27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2540 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2540  hypothetical protein  100 
 
 		 114 aa  228  2e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.137358  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1961  branched-chain amino acid transport  35.71 
 
 		 109 aa  59.3  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0494  hypothetical protein  30.1 
 
 		 107 aa  58.5  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0388  branched-chain amino acid transport  30.11 
 
 		 108 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0093  branched-chain amino acid transport  35.8 
 
 		 103 aa  56.2  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0403  branched-chain amino acid transport  30.11 
 
 		 108 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.661242 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2108  branched-chain amino acid transport  38.96 
 
 		 109 aa  52.4  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000343037 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1416  branched-chain amino acid transport  32.97 
 
 		 109 aa  52  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.456547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3607  branched-chain amino acid transport  48.21 
 
 		 99 aa  51.6  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.459125  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0512  hypothetical protein  26.88 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.700284  normal  0.0494056 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0460  branched-chain amino acid transport  31.73 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1047  hypothetical protein  32.91 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473278  normal  0.977869 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2937  branched-chain amino acid transport  31.65 
 
 		 107 aa  45.4  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00590698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3079  AzlD branched-chain amino acid transport  32.08 
 
 		 110 aa  44.7  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.900349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0975  branched-chain amino acid transport  31.37 
 
 		 112 aa  45.1  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00167089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2208  branched-chain amino acid transport  32.5 
 
 		 112 aa  43.9  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0507422  normal  0.484467 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0803  branched-chain amino acid transport  32.91 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769737  normal  0.181034 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0971  branched-chain amino acid transport  31.37 
 
 		 112 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00496866  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1380  branched-chain amino acid transport  29.67 
 
 		 119 aa  42.7  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.551237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2458  branched-chain amino acid transport  28.3 
 
 		 110 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.478648  normal  0.376832 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2569  branched-chain amino acid transport  30.53 
 
 		 95 aa  41.2  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3758  branched-chain amino acid transport  27.87 
 
 		 114 aa  41.6  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0489  branched-chain amino acid transport  27.4 
 
 		 107 aa  41.2  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0581449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0476  branched-chain amino acid transport  27.4 
 
 		 107 aa  41.6  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0257  branched-chain amino acid transport  30.19 
 
 		 107 aa  40.8  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.751249  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1690  hypothetical protein  27.88 
 
 		 113 aa  40.8  0.006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0542077  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4124  hypothetical protein  34.29 
 
 		 108 aa  40.4  0.008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>