89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2946 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2946  polysaccharide export protein  100 
 
 
439 aa  902    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1699  polysaccharide export protein  62.5 
 
 
420 aa  536  1e-151  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.126093  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2010  polysaccharide export protein  56.06 
 
 
422 aa  486  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.054742 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1429  polysaccharide export protein  58.55 
 
 
435 aa  485  1e-136  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3795  cold shock protein  41.82 
 
 
433 aa  263  4.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2678  polysaccharide export protein  40.37 
 
 
347 aa  254  3e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3249  polysaccharide biosynthesis/export protein  41.12 
 
 
425 aa  249  8e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.594597  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1061  polysaccharide export protein  24.56 
 
 
478 aa  66.2  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0167243  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2513  polysaccharide export protein  27.75 
 
 
454 aa  63.5  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3593  polysaccharide export protein  27.75 
 
 
384 aa  63.5  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3287  polysaccharide export protein  26.07 
 
 
492 aa  62  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0763  polysaccharide export protein  27.27 
 
 
852 aa  61.6  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148481  normal  0.528442 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3242  polysaccharide export protein  25.81 
 
 
212 aa  56.6  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.76534 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4601  polysaccharide export protein  24.18 
 
 
473 aa  56.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.930879 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0536  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  27.06 
 
 
429 aa  54.7  0.000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1924  polysaccharide export protein  25.21 
 
 
551 aa  54.7  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0359634 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2909  polysaccharide export protein  25.76 
 
 
446 aa  54.3  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.723004  hitchhiker  0.000339784 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2515  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  26.47 
 
 
429 aa  53.5  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0661  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  26.47 
 
 
429 aa  53.5  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.520209  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0647  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  26.47 
 
 
429 aa  53.5  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.377734  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2192  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  26.47 
 
 
429 aa  53.5  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2893  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  26.47 
 
 
429 aa  53.5  0.000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0047  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  26.47 
 
 
429 aa  53.5  0.000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0823  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  26.47 
 
 
429 aa  53.5  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3871  polysaccharide export protein  25.53 
 
 
214 aa  53.5  0.000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.631942  normal  0.0416181 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4309  polysaccharide export protein  26.52 
 
 
495 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4916  polysaccharide export protein  22.98 
 
 
397 aa  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.713407  hitchhiker  0.000554375 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1078  polysaccharide export protein  25.89 
 
 
830 aa  51.2  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1352  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  24.29 
 
 
396 aa  50.8  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1903  polysaccharide export protein  25.99 
 
 
221 aa  49.7  0.00009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3032  polysaccharide export protein  24.61 
 
 
922 aa  49.7  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.190653  normal  0.0184914 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4938  polysaccharide export protein  23.89 
 
 
603 aa  48.5  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3035  polysaccharide export protein  25.43 
 
 
828 aa  48.9  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.636336  normal  0.407015 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2273  polysaccharide export protein  27.39 
 
 
392 aa  48.5  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.534811  normal  0.26202 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2243  polysaccharide (EPS I) exporter  27.56 
 
 
407 aa  48.9  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548899  normal  0.73055 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1508  polysaccharide export protein  21.67 
 
 
495 aa  48.5  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3833  polysaccharide export protein  25.62 
 
 
371 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.679596  normal  0.69653 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2264  ClpX, ATPase regulatory subunit  23.96 
 
 
827 aa  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000642696  decreased coverage  0.000131264 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1958  polysaccharide export protein  27.56 
 
 
407 aa  47.8  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.676148  normal  0.565154 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1651  polysaccharide export protein  24.34 
 
 
915 aa  48.5  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.530434  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1535  polysaccharide export protein  20.56 
 
 
495 aa  48.5  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.106975 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1889  capsule polysaccharide export system periplasmic protein  25 
 
 
576 aa  47.8  0.0004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.105703  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1114  polysaccharide export protein  26.06 
 
 
431 aa  47.8  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0366205  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2210  polysaccharide export outer membrane protein  23.83 
 
 
357 aa  47.8  0.0004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3701  polysaccharide export protein  21.32 
 
