More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3231 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3231  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  100 
 
 
314 aa  630  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.7218  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4040  electron transfer flavoprotein alpha subunit  75.64 
 
 
313 aa  498  1e-140  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2678  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  74.76 
 
 
313 aa  488  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.873608 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0046  putative electron transfer flavoprotein FixB  57.69 
 
 
313 aa  362  5.0000000000000005e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0082  putative electron transfer flavoprotein FixB  56.73 
 
 
313 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00046  predicted electron transfer flavoprotein, NAD/FAD-binding domain and ETFP adenine nucleotide-binding domain-like protein  57.37 
 
 
313 aa  359  3e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3557  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  57.37 
 
 
313 aa  359  3e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00045  hypothetical protein  57.37 
 
 
313 aa  359  3e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3613  putative electron transfer flavoprotein FixB  57.37 
 
 
313 aa  359  3e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0679985 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0048  putative electron transfer flavoprotein FixB  57.05 
 
 
313 aa  358  4e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0083  putative electron transfer flavoprotein FixB  56.73 
 
 
313 aa  359  4e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.656034  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0046  putative electron transfer flavoprotein FixB  57.37 
 
 
313 aa  359  4e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0044  putative electron transfer flavoprotein FixB  57.37 
 
 
313 aa  359  4e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.676424  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0085  putative electron transfer flavoprotein FixB  56.73 
 
 
313 aa  357  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0086  putative electron transfer flavoprotein FixB  56.41 
 
 
313 aa  354  1e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.424213 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0082  putative electron transfer flavoprotein FixB  56.41 
 
 
313 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1944  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  53.53 
 
 
312 aa  334  1e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.436869  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01667  predicted electron transfer flavoprotein, FAD-binding  53.53 
 
 
312 aa  333  2e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1901  electron transfer flavoprotein subunit YdiR  53.21 
 
 
312 aa  333  2e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01656  hypothetical protein  53.53 
 
 
312 aa  333  2e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1497  electron transfer flavoprotein subunit YdiR  54.17 
 
 
312 aa  333  3e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.186284 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1915  electron transfer flavoprotein subunit YdiR  53.21 
 
 
312 aa  332  5e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1933  electron transfer flavoprotein subunit YdiR  53.53 
 
 
312 aa  332  7.000000000000001e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0148505 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1819  electron transfer flavoprotein subunit YdiR  54.49 
 
 
311 aa  329  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2415  electron transfer flavoprotein subunit YdiR  53.21 
 
 
312 aa  330  3e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1396  electron transfer flavoprotein subunit YdiR  53.35 
 
 
317 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0992416  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1449  electron transfer flavoprotein subunit YdiR  54.17 
 
 
311 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  0.334512 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1483  electron transfer flavoprotein subunit YdiR  54.17 
 
 
311 aa  326  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.327265  normal  0.060964 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1991  electron transfer flavoprotein subunit YdiR  53.85 
 
 
311 aa  325  7e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.237399  normal  0.0177014 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1465  electron transfer flavoprotein subunit YdiR  53.85 
 
 
311 aa  324  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.486189 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4605  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  48.88 
 
 
315 aa  310  2e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1020  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  47.28 
 
 
315 aa  282  5.000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0573  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  44.19 
 
 
312 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.18897  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0312  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  44.52 
 
 
297 aa  241  1e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00347621  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2872  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  40.73 
 
 
305 aa  207  1e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3929  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  36.51 
 
 
319 aa  208  1e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.326065 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0266  hypothetical protein  30.65 
 
 
319 aa  182  8.000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1842  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  33.55 
 
 
296 aa  178  9e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.192292  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08780  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  41.94 
 
 
295 aa  177  3e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.821197 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1823  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  38.31 
 
 
293 aa  176  3e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.207117  normal  0.343811 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3105  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  40.82 
 
 
294 aa  169  6e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000291698 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0915  electron transfer flavoprotein alpha subunit  35.32 
 
 
296 aa  161  1e-38  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.0314059 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0755  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  35.62 
 
 
300 aa  161  2e-38  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.714567 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2007  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  39.21 
 
 
298 aa  159  6e-38  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.175857 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02680  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  33.76 
 
 
302 aa  154  1e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.867701 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2212  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  39.21 
 
 
299 aa  150  3e-35  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.131964  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10530  electron transfer flavoprotein, alpha subunit, FixB  35.82 
 
 
360 aa  150  4e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291846  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2266  electron transfer flavoprotein  31.93 
 
 
365 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1879  Electron transfer flavoprotein alpha/beta-subunit  30.28 
 
