More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3160 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3160  elongation factor Ts  100 
 
 		 282 aa  560  1.0000000000000001e-159  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000947375  normal  0.213818 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1555  elongation factor Ts  93.24 
 
 		 283 aa  476  1e-133  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000849908  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3280  elongation factor Ts  91.84 
 
 		 282 aa  472  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141167  hitchhiker  0.0000739911 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1271  elongation factor Ts  91.81 
 
 		 283 aa  472  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000259112  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2884  elongation factor Ts  89.96 
 
 		 303 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000033426  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1630  elongation factor Ts  88.1 
 
 		 283 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1349  elongation factor Ts  87.36 
 
 		 283 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281434  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2640  elongation factor Ts  88.1 
 
 		 283 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000024092  normal  0.161673 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2707  elongation factor Ts  88.1 
 
 		 283 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000189418  normal  0.0108139 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2814  elongation factor Ts  88.1 
 
 		 283 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000281155  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1554  elongation factor Ts  78.72 
 
 		 282 aa  446  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1446  elongation factor Ts  88.85 
 
 		 283 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103615  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1140  elongation factor Ts  83.27 
 
 		 283 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000133846  normal  0.110772 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1451  elongation factor Ts  88.85 
 
 		 283 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000175062  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2901  elongation factor Ts  88.85 
 
 		 283 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000344412  normal  0.175279 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2634  elongation factor Ts  86.88 
 
 		 282 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000554469  normal  0.227391 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1482  elongation factor Ts  88.85 
 
 		 283 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000112791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1850  elongation factor Ts  76 
 
 		 280 aa  392  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000427669  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002747  translation elongation factor Ts  78.47 
 
 		 281 aa  384  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000973884  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2426  elongation factor Ts  76 
 
 		 282 aa  382  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00181853  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03236  elongation factor Ts  75.46 
 
 		 281 aa  378  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00168  elongation factor Ts  69.45 
 
 		 283 aa  376  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0115413  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3433  translation elongation factor Ts  69.45 
 
 		 283 aa  376  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0243528  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0181  elongation factor Ts  69.45 
 
 		 283 aa  376  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0337912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3490  elongation factor Ts  69.45 
 
 		 283 aa  376  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.126778  normal  0.506395 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0180  elongation factor Ts  69.45 
 
 		 283 aa  376  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00454958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0163  elongation factor Ts  69.45 
 
 		 283 aa  376  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00406817  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00167  hypothetical protein  69.45 
 
 		 283 aa  376  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00987131  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0174  elongation factor Ts  69.45 
 
 		 283 aa  376  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0172  elongation factor Ts  69.45 
 
 		 283 aa  376  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.403994  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0242  elongation factor Ts  69.45 
 
 		 283 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0255  elongation factor Ts  69.45 
 
 		 283 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0239  elongation factor Ts  69.45 
 
 		 283 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.637528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3789  elongation factor Ts  69.45 
 
 		 283 aa  372  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00180508 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0257  elongation factor Ts  69.45 
 
 		 283 aa  372  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0428296  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0239  elongation factor Ts  69.45 
 
 		 283 aa  371  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.62558 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0942  elongation factor Ts  67.64 
 
 		 283 aa  368  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00345216  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0708  elongation factor Ts  68 
 
 		 283 aa  367  1e-101  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0168239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3359  elongation factor Ts  67.64 
 
 		 283 aa  367  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.461306  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1089  elongation factor Ts  66.3 
 
 		 283 aa  363  2e-99  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0664105  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3164  elongation factor Ts  65.83 
 
 		 285 aa  351  8.999999999999999e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.347737  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1014  elongation factor Ts  65.59 
 
 		 285 aa  350  1e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140304  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3434  elongation factor Ts  65.59 
 
 		 285 aa  350  1e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000483484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1067  elongation factor Ts  65.59 
 
 		 285 aa  350  1e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0055688  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2980  elongation factor Ts  65.47 
 
 		 285 aa  350  2e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.340847  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01373  elongation factor Ts  62.98 
 
 		 290 aa  342  4e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000291458  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1250  elongation factor Ts  58.48 
 
 		 290 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2975  translation elongation factor Ts  57.55 
 
 		 292 aa  297  1e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0559  elongation factor Ts  57.97 
 
 		 292 aa  294  1e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031589 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0351  elongation factor Ts  57.09 
 
