38629 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09740  putative MFS transporter  38.41 
 
 
442 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00809883  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1543  major facilitator transporter  37.69 
 
 
452 aa  270  5e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1652  general substrate transporter  37.69 
 
 
452 aa  269  8.999999999999999e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1720  major facilitator transporter  37.69 
 
 
452 aa  268  1e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0929915  hitchhiker  0.00114848 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0278  major facilitator transporter  36.68 
 
 
441 aa  246  6e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.672912  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2900  major facilitator family transporter  35.71 
 
 
445 aa  244  3e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02616  predicted transporter  35.04 
 
 
445 aa  243  7e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0941  major facilitator transporter  35.04 
 
 
445 aa  243  7e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3102  major facilitator family transporter  35.04 
 
 
445 aa  243  7e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000189575  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02579  hypothetical protein  35.04 
 
 
445 aa  243  7e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3073  major facilitator family transporter  35.04 
 
 
445 aa  243  7e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.392352  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0917  major facilitator superfamily MFS_1  35.04 
 
 
469 aa  242  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3221  General substrate transporter  34.52 
 
 
457 aa  241  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2911  major facilitator family transporter  35.04 
 
 
445 aa  241  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3321  major facilitator transporter  34.29 
 
 
439 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3468  General substrate transporter  35.47 
 
 
468 aa  221  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1924  major facilitator superfamily MFS_1  34.88 
 
 
465 aa  202  9e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2277  major facilitator family transporter  34.88 
 
 
465 aa  202  9e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1641  major facilitator transporter  29.53 
 
 
434 aa  191  2e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0119358  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1884  D-xylose proton-symporter  26.85 
 
 
447 aa  186  1.0000000000000001e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.326848  hitchhiker  0.0000000000014456 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0712  general substrate transporter  29.66 
 
 
463 aa  175  9.999999999999999e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0221085  hitchhiker  0.00000000000000199551 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2238  glucose transport protein  29.81 
 
 
471 aa  174  1.9999999999999998e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.154375  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1633  general substrate transporter  30.43 
 
 
476 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.904084  normal  0.408822 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3296  major facilitator family transporter  30.88 
 
 
458 aa  172  9e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2894  General substrate transporter  30.88 
 
 
458 aa  172  9e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.222038 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1094  major facilitator transporter  28.87 
 
 
427 aa  172  1e-41  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2863  major facilitator superfamily MFS_1  29.63 
 
 
423 aa  170  4e-41  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.82901  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0694  General substrate transporter  28.44 
 
 
459 aa  166  1.0000000000000001e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2102  sugar transporter  29.59 
 
 
457 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.612346 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0025  major facilitator family transporter  26.2 
 
 
454 aa  158  1e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1484  major facilitator superfamily MFS_1  26.45 
 
 
474 aa  157  5.0000000000000005e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.074526  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0471  putative iorganic phosphate transporter  28.31 
 
 
441 aa  156  6e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4638  major facilitator superfamily MFS_1  27.01 
 
 
451 aa  156  6e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000178504  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4572  General substrate transporter  29.49 
 
 
477 aa  156  6e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1809  major facilitator family protein  26.57 
 
 
499 aa  156  6e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1718  phosphate transporter  28.31 
 
 
443 aa  156  7e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.140032  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0920  General substrate transporter  27.39 
 
 
471 aa  149  9e-35  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009471  Acry_3608  general substrate transporter  25.95 
 
 
469 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0341  major facilitator superfamily MFS_1  26.96 
 
 
508 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1618  major facilitator transporter  28.94 
 
 
458 aa  148  2.0000000000000003e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4102  sugar transporter  28.82 
 
 
477 aa  147  3e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1660  MFS family transporter  26.11 
 
 
455 aa  146  9e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3661  sugar transporter  29.19 
 
 
480 aa  146  9e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2334  major facilitator superfamily protein  27.43 
 
 
446 aa  145  1e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5109  major facilitator transporter  26.89 
 
 
474 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19270  putative MFS transporter  25.66 
 
 
455 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.149627  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3311  major facilitator transporter  26.49 
 
 
474 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.799238  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1482  major facilitator superfamily MFS_1  26.65 
 
 
451 aa  144  3e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000115751  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3259  major facilitator transporter  26.89 
 
 
474 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.331503  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5172  major facilitator transporter  26.8 
 
 
474 aa  143  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0809503 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0602  major facilitator superfamily MFS_1  26.61 
 
 
459 aa  143  7e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0539  major facilitator transporter  26.85 
 
 
473 aa  143  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0479  sugar transporter  28.86 
 
 
471 aa  142  9.999999999999999e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000749242  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3868  sugar transporter  27.32 
 
 
450 aa  140  4.999999999999999e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2879  General substrate transporter  27.91 
 
 
465 aa  139  7e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3592  sugar transporter  27.91 
 
 
442 aa  139  7e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0369851  hitchhiker  0.00000823269 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2900  sugar transporter  27.03 
 
 
475 aa  139  1e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.407104  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5053  major facilitator superfamily MFS_1  25.78 
 
 
472 aa  139  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.122247 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2255  major facilitator superfamily MFS_1  26.82 
 
 
473 aa  139  1e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1595  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  25.78 
 
 
472 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0070  MFS permease  25.74 
 
 
460 aa  138  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15770  MFS transporter, sugar porter family  28.41 
 
 
493 aa  137  4e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0532  major facilitator family transporter  27.51 
 
 
436 aa  137  5e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0462  major facilitator family transporter  27.51 
 
 
436 aa  137  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.450318  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3220  sugar transporter  28.35 
 
 
468 aa  136  8e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.681904 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0757  sugar transporter  28.08 
 
 
448 aa  135  9.999999999999999e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0214435  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5283  major facilitator transporter  25.38 
 
 
463 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.591426  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7502  major facilitator transporter  28.85 
 
 
475 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0253072  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6518  major facilitator transporter  29.1 
 
 
475 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6752  major facilitator transporter  29.1 
 
 
475 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0303663 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0670  general substrate transporter  25.17 
 
 
459 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.753041 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0727  phosphate transporter  25.98 
 
 
442 aa  134  3.9999999999999996e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02027  metabolite transporter  25.27 
 
 
476 aa  133  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0831  putative iorganic phosphate transporter  25.98 
 
 
442 aa  134  5e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>