151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2551 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 272 aa  560  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  60.94 
 
 		 262 aa  306  3e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  52.36 
 
 		 258 aa  262  4.999999999999999e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  29.07 
 
 		 269 aa  87  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  22.18 
 
 		 251 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.32 
 
 		 243 aa  86.3  6e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  27.07 
 
 		 298 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  26.64 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  27.43 
 
 		 264 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  25.42 
 
 		 262 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  30.62 
 
 		 274 aa  80.1  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  28.57 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  27.45 
 
 		 247 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  27.94 
 
 		 247 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  27.45 
 
 		 247 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  28.05 
 
 		 288 aa  79.3  0.00000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 270 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  24.52 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0051  extracellular solute-binding protein family 3  27.71 
 
 		 264 aa  75.5  0.0000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  25.66 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  25.66 
 
 		 264 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  25.66 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  25.66 
 
 		 264 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3223  putative ABC transporter, periplasmic substrate-binding  25 
 
 		 255 aa  72.8  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.338771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  24.47 
 
 		 264 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  23.33 
 
 		 252 aa  72  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  24.89 
 
 		 264 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4168  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 		 275 aa  72  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  24.47 
 
 		 264 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  25.55 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  23.45 
 
 		 243 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 		 286 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0527  hypothetical protein  26.16 
 
 		 261 aa  69.7  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  30.11 
 
 		 270 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 262 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.79 
 
 		 265 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1419  hypothetical protein  26.14 
 
 		 268 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1910  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.36 
 
 		 256 aa  67  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0380327 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  24.62 
 
 		 254 aa  65.5  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  30.26 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  24.22 
 
 		 259 aa  63.5  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0421  extracellular solute-binding protein  23.91 
 
 		 252 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 246 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.74 
 
 		 265 aa  63.2  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 		 251 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1595  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 262 aa  61.6  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.614347  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0687  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 255 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  23.68 
 
 		 253 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 		 245 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.74 
 
 		 247 aa  59.7  0.00000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.5 
 
 		 251 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1009  hypothetical protein  25.76 
 
 		 242 aa  57.4  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.815562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  22.08 
 
 		 248 aa  58.2  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3830  extracellular solute-binding protein  26.76 
 
 		 248 aa  56.6  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000366277 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  22.13 
 
 		 245 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  29.63 
 
 		 259 aa  55.1  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0328  hypothetical protein  22.27 
 
 		 251 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397197 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1047  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 		 256 aa  54.3  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.519655  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 		 258 aa  53.9  0.000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0286  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 269 aa  53.5  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.126336 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 		 232 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2973  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  28.85 
 
 		 251 aa  53.1  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69590  putative ABC-type amino acid transporter  22.75 
 
 		 293 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.233272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3293  amino acid ABC transporter periplasmic protein  22.78 
 
 		 263 aa  52.8  0.000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000280664 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  21.92 
 
 		 250 aa  52.4  0.000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  23.9 
 
 		 295 aa  52.8  0.000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0241  extracellular solute-binding protein  25.3 
 
 		 275 aa  52.4  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3700  extracellular solute-binding protein  22.46 
 
 		 461 aa  52  0.000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2584  hypothetical protein  25.42 
 
 		 257 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.685098  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0921  extracellular solute-binding protein  24.33 
 
 		 260 aa  51.6  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03697  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  21.99 
 
 		 675 aa  52  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  27.67 
 
 		 262 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.49 
 
 		 1055 aa  51.2  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 253 aa  50.8  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 262 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1185  extracellular solute-binding protein family 3  20.18 
 
 		 257 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148046 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.3 
 
 		 259 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0932  hypothetical protein  21.68 
 
 		 247 aa  50.1  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54230  hypothetical protein  21.54 
 
 		 250 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.638501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67860  putative ABC-type amino acid transporter  22.13 
 
 		 248 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.339144 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 		 247 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 955 aa  49.3  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4039  histidine kinase  22.92 
 
 		 572 aa  49.3  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4360  hypothetical protein  22.43 
 
 		 264 aa  49.3  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  hitchhiker  0.0094359 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2990  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 		 263 aa  48.9  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.604366  normal  0.133749 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  21.8 
 
 		 245 aa  48.9  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.67 
 
 		 255 aa  48.9  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1477  extracellular solute-binding protein family 3  22.61 
 
 		 254 aa  48.1  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3279  hypothetical protein  24.88 
 
 		 304 aa  48.5  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0523895  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  20.9 
 
 		 245 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3391  putative PAS/PAC sensor protein  21.98 
 
 		 1301 aa  47.8  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0258089  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  24.54 
 
 		 253 aa  47.8  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0424  hypothetical protein  25.35 
 
 		 256 aa  47.8  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  23.56 
 
 		 572 aa  47.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  22.35 
 
 		 259 aa  47.4  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  22.35 
 
 		 259 aa  47.4  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5874  hypothetical protein  22.05 
 
 		 248 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3285  putative amino acid ABC transporter  22.22 
 
 		 267 aa  47  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2915  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.08 
 
 		 247 aa  47  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>