56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2639 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  100 
 
 		 281 aa  580  1.0000000000000001e-165  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  61.04 
 
 		 288 aa  328  8e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  59.2 
 
 		 291 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  58.23 
 
 		 270 aa  296  3e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  52.55 
 
 		 282 aa  293  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  52.83 
 
 		 302 aa  291  8e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  52.83 
 
 		 302 aa  291  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  54.58 
 
 		 309 aa  288  6e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  53.78 
 
 		 315 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  54.18 
 
 		 315 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  50 
 
 		 304 aa  285  5e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  53.78 
 
 		 315 aa  285  7e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  54.37 
 
 		 309 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  50.72 
 
 		 311 aa  280  2e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  47.37 
 
 		 295 aa  256  3e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  51.44 
 
 		 337 aa  253  3e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  43.46 
 
 		 317 aa  249  4e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  47.84 
 
 		 292 aa  247  1e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  48.84 
 
 		 282 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  47.78 
 
 		 295 aa  244  9.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  48.79 
 
 		 283 aa  243  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  44.89 
 
 		 279 aa  239  2.9999999999999997e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  49.17 
 
 		 298 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  46.07 
 
 		 279 aa  237  1e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  47.45 
 
 		 290 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  49.61 
 
 		 279 aa  235  6e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  47.33 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  43.7 
 
 		 272 aa  229  3e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  48.12 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  39.18 
 
 		 312 aa  222  6e-57  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  40.96 
 
 		 269 aa  220  1.9999999999999999e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  41.8 
 
 		 282 aa  217  2e-55  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  42.21 
 
 		 282 aa  217  2e-55  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  43.8 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  43.08 
 
 		 279 aa  216  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  41.39 
 
 		 282 aa  215  5e-55  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  43.1 
 
 		 272 aa  214  9e-55  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  41.9 
 
 		 281 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  41.67 
 
 		 284 aa  214  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  44.3 
 
 		 298 aa  212  5.999999999999999e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  41.18 
 
 		 282 aa  209  3e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  43.98 
 
 		 302 aa  208  9e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  37.5 
 
 		 275 aa  208  1e-52  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  40.32 
 
 		 271 aa  206  3e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  43.28 
 
 		 375 aa  203  3e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  43.28 
 
 		 326 aa  199  3e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  39.41 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  36.04 
 
 		 275 aa  182  8.000000000000001e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  27.4 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  24.26 
 
 		 412 aa  60.8  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  25.16 
 
 		 437 aa  57.4  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  25.57 
 
 		 437 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  25.24 
 
 		 437 aa  57.4  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  26.81 
 
 		 321 aa  45.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  28.57 
 
 		 825 aa  43.5  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  27.27 
 
 		 546 aa  42.4  0.009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>