 		 294 aa  282  5.000000000000001e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.556574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1160  elongation factor Ts  54.67 
 
 		 293 aa  281  7.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0390  elongation factor Ts  57.09 
 
 		 294 aa  277  1e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.432291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0809  elongation factor Ts  53.45 
 
 		 294 aa  277  2e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333937  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1496  translation elongation factor Ts  52.28 
 
 		 289 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1862  elongation factor Ts  53.42 
 
 		 292 aa  270  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.981206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1344  elongation factor Ts  52.98 
 
 		 287 aa  263  4e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1535  translation elongation factor Ts  52.65 
 
 		 287 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0528  translation elongation factor Ts  45.32 
 
 		 280 aa  261  8.999999999999999e-69  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.101205  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1672  elongation factor Ts  52.78 
 
 		 292 aa  260  2e-68  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1453  translation elongation factor Ts  52.1 
 
 		 292 aa  260  2e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.358895  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1678  elongation factor Ts  52.43 
 
 		 292 aa  257  1e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0568  elongation factor Ts  51.7 
 
 		 293 aa  256  3e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.011982  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1102  elongation factor Ts  52.46 
 
 		 287 aa  251  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.433956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1273  elongation factor Ts  50.88 
 
 		 286 aa  248  1e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00309579  normal  0.676189 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3052  elongation factor Ts  52.77 
 
 		 287 aa  246  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.204992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1284  elongation factor Ts  50.88 
 
 		 294 aa  244  9e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000149192  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2596  elongation factor Ts  52.05 
 
 		 290 aa  244  9e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.526378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1465  elongation factor Ts  48.28 
 
 		 291 aa  244  9.999999999999999e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.456181  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1549  elongation factor Ts  49.65 
 
 		 291 aa  241  7e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.406336 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1147  elongation factor Ts  50.74 
 
 		 287 aa  241  9e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1592  elongation factor Ts  50.74 
 
 		 287 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  normal  0.635775 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4185  elongation factor Ts  50.74 
 
 		 287 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4081  elongation factor Ts  50.74 
 
 		 287 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.356848 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1161  elongation factor Ts  47.12 
 
 		 292 aa  239  5e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.899352 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0564  translation elongation factor Ts (EF-Ts)  50.18 
 
 		 289 aa  239  5e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1445  elongation factor Ts  47.12 
 
 		 292 aa  239  5e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0721565  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01131  elongation factor Ts  50 
 
 		 292 aa  237  2e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.179274  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38980  elongation factor Ts  50.91 
 
 		 289 aa  236  3e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2305  elongation factor Ts  47.55 
 
 		 291 aa  233  3e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.427266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1544  elongation factor Ts  47.3 
 
 		 296 aa  232  5e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0609  elongation factor Ts  47.3 
 
 		 296 aa  232  5e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00638051  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2150  elongation factor Ts  48.44 
 
 		 292 aa  231  9e-60  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0274457  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1211  elongation factor Ts  47.57 
 
 		 291 aa  229  3e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3725  elongation factor Ts  45.52 
 
 		 296 aa  228  6e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.689523  normal  0.208993 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2547  elongation factor Ts  50 
 
 		 306 aa  226  3e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2065  elongation factor Ts  47.4 
 
 		 292 aa  225  5.0000000000000005e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0658  elongation factor Ts  46.1 
 
 		 302 aa  225  5.0000000000000005e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1841  translation elongation factor Ts (EF-Ts)  44.3 
 
 		 303 aa  225  8e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844303 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1880  elongation factor Ts  47.54 
 
 		 292 aa  218  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.613315  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1258  elongation factor Ts  48.4 
 
 		 293 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.363945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1683  elongation factor Ts  46.29 
 
 		 293 aa  215  7e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.21632  normal  0.207014 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2028  elongation factor Ts  46.98 
 
 		 293 aa  214  9e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1198  elongation factor Ts  45.17 
 
 		 291 aa  214  9.999999999999999e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.14285  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1405  elongation factor Ts  45.91 
 
 		 292 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0508  elongation factor Ts  45.55 
 
 		 294 aa  213  1.9999999999999998e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0459419  normal  0.717587 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2694  elongation factor Ts  44.48 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.129335  normal  0.591352 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0079  translation elongation factor Ts  44.26 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000572472  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1554  elongation factor Ts  47.33 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1327  elongation factor Ts  47.33 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.15011  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2492  elongation factor Ts  47.33 
 
 		 293 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>