More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2566 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 297 aa  608  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  81.82 
 
 		 297 aa  509  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 297 aa  381  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 306 aa  346  2e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  53.56 
 
 		 300 aa  328  8e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 297 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 320 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 297 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  50.51 
 
 		 297 aa  310  1e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 297 aa  310  2e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 297 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 297 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 297 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 297 aa  305  6e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 299 aa  263  3e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 306 aa  246  4e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 300 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  41.46 
 
 		 300 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  41.11 
 
 		 300 aa  231  1e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  41.46 
 
 		 300 aa  229  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 342 aa  230  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 335 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 306 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 306 aa  223  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 306 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 359 aa  223  4e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 302 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 302 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 312 aa  221  9e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 302 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 320 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 320 aa  208  7e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 320 aa  208  7e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1739  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.133946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4099  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 325 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296149  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4267  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 305 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.287329  normal  0.303303 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3250  MarR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.99864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1432  transcriptional regulator, MarR family  37.15 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.830157 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0518  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 295 aa  198  7e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3009  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 307 aa  198  9e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4168  MarR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0180003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3695  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12971  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1642  transcriptional regulator, LysR family  38.43 
 
 		 316 aa  195  6e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0837368  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2306  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 309 aa  195  6e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.666046  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1217  transcriptional regulator, LysR family  38.43 
 
 		 309 aa  195  6e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.50196  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 309 aa  195  6e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.27656 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.43 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  38.43 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  0.000000000477709 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  38.43 
 
 		 309 aa  194  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1044  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4846  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.59 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  38.87 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4110  transcriptional regulator, MarR family  36.18 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180794 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3997  transcriptional regulator, MarR family  36.18 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2312  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.16 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0007989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2202  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.16 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000614587  normal  0.242008 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2167  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.16 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000280359  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2204  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.16 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000582492  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1175  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000157  transcriptional regulator LysR family  35.69 
 
 		 295 aa  188  9e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0204379  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  35.96 
 
 		 301 aa  187  1e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0689  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3032  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.01 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.177105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1974  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.27 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00037862  normal  0.59258 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1907  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 312 aa  185  6e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2890  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 326 aa  185  7e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.357452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05788  transcriptional regulator  36.24 
 
 		 295 aa  185  9e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2002  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.85 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0975568  hitchhiker  0.000333311 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2061  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.85 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0159337  hitchhiker  0.000037985 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2902  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 319 aa  183  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.374405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4333  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1784  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 312 aa  183  3e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2374  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.01 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 300 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1984  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 312 aa  182  6e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.482578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1805  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.8 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.524911  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2013  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.8 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000422246  normal  0.025363 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3030  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 315 aa  182  7e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.503722  normal  0.316328 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2000  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.01 
 
 		 329 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000154279  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2472  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.74 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000020853  hitchhiker  0.00151008 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2137  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.8 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543742  normal  0.0202004 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2629  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 309 aa  177  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0897024  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1810  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.51 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000533162  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2932  LysR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  34.88 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  34.88 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  34.88 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  34.88 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  34.88 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0349652 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>