107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2983 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2983  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 427 aa  846    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0532  polysaccharide biosynthesis protein  36.14 
 
 		 449 aa  227  3e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0665  polysaccharide biosynthesis protein  31.59 
 
 		 426 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1044  polysaccharide biosynthesis protein  33.42 
 
 		 440 aa  196  6e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.041441  hitchhiker  0.00655602 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1424  polysaccharide biosynthesis protein  32.22 
 
 		 444 aa  194  4e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1384  polysaccharide biosynthesis protein  31.84 
 
 		 440 aa  190  4e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0293662 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3446  polysaccharide biosynthesis protein  29.74 
 
 		 444 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.823308  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4040  polysaccharide biosynthesis protein  32.46 
 
 		 444 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.519664  normal  0.589796 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3189  polysaccharide biosynthesis protein  34.33 
 
 		 446 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.27784  hitchhiker  0.00540344 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1959  polysaccharide biosynthesis protein  30.11 
 
 		 451 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1236  polysaccharide biosynthesis protein  30.73 
 
 		 482 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.286439 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1766  polysaccharide biosynthesis protein  31.67 
 
 		 441 aa  166  5.9999999999999996e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3509  polysaccharide biosynthesis protein  29.26 
 
 		 444 aa  162  9e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00438e-16 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0744  polysaccharide biosynthesis protein  28.01 
 
 		 436 aa  161  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.923042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2602  polysaccharide biosynthesis protein  31.19 
 
 		 448 aa  160  5e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2285  polysaccharide biosynthesis protein  30.1 
 
 		 449 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.398242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2892  polysaccharide biosynthesis protein  27.43 
 
 		 429 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0727  polysaccharide biosynthesis protein  22.51 
 
 		 478 aa  85.1  0.000000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.207142  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1311  polysaccharide biosynthesis protein  22.56 
 
 		 477 aa  76.3  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0234  lipopolysaccharide O-side chain biosynthesis protein (O-antigen transpoter)  29.89 
 
 		 476 aa  72.8  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00421263  normal  0.454805 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3272  polysaccharide biosynthesis protein  26.1 
 
 		 546 aa  67  0.0000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.509561  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1057  PST family polysaccharide transporter  27.73 
 
 		 471 aa  66.2  0.000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.140128  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0391  polysaccharide biosynthesis protein  22.11 
 
 		 476 aa  64.3  0.000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3876  polysaccharide biosynthesis protein  25.25 
 
 		 427 aa  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0929  polysaccharide biosynthesis protein  24.16 
 
 		 489 aa  63.2  0.000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1343  polysaccharide biosynthesis protein  22.53 
 
 		 432 aa  62.8  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6501  Membrane protein involved in the export of O- antigen and teichoic acid-like protein  29.46 
 
 		 448 aa  62.8  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0469  polysaccharide biosynthesis protein  24.27 
 
 		 486 aa  60.8  0.00000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00384316  hitchhiker  0.000182088 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5553  oligosaccharide translocase  22.26 
 
 		 471 aa  61.2  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1128  polysaccharide biosynthesis protein  24.24 
 
 		 547 aa  59.7  0.0000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5107  oligosaccharide translocase  22.05 
 
 		 483 aa  58.9  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3122  polysaccharide biosynthesis protein  26.1 
 
 		 490 aa  58.9  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0573  polysaccharide biosynthesis protein  23.02 
 
 		 477 aa  57.8  0.0000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000747167  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5611  oligosaccharide translocase  20.78 
 
 		 470 aa  56.6  0.0000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4125  polysaccharide biosynthesis protein  25.7 
 
 		 542 aa  56.2  0.0000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3437  polysaccharide biosynthesis protein  28.42 
 
 		 483 aa  56.2  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.655907  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5396  oligosaccharide translocase  22.45 
 
 		 473 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2455  polysaccharide biosynthesis protein  28.66 
 
 		 434 aa  55.8  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1593  polysaccharide biosynthesis protein  21.97 
 
 		 504 aa  55.1  0.000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0869  polysaccharide biosynthesis protein  25.38 
 
 		 509 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0253  polysaccharide biosynthesis protein  22.66 
 
 		 435 aa  53.5  0.000008  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.00000123579  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1120  polysaccharide biosynthesis protein  28.73 
 
 		 478 aa  53.1  0.000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.77221  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1522  PST family polysaccharide transporter  24.71 
 
 		 478 aa  52.8  0.00001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00741299  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2304  polysaccharide biosynthesis protein  29.34 
 
 		 494 aa  52.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.298994  normal  0.0362143 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2664  hypothetical protein  23.85 
 
 		 485 aa  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2720  polysaccharide biosynthesis protein  20.1 
 
 		 416 aa  52.4  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0371691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2748  polysaccharide biosynthesis protein  26.55 
 
 		 526 aa  52.4  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.327125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3041  polysaccharide biosynthesis protein  23.56 
 
 		 471 aa  51.2  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3779  polysaccharide biosynthesis protein  20.7 
 
 		 438 aa  51.2  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3948  polysaccharide biosynthesis protein  21.71 
 
