More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3121 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3121  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  100 
 
 
177 aa  365  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1562  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  76.69 
 
 
169 aa  270  9e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0968895  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2996  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  68.86 
 
 
174 aa  241  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2982  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  68.26 
 
 
175 aa  240  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1381  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  69.94 
 
 
175 aa  240  7.999999999999999e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.366116  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3140  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  69.94 
 
 
175 aa  239  1e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.386014 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2352  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  73.75 
 
 
190 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.496749  normal  0.790944 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1238  tRNA-adenosine deaminase  68.15 
 
 
222 aa  231  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1271  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  67.95 
 
 
177 aa  229  1e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000483662  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1299  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  68.26 
 
 
178 aa  228  3e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201602  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2644  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  67.32 
 
 
164 aa  224  3e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1315  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  73.91 
 
 
163 aa  222  2e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.847285  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1236  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  67.52 
 
 
252 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.469544  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1307  tRNA-adenosine deaminase  68.15 
 
 
222 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.35104  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1139  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  66.88 
 
 
189 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414141  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3291  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  68.15 
 
 
194 aa  210  7e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2773  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  60.38 
 
 
164 aa  208  4e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3054  tRNA-specific adenosine deaminase  57.69 
 
 
165 aa  202  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1221  tRNA-specific adenosine deaminase  56.44 
 
 
168 aa  201  5e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3044  tRNA-specific adenosine deaminase  60.78 
 
 
169 aa  201  5e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.872342  normal  0.0227305 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3656  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  57.5 
 
 
170 aa  196  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1614  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  60.65 
 
 
166 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0790384  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1145  tRNA-specific adenosine deaminase  59.74 
 
 
200 aa  195  4.0000000000000005e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1251  tRNA-specific adenosine deaminase  59.74 
 
 
187 aa  194  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0516611  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3621  tRNA-specific adenosine deaminase  59.74 
 
 
200 aa  194  8.000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1080  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  56.86 
 
 
168 aa  193  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3115  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  58.23 
 
 
162 aa  193  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3324  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  56.25 
 
 
176 aa  192  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004282  tRNA-specific adenosine-34 deaminase  57.74 
 
 
182 aa  191  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3793  tRNA-specific adenosine deaminase  56.58 
 
 
167 aa  191  6e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1109  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  55.92 
 
 
167 aa  189  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2711  tRNA-specific adenosine deaminase  55.92 
 
 
167 aa  189  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2771  tRNA-specific adenosine deaminase  56.6 
 
 
172 aa  189  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02453  tRNA-specific adenosine deaminase  55.92 
 
 
178 aa  189  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02417  hypothetical protein  55.92 
 
 
178 aa  189  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2712  tRNA-specific adenosine deaminase  55.92 
 
 
178 aa  189  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2923  tRNA-specific adenosine deaminase  55.92 
 
 
178 aa  189  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2834  tRNA-specific adenosine deaminase  56.6 
 
 
172 aa  189  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.730135 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2843  tRNA-specific adenosine deaminase  55.92 
 
 
178 aa  188  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2946  tRNA-specific adenosine deaminase  55.97 
 
 
172 aa  188  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2730  tRNA-specific adenosine deaminase  55.97 
 
 
172 aa  188  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.635658  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2811  tRNA-specific adenosine deaminase  55.97 
 
 
172 aa  188  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.221212  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1118  tRNA-specific adenosine deaminase  55.26 
 
 
167 aa  186  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0390  zinc-binding domain-containing protein  56.79 
 
 
193 aa  186  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01393  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  53.94 
 
 
223 aa  186  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.331355  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01142  hypothetical protein  59.62 
 
 
164 aa  184  7e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0542  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  57.89 
 
 
152 aa  181  4.0000000000000006e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.600523  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1331  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.87 
 
 
182 aa  181  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.324375 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1396  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  50.87 
 
 
182 aa  181  5.0000000000000004e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.355926  normal  0.109007 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1840  tRNA-adenosine deaminase  56.96 
 