 
392 aa  47.4  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4093  hypothetical protein  23.91 
 
 
356 aa  47.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.818341  normal  0.104815 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4540  polysaccharide export protein  26.75 
 
 
387 aa  47  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169971  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0460  hypothetical protein  29.17 
 
 
175 aa  47  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2691  polysaccharide export protein  21.74 
 
 
508 aa  47  0.0006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113552  decreased coverage  0.00268462 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3823  polysaccharide export protein  26.75 
 
 
387 aa  47  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87104  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2882  polysaccharide export protein  26.58 
 
 
247 aa  47  0.0006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000309988  normal  0.0604046 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2769  polysaccharide export protein  32.38 
 
 
846 aa  47  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.594167 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2732  polysaccharide export protein  24.5 
 
 
753 aa  47  0.0008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445544  normal  0.725394 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2543  polysaccharide export protein  22.75 
 
 
919 aa  46.2  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.941823  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3062  polysaccharide export protein  25.95 
 
 
834 aa  45.8  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1470  polysaccharide export protein  24.28 
 
 
828 aa  46.2  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.270093  normal  0.749053 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3260  polysaccharide biosynthesis/export protein  23.94 
 
 
422 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.14085  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0810  polysaccharide export protein  29.3 
 
 
184 aa  46.2  0.001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1156  polysaccharide export protein  23.78 
 
 
187 aa  46.2  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.508119  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3726  polysaccharide export protein  21.04 
 
 
392 aa  46.2  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.489348  normal  0.448229 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3274  polysaccharide biosynthesis/export protein  23.47 
 
 
446 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5549  polysaccharide export protein  25.49 
 
 
392 aa  45.8  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1515  polysaccharide export protein  24.59 
 
 
869 aa  45.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000317972  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2671  polysaccharide export protein  22.75 
 
 
919 aa  45.1  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2133  polysaccharide export protein  25.97 
 
 
375 aa  45.4  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0546  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  25.49 
 
 
396 aa  45.1  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1395  polysaccharide export protein  21.69 
 
 
931 aa  45.4  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0391429  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6499  polysaccharide export protein  24.02 
 
 
205 aa  45.1  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06665  hypothetical protein  22.95 
 
 
373 aa  45.8  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0647  polysaccharide export system, outer membrane component  23.91 
 
 
358 aa  45.8  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.428631 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0794  polysaccharide export protein  21.21 
 
 
869 aa  45.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.020437  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1013  hypothetical protein  25.13 
 
 
191 aa  45.8  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.528873  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3222  polysaccharide biosynthesis/export protein  23 
 
 
400 aa  45.1  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0468  polysaccharide export outer membrane protein  22.28 
 
 
387 aa  44.7  0.003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.622539  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13851  hypothetical protein  25.68 
 
 
365 aa  44.3  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0211  polysaccharide export protein  28.57 
 
 
201 aa  44.3  0.004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1189  polysaccharide export protein  25 
 
 
387 aa  44.3  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4531  polysaccharide export protein  25.86 
 
 
208 aa  44.3  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1690  polysaccharide export protein  26.97 
 
 
558 aa  44.3  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2184  polysaccharide export protein  25 
 
 
833 aa  43.9  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.243697  hitchhiker  0.000313767 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08781  hypothetical protein  24.14 
 
 
415 aa  43.9  0.006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000165811 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2620  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  25.49 
 
 
391 aa  43.9  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2482  capsular polysaccharide biosynthesis/export protein  25.49 
 
 
391 aa  43.9  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.153813  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0915  capsular polysaccharide biosynthesis/export periplasmic protein  25.49 
 
 
396 aa  43.5  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.138032  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1375  polysaccharide export-related periplasmic protein  22.37 
 
 
415 aa  43.9  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  hitchhiker  0.00608351  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1690  polysaccharide export protein  22.84 
 
 
428 aa  43.5  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.977677  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4430  polysaccharide export protein  24.04 
 
 
368 aa  43.1  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.756533  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1060  polysaccharide export protein  24.71 
 
 
393 aa  43.1  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17951  hypothetical protein  23.87 
 
 
417 aa  43.1  0.01  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>