More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2774 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2774  biotin biosynthesis protein BioC  100 
 
 
266 aa  554  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0014139  hitchhiker  0.00911196 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1868  methyltransferase type 11  62.03 
 
 
263 aa  346  2e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00760268  decreased coverage  0.000000322294 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2429  biotin biosynthesis protein BioC  52.12 
 
 
275 aa  271  6e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0131748 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2357  biotin biosynthesis protein BioC  52.59 
 
 
275 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000020473 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2517  biotin biosynthesis protein BioC  52.87 
 
 
275 aa  264  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000257486 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2738  biotin synthesis protein BioC  51.39 
 
 
275 aa  260  2e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2343  biotin biosynthesis protein BioC  53.36 
 
 
269 aa  257  2e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1721  methyltransferase type 11  46.91 
 
 
309 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0157757  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1760  methyltransferase type 11  45.3 
 
 
320 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1753  methyltransferase type 11  44.83 
 
 
367 aa  237  1e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.757271  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1803  methyltransferase type 11  46.77 
 
 
256 aa  237  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1797  methyltransferase type 11  43.38 
 
 
374 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.105535  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1477  methyltransferase type 11  46.25 
 
 
254 aa  228  7e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2525  Methyltransferase type 11  42.24 
 
 
383 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.991475  normal  0.34904 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1660  methyltransferase type 11  43.66 
 
 
309 aa  214  8e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1440  biotin synthesis protein BioC  46.77 
 
 
248 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00159982  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1922  biotin biosynthesis protein BioC  29.93 
 
 
279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.152258  decreased coverage  0.00125244 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3454  methyltransferase type 11  30.5 
 
 
270 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0248  biotin biosynthesis protein BioC  33.98 
 
 
253 aa  108  1e-22  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.996866  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2440  Methyltransferase type 11  33.66 
 
 
216 aa  102  5e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0165065  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1507  biotin biosynthesis protein BioC  34.95 
 
 
253 aa  101  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000063017  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2537  biotin biosynthesis protein BioC  32.03 
 
 
260 aa  100  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000300876  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1268  biotin biosynthesis protein BioC  31.46 
 
 
251 aa  99.8  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00543221  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2596  biotin biosynthesis protein bioC  27.91 
 
 
265 aa  99  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.093326  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06010  biotin synthesis protein BioC  31.6 
 
 
267 aa  98.2  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.746653  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2161  biotin biosynthesis protein BioC  27.64 
 
 
291 aa  98.6  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0946  biotin biosynthesis protein BioC  33.86 
 
 
251 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000915647  normal  0.885447 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0832  biotin biosynthesis protein BioC  33.86 
 
 
251 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000189171  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1132  biotin biosynthesis protein BioC  25.61 
 
 
307 aa  96.7  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0891  biotin biosynthesis protein BioC  33.86 
 
 
251 aa  95.9  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0441055  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0860  biotin biosynthesis protein BioC  33.86 
 
 
251 aa  95.5  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00894914  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1164  methyltransferase type 11  30.47 
 
 
267 aa  95.5  8e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.1312  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4085  biotin biosynthesis protein BioC  30.23 
 
 
267 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0497  biotin synthesis protein BioC  28.94 
 
 
269 aa  94  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.572424  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1313  biotin biosynthesis protein BioC  33.33 
 
 
255 aa  94.4  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.110955  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0925  biotin biosynthesis protein BioC  31.25 
 
 
251 aa  94  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000310618  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0923  biotin biosynthesis protein BioC  33.33 
 
 
251 aa  93.6  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00600636  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003869  biotin synthesis protein BioC  28.24 
 
 
268 aa  93.6  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.19334  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06540  putative biotin synthesis protein BioC  30.15 
 
 
274 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0632  biotin synthesis protein BioC  30.22 
 
 
312 aa  92.8  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000104697  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00744  predicted methltransferase, enzyme of biotin synthesis  31.25 
 
 
251 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000740427  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2865  biotin biosynthesis protein BioC  31.25 
 
 
251 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134794  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2866  biotin biosynthesis protein BioC  31.25 
 
 
251 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000576262  normal  0.0541364 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00761  hypothetical protein  31.25 
 
 
251 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000873779  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0831  biotin biosynthesis protein BioC  31.25 
 
 
251 aa  92.4  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000107707  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01809  methyltransferase  27.92 
 
 
268 aa  92  9e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2575  biotin biosynthesis protein BioC  30.77 
 
 
251 aa  91.3  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000803036  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0840  biotin biosynthesis protein BioC  30.77 
 
 
251 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000158566  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0800  biotin biosynthesis protein BioC  30.77 
 
 
251 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000119753  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1128  biotin synthesis protein BioC  31.19 
 
