188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2728 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2728  hypothetical protein  100 
 
 		 230 aa  471  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.881231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0941  aspartate racemase  71.74 
 
 		 230 aa  358  5e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1908  aspartate racemase  72.49 
 
 		 231 aa  351  5.9999999999999994e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0199  aspartate racemase  66.96 
 
 		 239 aa  336  9.999999999999999e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.134945  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1897  aspartate racemase  67.83 
 
 		 231 aa  330  8e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1375  aspartate racemase  69.87 
 
 		 233 aa  330  2e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000098  aspartate racemase  66.81 
 
 		 231 aa  325  5e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.220289  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2886  hypothetical protein  66.52 
 
 		 225 aa  323  2e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03998  aspartate racemase  61.74 
 
 		 232 aa  305  3e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2098  aspartate racemase  60.26 
 
 		 229 aa  301  4.0000000000000003e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.817779 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1521  aspartate racemase  60.26 
 
 		 231 aa  298  4e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00121722  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1412  aspartate racemase family protein  60.26 
 
 		 230 aa  298  4e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000193401  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3160  aspartate racemase  59.83 
 
 		 236 aa  297  1e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000632506  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0370  aspartate racemase family protein  60.26 
 
 		 231 aa  296  1e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000827408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1171  aspartate racemase  60.26 
 
 		 235 aa  295  4e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000110091  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3053  aspartate racemase  62.45 
 
 		 239 aa  294  6e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3286  putative racemase  57.83 
 
 		 230 aa  290  1e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.989342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1062  aspartate racemase  59.13 
 
 		 229 aa  288  7e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301738  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2793  aspartate racemase  58.64 
 
 		 230 aa  286  1e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2987  putative racemase  55.65 
 
 		 230 aa  282  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0674464 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1262  aspartate racemase  58.7 
 
 		 231 aa  282  4.0000000000000003e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.399281  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02688  predicted racemase  55.22 
 
 		 230 aa  280  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02649  hypothetical protein  55.22 
 
 		 230 aa  280  1e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3023  putative racemase  55.22 
 
 		 230 aa  280  1e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4108  putative racemase  55.22 
 
 		 230 aa  280  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000397336 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0875  putative racemase  55.22 
 
 		 230 aa  280  1e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2987  putative racemase  55.22 
 
 		 230 aa  280  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3160  putative racemase  55.22 
 
 		 230 aa  280  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0902  aspartate racemase  57.71 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.311636 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3685  aspartate racemase  58.26 
 
 		 233 aa  279  3e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.209881 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0550  aspartate racemase  55.9 
 
 		 230 aa  279  3e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112794  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0005  aspartate racemase  59.57 
 
 		 232 aa  277  9e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0850  aspartate racemase  54.78 
 
 		 230 aa  276  1e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2067  aspartate racemase family protein  54.59 
 
 		 235 aa  276  2e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2223  aspartate racemase family protein  54.59 
 
 		 235 aa  276  2e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4003  aspartate racemase  52.61 
 
 		 231 aa  276  2e-73  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000429712  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2205  aspartate racemase family protein  54.59 
 
 		 230 aa  276  2e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2007  aspartate racemase  54.15 
 
 		 232 aa  275  6e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.273541  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2251  aspartate racemase family protein  54.15 
 
 		 232 aa  275  6e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.85155e-27 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3120  aspartate racemase family protein  54.15 
 
 		 231 aa  274  9e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.755099  hitchhiker  0.0000148082 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3727  aspartate racemase  58.26 
 
 		 243 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2048  aspartate racemase  53.28 
 
 		 232 aa  274  1.0000000000000001e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00935047  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2335  aspartate racemase family protein  53.07 
 
 		 234 aa  270  1e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.209175  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3409  aspartate racemase  60.45 
 
 		 230 aa  269  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2253  aspartate racemase family protein  53.28 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.159416  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2599  aspartate racemase  53.28 
 
 		 232 aa  268  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.577714  normal  0.0780411 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1530  aspartate racemase  52.4 
 
 		 232 aa  268  5e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.204202 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2006  aspartate racemase  52.84 
 
 		 232 aa  268  5.9999999999999995e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.975999  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4559  aspartate racemase  53.48 
 
 		 231 aa  268  5.9999999999999995e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.110424  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1157  aspartate racemase  53.51 
 
 		 230 aa  266  2e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3231  putative racemase  55.22 
 
