More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2675 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  84.22 
 
 		 395 aa  662    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2675  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 377 aa  777    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00742108  normal  0.0400647 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  74.47 
 
 		 395 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1904  lytic murein transglycosylase  74.05 
 
 		 396 aa  591  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000413322  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  71.66 
 
 		 438 aa  578  1e-164  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  71.31 
 
 		 438 aa  574  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  71.93 
 
 		 436 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  71.66 
 
 		 411 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  70.24 
 
 		 439 aa  568  1e-161  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  69.15 
 
 		 424 aa  569  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  68.88 
 
 		 430 aa  566  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  68.88 
 
 		 424 aa  567  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  67.55 
 
 		 433 aa  556  1e-157  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2141  lytic murein transglycosylase  65.51 
 
 		 437 aa  536  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000451146  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2313  lytic murein transglycosylase  66.22 
 
 		 415 aa  531  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.429417  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  61.25 
 
 		 401 aa  475  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00471  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  56.53 
 
 		 421 aa  446  1.0000000000000001e-124  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  54.77 
 
 		 428 aa  437  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  52.97 
 
 		 410 aa  403  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1316  putative peptidoglycan-binding protein  50.93 
 
 		 427 aa  391  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  48.81 
 
 		 409 aa  383  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0212  lytic murein transglycosylase  46.38 
 
 		 395 aa  369  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.740075  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  49.06 
 
 		 400 aa  369  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  44.35 
 
 		 454 aa  334  1e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  44.5 
 
 		 434 aa  330  2e-89  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  42.32 
 
 		 417 aa  317  2e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  41.8 
 
 		 427 aa  311  1e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  42.82 
 
 		 438 aa  308  1.0000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  43.21 
 
 		 432 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  41.83 
 
 		 470 aa  302  5.000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  43.8 
 
 		 457 aa  302  7.000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  41.32 
 
 		 409 aa  300  2e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  41.02 
 
 		 422 aa  296  6e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  41.4 
 
 		 398 aa  295  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  40.69 
 
 		 404 aa  295  1e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  41.3 
 
 		 474 aa  294  2e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  42.19 
 
 		 417 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  41.96 
 
 		 419 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  40.86 
 
 		 398 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  40.72 
 
 		 434 aa  293  4e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  41.35 
 
 		 430 aa  293  4e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  41.03 
 
 		 466 aa  291  2e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  40.81 
 
 		 398 aa  290  3e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1704  lytic murein transglycosylase  42.13 
 
 		 400 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.030456  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  40.31 
 
 		 438 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  41.1 
 
 		 421 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  41.35 
 
 		 438 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  41.35 
 
 		 438 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  41.08 
 
 		 438 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  40.53 
 
 		 398 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  40.05 
 
 		 398 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  40.53 
 
 		 398 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  40.61 
 
 		 415 aa  282  6.000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3516  putative transglycosylase  44.55 
 
 		 347 aa  280  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.112608  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0041  lytic murein transglycosylase  40.37 
 
 		 398 aa  280  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.765237  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  38.92 
 
 		 440 aa  279  6e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1075  lytic murein transglycosylase  42.71 
 
 		 349 aa  278  1e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00383925  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  40 
 
 		 445 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  40.66 
 
 		 413 aa  275  9e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  40.65 
 
 		 413 aa  275  9e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  41.78 
 
 		 418 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  38.71 
 
 		 451 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  40.11 
 
 		 418 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  40.5 
 
 		 448 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  39.72 
 
 		 445 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2957  lytic murein transglycosylase  39.02 
 
 		 470 aa  273  5.000000000000001e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.344089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  41.22 
 
 		 419 aa  273  5.000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  39.41 
 
 		 448 aa  272  9e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  39.67 
 
 		 429 aa  271  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  39.89 
 
 		 438 aa  271  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  37.47 
 
 		 443 aa  271  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  39.3 
 
 		 455 aa  269  5e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1132  lytic murein transglycosylase  38.44 
 
 		 481 aa  268  1e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1233  lytic murein transglycosylase  39.84 
 
 		 405 aa  267  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0329877 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  38.87 
 
 		 720 aa  267  2e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  38.67 
 
 		 424 aa  267  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  37.47 
 
 		 425 aa  266  2.9999999999999995e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1375  lytic murein transglycosylase  38.23 
 
 		 412 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.399813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  36.86 
 
 		 461 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004084  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  41.91 
 
 		 323 aa  266  7e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00180088  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01388  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  41.58 
 
 		 323 aa  265  8.999999999999999e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  38.42 
 
 		 411 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1543  putative lytic murein transglycosylase  41.58 
 
 		 323 aa  264  2e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000590177  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  38.57 
 
 		 464 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  37.33 
 
 		 462 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  37.33 
 
 		 413 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  39.17 
 
 		 417 aa  259  6e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2243  hypothetical protein  37.12 
 
 		 412 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4881  lytic murein transglycosylase  36.72 
 
 		 442 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4363  lytic murein transglycosylase  37.47 
 
 		 469 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2119  lytic murein transglycosylase  40.88 
 
 		 361 aa  258  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0387524  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2026  lytic murein transglycosylase  37.4 
 
 		 394 aa  258  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460264  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2008  lytic murein transglycosylase  40.88 
 
 		 362 aa  258  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000275571  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6960  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative signal peptide  36.29 
 
 		 464 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01141  putative transglycosylase  41.08 
 
 		 323 aa  256  4e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.629651  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  40.97 
 
 		 393 aa  256  5e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2396  lytic murein transglycosylase  40.54 
 
 		 362 aa  256  6e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0276595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4203  lytic murein transglycosylase  35.94 
 
 		 458 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2522  lytic murein transglycosylase  37.63 
 
 		 406 aa  253  3e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  40.7 
 
 		 393 aa  253  3e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>