 
168 aa  178  4e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0533758  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1618  tRNA-adenosine deaminase  56.49 
 
 
158 aa  177  4.999999999999999e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1451  putative hydrolase protein  51.57 
 
 
183 aa  173  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.849244 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1416  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.26 
 
 
152 aa  171  2.9999999999999996e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3669  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  56.34 
 
 
182 aa  170  7.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408377  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1225  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  52.56 
 
 
163 aa  170  7.999999999999999e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.800541  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1920  tRNA-adenosine deaminase  62.07 
 
 
196 aa  170  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.277263  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1592  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  58.39 
 
 
361 aa  168  5e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2282  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  58.39 
 
 
361 aa  167  5e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.134141  normal  0.095707 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1846  tRNA-adenosine deaminase  52.6 
 
 
177 aa  167  9e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.916039  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3082  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  58.74 
 
 
484 aa  165  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.323933  normal  0.500889 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2603  cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding region  53.38 
 
 
155 aa  164  5e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000499641  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2447  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  55.84 
 
 
461 aa  164  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.683334 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1317  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  54.25 
 
 
175 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1302  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  58.74 
 
 
187 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0817948 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2035  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.9 
 
 
231 aa  163  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0981147 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2796  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.69 
 
 
369 aa  162  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.15337  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1573  tRNA-adenosine deaminase  54.86 
 
 
189 aa  161  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1956  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  58.74 
 
 
193 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2202  tRNA-adenosine deaminase  55.24 
 
 
146 aa  160  6e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4809  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  52 
 
 
475 aa  160  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.779004  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0737  tRNA-specific adenosine deaminase  53.15 
 
 
148 aa  160  7e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1037  tRNA-specific adenosine deaminase  56.86 
 
 
162 aa  160  7e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.78407  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0635  tRNA-specific adenosine deaminase  53.15 
 
 
148 aa  160  7e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.481891  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5352  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  55.1 
 
 
154 aa  160  8.000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2509  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  53.42 
 
 
154 aa  159  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0557203  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2427  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  54.3 
 
 
174 aa  158  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.777873  normal  0.277053 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1685  hypothetical protein  53.06 
 
 
149 aa  158  4e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5296  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  50.64 
 
 
166 aa  157  8e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000172102  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0748  tRNA-specific adenosine deaminase  50.33 
 
 
177 aa  157  8e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.860443  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1997  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  51.61 
 
 
411 aa  156  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.382734 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0289  zinc-binding domain-containing protein  56.2 
 
 
137 aa  156  2e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1686  hypothetical protein  53.06 
 
 
149 aa  156  2e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1986  tRNA-adenosine deaminase  51.05 
 
 
152 aa  155  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.365375  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1883  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  58.87 
 
 
159 aa  155  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.839631  normal  0.641763 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2394  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.69 
 
 
198 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1285  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.69 
 
 
198 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.26979  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2538  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.69 
 
 
198 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.287066  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0741  cytidine and deoxycytidylate deaminase family protein  51.32 
 
 
177 aa  155  4e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3297  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.69 
 
 
198 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.62763  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0015  CMP/dCMP deaminase zinc-binding protein  50.98 
 
 
165 aa  155  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0014  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  51.66 
 
 
156 aa  155  4e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2013  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.69 
 
 
198 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0888  CMP/dCMP deaminase zinc-binding  51.32 
 
 
177 aa  155  4e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2437  cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein  52.69 
 
 
198 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142608  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0022  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  48.52 
 
 
166 aa  154  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.015213  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2264  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  52.55 
 
 
181 aa  154  5.0000000000000005e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000142338  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0019  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain-containing protein  50 
 
 
166 aa  154  6e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0510921  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2286  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  53.42 
 
 
363 aa  154  8e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.382351  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0024  cytidine/deoxycytidylate deaminase zinc-binding domain protein  50.32 
 
 
166 aa  154  8e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000145543  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1968  CMP/dCMP deaminase, zinc-binding  58.2 
 
 
159 aa  153  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>