 		 235 aa  265  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000134766 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3246  putative racemase  54.78 
 
 		 235 aa  264  8.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000445722 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3165  putative racemase  54.78 
 
 		 235 aa  264  8.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3183  putative racemase  54.78 
 
 		 235 aa  264  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3347  putative racemase  54.78 
 
 		 235 aa  264  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.042763 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2053  aspartate racemase  54.39 
 
 		 230 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.282147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1127  aspartate racemase  54.82 
 
 		 230 aa  262  4e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.10247  normal  0.372995 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0351  aspartate racemase  55.22 
 
 		 230 aa  261  6e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2161  aspartate racemase  53.07 
 
 		 230 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.779512  normal  0.822901 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2180  aspartate racemase  53.95 
 
 		 230 aa  260  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0021  aspartate racemase  53.51 
 
 		 239 aa  259  2e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0279038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5934  aspartate racemase  53.07 
 
 		 230 aa  258  4e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.137693  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2143  aspartate racemase  53.07 
 
 		 230 aa  258  4e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.578734  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5449  aspartate racemase  53.07 
 
 		 230 aa  257  9e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4003  putative aspartate racemase  53.18 
 
 		 242 aa  256  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0053  aspartate racemase  51.72 
 
 		 233 aa  255  4e-67  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4593  aspartate racemase  50.87 
 
 		 230 aa  255  5e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.243748  normal  0.631 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2977  aspartate racemase  51.74 
 
 		 246 aa  254  9e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.85375  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1412  aspartate racemase  47.83 
 
 		 229 aa  248  4e-65  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4503  aspartate racemase  53.51 
 
 		 238 aa  246  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0141875  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1082  aspartate racemase  49.12 
 
 		 237 aa  244  9e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1147  aspartate racemase  50.66 
 
 		 241 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.718342  normal  0.712603 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0080  aspartate racemase, putative  49.34 
 
 		 231 aa  240  1e-62  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.28039  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0092  putative aspartate racemase  49.34 
 
 		 231 aa  238  4e-62  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0120  aspartate racemase, putative  48.47 
 
 		 231 aa  237  1e-61  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0972  aspartate racemase  49.78 
 
 		 230 aa  234  7e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4072  aspartate racemase  49.36 
 
 		 233 aa  234  1.0000000000000001e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal  0.78132 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1249  aspartate racemase  48.47 
 
 		 239 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2506  aspartate racemase  49.34 
 
 		 239 aa  229  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4055  aspartate racemase  46.52 
 
 		 229 aa  228  4e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0918  aspartate racemase  47.39 
 
 		 230 aa  228  9e-59  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.468864  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6429  aspartate racemase  45.69 
 
 		 234 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.390115 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1970  aspartate racemase  48.03 
 
 		 239 aa  226  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.629341 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2760  aspartate racemase  46.72 
 
 		 239 aa  224  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.458115  normal  0.682156 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2031  aspartate racemase  44.02 
 
 		 240 aa  220  9.999999999999999e-57  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0604958 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2787  aspartate racemase  47.39 
 
 		 237 aa  216  2e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.328239  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1877  aspartate racemase  46.49 
 
 		 226 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.211864  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2199  aspartate/glutamate racemase family protein  45.65 
 
 		 229 aa  215  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2665  aspartate racemase family protein  43.86 
 
 		 226 aa  211  7e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00871532  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2422  aspartate racemase  43.86 
 
 		 226 aa  211  7e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00910723  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2656  aspartate racemase family protein  43.86 
 
 		 226 aa  211  9e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000254701 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2459  aspartate racemase family protein  43.86 
 
 		 226 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0713108  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2383  aspartate racemase  43.86 
 
 		 226 aa  210  1e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.135854  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2639  aspartate racemase family protein  43.86 
 
 		 226 aa  211  1e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2661  aspartate racemase family protein  43.86 
 
 		 226 aa  210  2e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.561952  hitchhiker  0.0000201094 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2706  aspartate racemase family protein  43.42 
 
 		 226 aa  209  3e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2501  aspartate racemase  43.42 
 
 		 227 aa  208  6e-53  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00208009  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2497  aspartate racemase  43.29 
 
 		 230 aa  207  8e-53  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.131585  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2663  aspartate racemase family protein  43.42 
 
 		 226 aa  207  9e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0185  hypothetical protein  45.41 
 
 		 238 aa  207  9e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.148112  normal  0.793248 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>