 		 473 aa  50.8  0.00005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0457  polysaccharide biosynthesis protein  22.51 
 
 		 488 aa  50.8  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2660  colanic acid exporter  22.71 
 
 		 492 aa  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.267405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2335  polysaccharide biosynthesis protein  21.61 
 
 		 490 aa  49.3  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000025001  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0919  polysaccharide biosynthesis protein  20.62 
 
 		 420 aa  49.3  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1476  polysaccharide biosynthesis protein  24.85 
 
 		 478 aa  49.3  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.41524 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0506  polysaccharide biosynthesis protein  22.93 
 
 		 583 aa  49.3  0.0001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1611  polysaccharide biosynthesis protein  21.13 
 
 		 492 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000161996  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0771  membrane protein  22.06 
 
 		 418 aa  48.9  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0782  polysaccharide biosynthesis protein  21.48 
 
 		 418 aa  48.9  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2268  polysaccharide biosynthesis protein  22.34 
 
 		 420 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.199754 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1714  polysaccharide biosynthesis protein  31.58 
 
 		 483 aa  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0396788  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0604  polysaccharide biosynthesis protein  21.86 
 
 		 483 aa  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000572815  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0177  polysaccharide biosynthesis protein  24.74 
 
 		 446 aa  48.1  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1623  polysaccharide biosynthesis protein  22.81 
 
 		 489 aa  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1069  polysaccharide biosynthesis protein  25.47 
 
 		 488 aa  47.4  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0264507  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0686  putative lipopolysaccharide O-SIDE chain biosynthesis transmembrane protein  26.63 
 
 		 422 aa  47  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.599007  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0464  polysaccharide transporter protein, putative  21.86 
 
 		 486 aa  47  0.0007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000125112  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4201  polysaccharide biosynthesis protein  22.54 
 
 		 487 aa  47  0.0007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.964317 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2012  polysaccharide biosynthesis protein  20.73 
 
 		 483 aa  45.8  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.715057 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1496  PST family polysaccharide transporter  21.79 
 
 		 484 aa  46.2  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.104259  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1963  colanic acid exporter  21.09 
 
 		 493 aa  45.8  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0582  polysaccharide biosynthesis protein  26.22 
 
 		 479 aa  46.2  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3796  polysaccharide biosynthesis protein  24.59 
 
 		 478 aa  45.8  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2567  heteropolysaccharide repeat-containing protein  22.42 
 
 		 517 aa  45.1  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.09409  normal  0.0273385 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0934  polysaccharide biosynthesis protein  25.48 
 
 		 418 aa  45.4  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0952  polysaccharide biosynthesis protein  25.48 
 
 		 418 aa  45.4  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.489257  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2498  polysaccharide biosynthesis protein  21.43 
 
 		 418 aa  45.1  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0310  polysaccharide biosynthesis protein  29.17 
 
 		 421 aa  45.4  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1078  polysaccharide biosynthesis protein  26.09 
 
 		 424 aa  45.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0483  polysaccharide biosynthesis protein  26.46 
 
 		 477 aa  45.1  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1772  polysaccharide biosynthesis protein  36.08 
 
 		 496 aa  45.1  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1162  polysaccharide biosynthesis protein CpsL  22.71 
 
 		 466 aa  45.1  0.003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.333664  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2139  polysaccharide biosynthesis protein  20.82 
 
 		 482 aa  45.1  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00876576  normal  0.418146 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2124  hypothetical protein  22.29 
 
 		 461 aa  44.7  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.553505 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2459  polysaccharide biosynthesis protein  24.67 
 
 		 490 aa  44.7  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4228  polysaccharide biosynthesis protein  21.87 
 
 		 486 aa  44.7  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0386207 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2284  colanic acid exporter  22.12 
 
 		 510 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000490639 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2328  colanic acid exporter  22.12 
 
 		 510 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.663239  normal  0.0902335 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2335  colanic acid exporter  22.12 
 
 		 510 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.673501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2227  colanic acid exporter  22.12 
 
 		 503 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125419  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2442  colanic acid exporter  22.12 
 
 		 510 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000846764 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1412  polysaccharide biosynthesis protein  24.51 
 
 		 474 aa  44.3  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1353  polysaccharide biosynthesis protein  21.26 
 
 		 486 aa  44.7  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0416  polysaccharide biosynthesis protein  30 
 
 		 506 aa  44.3  0.004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.484223  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1828  polysaccharide biosynthesis protein  26.95 
 
 		 529 aa  44.3  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1073  polysaccharide biosynthesis protein  26.15 
 
 		 492 aa  44.3  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.610845 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0025  hypothetical protein  25.31 
 
 		 439 aa  43.9  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0000686013  hitchhiker  0.00952871 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1608  polysaccharide biosynthesis protein  25.33 
 
 		 492 aa  43.9  0.005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0341  polysaccharide biosynthesis protein  21.76 
 
 		 500 aa  43.9  0.005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.467363  decreased coverage  0.0000100108 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2062  polysaccharide biosynthesis protein  19.44 
 
 		 511 aa  44.3  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.445911  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>