190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3133 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  78.69 
 
 		 419 aa  685    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  82.89 
 
 		 415 aa  735    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  87.47 
 
 		 414 aa  776    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  100 
 
 		 415 aa  863    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  71.17 
 
 		 414 aa  615  1e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  61.54 
 
 		 408 aa  544  1e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  51.41 
 
 		 438 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  50 
 
 		 426 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  51.1 
 
 		 426 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  51.99 
 
 		 426 aa  428  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  51.87 
 
 		 426 aa  422  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  51.72 
 
 		 428 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  50.75 
 
 		 424 aa  402  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1864  branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  47.31 
 
 		 426 aa  386  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.397842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  39.12 
 
 		 385 aa  270  4e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  31.99 
 
 		 394 aa  202  9.999999999999999e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.98 
 
 		 403 aa  175  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.67 
 
 		 410 aa  171  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.25 
 
 		 420 aa  169  1e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 		 389 aa  99.8  9e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  22.73 
 
 		 397 aa  90.9  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  24.47 
 
 		 443 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  22.35 
 
 		 389 aa  81.3  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  25.19 
 
 		 437 aa  80.9  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  24.43 
 
 		 444 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  24.78 
 
 		 441 aa  76.3  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  24.78 
 
 		 441 aa  75.9  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  24.01 
 
 		 442 aa  73.9  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  21.59 
 
 		 391 aa  72.8  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  22.77 
 
 		 397 aa  71.6  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  21.74 
 
 		 402 aa  70.9  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  21.9 
 
 		 393 aa  70.9  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 		 382 aa  68.9  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  20.85 
 
 		 404 aa  67.8  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  21.28 
 
 		 397 aa  67.4  0.0000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 		 398 aa  66.2  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 		 382 aa  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 		 373 aa  62  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  23.53 
 
 		 438 aa  60.8  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  22.14 
 
 		 385 aa  59.3  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  26.85 
 
 		 394 aa  58.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  32.41 
 
 		 379 aa  58.5  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  22.72 
 
 		 443 aa  58.9  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  23.96 
 
 		 385 aa  57.8  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  23.96 
 
 		 385 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 		 379 aa  58.2  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  28.47 
 
 		 388 aa  56.6  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  22.01 
 
 		 394 aa  56.6  0.0000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  28.47 
 
 		 388 aa  56.6  0.0000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.35 
 
 		 378 aa  55.8  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0942  putative lipoprotein  21.41 
 
 		 428 aa  55.5  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0813941  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 		 377 aa  55.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 		 394 aa  55.5  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  21.62 
 
 		 440 aa  55.5  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 		 379 aa  55.5  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 379 aa  55.1  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.87 
 
 		 380 aa  55.1  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  31.78 
 
 		 379 aa  54.7  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  28.03 
 
 		 379 aa  54.3  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 		 398 aa  53.9  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 		 415 aa  53.9  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  34.48 
 
 		 392 aa  53.5  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 		 395 aa  53.9  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 		 377 aa  53.5  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30 
 
 		 425 aa  53.5  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  23.02 
 
 		 381 aa  53.1  0.000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  20.15 
 
 		 394 aa  53.1  0.000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  28.9 
 
 		 385 aa  53.1  0.000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 		 411 aa  53.1  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  22.29 
 
 		 441 aa  52.4  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 		 403 aa  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25.83 
 
 		 411 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  26.49 
 
 		 430 aa  52.4  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  35.35 
 
 		 367 aa  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  30.07 
 
 		 384 aa  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 		 383 aa  52.4  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 		 376 aa  52.4  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  18.83 
 
 		 380 aa  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  30.84 
 
 		 379 aa  51.6  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  23.06 
 
 		 444 aa  51.2  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_813  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  21.41 
 
 		 428 aa  51.2  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  24.9 
 
 		 397 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  22.03 
 
 		 393 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 		 385 aa  50.8  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  23.97 
 
 		 414 aa  50.8  0.00005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  22.73 
 
 		 370 aa  50.8  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  24.51 
 
 		 397 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  22.31 
 
 		 402 aa  50.4  0.00006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 		 382 aa  50.1  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  23.14 
 
 		 441 aa  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  25.12 
 
 		 393 aa  50.1  0.00008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  21.49 
 
 		 399 aa  49.7  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 		 392 aa  49.7  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  21.85 
 
 		 392 aa  49.3  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  20.38 
 
 		 379 aa  49.3  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  21.71 
 
 		 445 aa  49.3  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  20.57 
 
 		 374 aa  49.7  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  22.73 
 
 		 374 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  23.8 
 
 		 457 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  22.73 
 
 		 413 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>