 
275 aa  90.5  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2962  biotin biosynthesis protein BioC  30.52 
 
 
253 aa  89.7  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0381627  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0603  putative biotin synthesis protein BioC  29.15 
 
 
274 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4684  biotin synthesis protein BioC  28.02 
 
 
269 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.701434  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0322  biotin biosynthesis protein BioC  27.34 
 
 
306 aa  86.7  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0126192 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0395  biotin biosynthesis protein BioC  30.04 
 
 
272 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0883344  normal  0.752327 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2899  biotin biosynthesis protein BioC  28.93 
 
 
262 aa  86.3  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.785116  normal  0.0952013 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0391  biotin biosynthesis protein BioC  30.47 
 
 
276 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2842  biotin biosynthesis protein BioC  31.78 
 
 
267 aa  85.5  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0365  biotin biosynthesis protein BioC  30.04 
 
 
272 aa  85.5  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.380868  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1981  biotin biosynthesis protein BioC  25.27 
 
 
309 aa  85.5  8e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2929  biotin biosynthesis protein BioC  31.78 
 
 
267 aa  85.5  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5173  biotin biosynthesis protein BioC  27.83 
 
 
268 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0205142  normal  0.27831 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02209  Biotin biosynthesis protein BioC  32.87 
 
 
325 aa  85.1  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.28779  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1427  biotin synthesis protein BioC  31.78 
 
 
267 aa  84.7  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0926  biotin synthesis protein  29.13 
 
 
295 aa  83.2  0.000000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.676817  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3831  biotin biosynthesis protein BioC  27.4 
 
 
294 aa  82.4  0.000000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3013  biotin biosynthesis protein BioC  28.84 
 
 
291 aa  81.6  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.755782  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1881  biotin biosynthesis protein BioC  27.24 
 
 
266 aa  81.3  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0598822  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2555  methyltransferase type 11  28.38 
 
 
315 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00279696  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0960  biotin biosynthesis protein BioC  26.39 
 
 
295 aa  79.3  0.00000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.131557  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0822  biotin biosynthesis protein BioC  28.37 
 
 
295 aa  79.7  0.00000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0421  biotin biosynthesis protein BioC  26.15 
 
 
292 aa  78.2  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000894072 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4837  biotin biosynthesis protein BioC  29.09 
 
 
272 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.672386 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0833  Methyltransferase type 11  27.27 
 
 
267 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.741572  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0245  biotin synthesis protein BioC  26.15 
 
 
292 aa  77.8  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2433  biotin biosynthesis protein BioC  27.65 
 
 
291 aa  77.4  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0734686 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2098  biotin biosynthesis protein BioC  24.74 
 
 
309 aa  76.6  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03630  biotin biosynthesis protein BioC  26.15 
 
 
294 aa  76.6  0.0000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3137  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  25.63 
 
 
558 aa  75.5  0.0000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.785759  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1664  Methyltransferase type 11  26.07 
 
 
271 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3428  Methyltransferase type 11  26.3 
 
 
267 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.512533 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2279  hypothetical protein  24.06 
 
 
284 aa  72  0.000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0573  putative methyltransferase  24.12 
 
 
281 aa  70.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2251  hypothetical protein  23.68 
 
 
284 aa  70.5  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1611  biotin synthesis protein  24.12 
 
 
281 aa  71.2  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0157  biotin biosynthesis protein BioC  26.39 
 
 
290 aa  70.5  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.322 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3244  methyltransferase type 11  26.02 
 
 
280 aa  69.3  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2754  biotin biosynthesis protein BioC  30.61 
 
 
272 aa  67.4  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.32969  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0858  biotin synthesis protein BioC  28.79 
 
 
275 aa  65.9  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2836  biotin biosynthesis protein BioC  25.47 
 
 
260 aa  65.5  0.0000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4226  putative biotin synthesis protein BioC  24.89 
 
 
269 aa  63.9  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0029  hypothetical protein  25.57 
 
 
273 aa  64.7  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.833519 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1011  putative biotin synthesis protein BioC  24.43 
 
 
269 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2427  biotin biosynthesis protein BioC  26.17 
 
 
260 aa  62.8  0.000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1880  Methyltransferase type 11  28.83 
 
 
240 aa  61.6  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0844  UbiE/COQ5 methyltransferase  24.06 
 
 
269 aa  61.6  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4140  putative methyltransferase  30.26 
 
 
255 aa  62  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00813352  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2091  methyltransferase type 11  26.79 
 
 
278 aa  61.6  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00620726  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0834  UbiE/COQ5 methyltransferase  31.25 
 
 
237 aa  60.5  0.00000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.293263  normal  0.0185746 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1663  biotin biosynthesis protein  27.52 
 
 
268 aa  58.9  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000363598  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>