 
410 aa  146  4.0000000000000006e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.281207  normal  0.354147 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3759  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  33.56 
 
 
321 aa  145  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0995938  hitchhiker  0.00147037 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2298  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  30.96 
 
 
328 aa  143  4e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.8751  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1607  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  30.2 
 
 
399 aa  143  4e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1360  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  36.53 
 
 
321 aa  143  4e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.223995 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6229  electron transfer flavoprotein alpha/beta-subunit  32.33 
 
 
370 aa  143  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0141  electron transfer flavoprotein alpha/beta-subunit  34.22 
 
 
369 aa  143  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1195  Electron transfer flavoprotein alpha/beta-subunit  34.38 
 
 
364 aa  142  7e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.028424 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1479  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  34.38 
 
 
364 aa  142  7e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1248  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  29.78 
 
 
601 aa  142  8e-33  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0684  electron transfer flavoprotein subunit alpha  32.54 
 
 
443 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0329544  normal  0.845757 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1269  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  35.78 
 
 
316 aa  142  9.999999999999999e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.877633 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2314  electron transfer flavoprotein beta-subunit  32.55 
 
 
371 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.261239  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3574  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  33.56 
 
 
316 aa  140  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00172694  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2199  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  32.52 
 
 
347 aa  140  3e-32  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2796  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  31.53 
 
 
340 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4258  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  36.75 
 
 
318 aa  138  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2625  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  34.93 
 
 
325 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000950552  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3167  electron transfer flavoprotein alpha subunit  32.99 
 
 
328 aa  138  1e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.144656  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1936  Electron transfer flavoprotein alpha/beta- subunit  32.63 
 
 
441 aa  138  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.993938  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5047  Electron transfer flavoprotein alpha/beta-subunit  32.93 
 
 
375 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.303357  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2257  electron transfer flavoprotein subunit alpha  32.32 
 
 
442 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00336089  hitchhiker  0.0000000000804212 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5871  protein FixB  32.94 
 
 
368 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0138766  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2582  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  31.42 
 
 
335 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2284  3-hydroxybutyryl-CoA dehydrogenase  31.42 
 
 
335 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.383741  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2121  electron transfer flavoprotein alpha subunit  35.84 
 
 
311 aa  137  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1075  electron transfer flavoprotein alpha subunit  34.26 
 
 
320 aa  136  4e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0332  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  37.79 
 
 
287 aa  136  5e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.791227  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2845  electron transfer flavoprotein subunit alpha  34.43 
 
 
317 aa  136  5e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8113  electron transfer flavoprotein alpha subunit  31.99 
 
 
317 aa  136  6.0000000000000005e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.733777 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2415  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  30.54 
 
 
441 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0635  Electron transfer flavoprotein alpha/beta-subunit  28.09 
 
 
610 aa  135  8e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.3535  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1078  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  30.3 
 
 
335 aa  135  9e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.224584 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3700  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  33.33 
 
 
327 aa  135  9e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0768904  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0605  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  37.5 
 
 
325 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1435  electron transfer flavoprotein fixB (alpha subunit)  31.23 
 
 
367 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000130268  normal  0.0153048 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4014  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  31.8 
 
 
663 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.797538  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0831  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  36.8 
 
 
325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0059  electron transfer flavoprotein alpha and beta-subunits  30 
 
 
341 aa  134  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00122913 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1089  electron transfer flavoprotein beta-subunit  30.65 
 
 
368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.419334  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5085  Electron transfer flavoprotein alpha/beta-subunit  30.51 
 
 
368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7738  electron transfer flavoprotein alpha/beta-subunit  31.35 
 
 
374 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0342501  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3222  electron transfer flavoprotein alpha subunit  36.64 
 
 
325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4649  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  37.07 
 
 
325 aa  133  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4269  electron transfer flavoprotein, alpha subunit (alpha-ETF)  37.07 
 
 
325 aa  133  3e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4650  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  37.07 
 
 
325 aa  133  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4630  electron transfer flavoprotein, alpha subunit  37.07 
 
 
325 aa  134  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0583219  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1419  electron transfer flavoprotein alpha subunit  31.89 
 
 
320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00843459  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0439  electron transfer flavoprotein alpha subunit  29.47 
 
 
302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13044  electron transfer flavoprotein alpha subunit fixB  38.79 
 
 
318 aa  133  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00188433  hitchhiker  0.00116016 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2355  Electron transfer flavoprotein subunit alpha  32.91 
 
 
315 aa  133  5e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0571  Electron transfer flavoprotein alpha subunit  30.27 
 
 
443 aa  133  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.871139  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>