More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2512 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2512  fatty acid metabolism regulator  100 
 
 		 249 aa  512  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000912913  normal  0.579868 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2689  fatty acid metabolism regulator  89.71 
 
 		 249 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000449481  normal  0.614012 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2174  fatty acid metabolism regulator  82.33 
 
 		 253 aa  433  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000030216  normal  0.0239474 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1924  fatty acid metabolism regulator  74.24 
 
 		 240 aa  363  2e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000876108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2438  fatty acid metabolism regulator  72.93 
 
 		 239 aa  358  5e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1635  fatty acid metabolism regulator  72.93 
 
 		 239 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000115144  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1743  fatty acid metabolism regulator  72.49 
 
 		 239 aa  355  2.9999999999999997e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2885  fatty acid metabolism regulator  72.49 
 
 		 240 aa  353  1e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1643  fatty acid metabolism regulator  72.05 
 
 		 241 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000083399  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1568  fatty acid metabolism regulator  72.05 
 
 		 241 aa  352  4e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000521117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1815  fatty acid metabolism regulator  72.05 
 
 		 238 aa  351  5.9999999999999994e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000126065  normal  0.682144 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1771  fatty acid metabolism regulator  72.05 
 
 		 238 aa  351  5.9999999999999994e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000343571  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1778  fatty acid metabolism regulator  72.05 
 
 		 238 aa  351  5.9999999999999994e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000719025  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1683  fatty acid metabolism regulator  72.05 
 
 		 238 aa  351  8e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000333704  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2507  fatty acid metabolism regulator  72.05 
 
 		 238 aa  350  8.999999999999999e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000437817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1635  fatty acid metabolism regulator  71.62 
 
 		 241 aa  348  4e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000615714  normal  0.0628183 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2794  fatty acid metabolism regulator  58.08 
 
 		 236 aa  288  6e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00556903  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2748  fatty acid metabolism regulator  56.33 
 
 		 239 aa  281  7.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000401699  decreased coverage  0.0000363622 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3488  fatty acid metabolism regulator  57.58 
 
 		 237 aa  278  5e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00186982  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01148  fatty acid metabolism regulator  55.02 
 
 		 236 aa  278  7e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0433911  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2244  fatty acid metabolism regulator  55.9 
 
 		 239 aa  277  1e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0118438  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1999  fatty acid metabolism regulator  55.02 
 
 		 239 aa  276  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00814717  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2363  fatty acid metabolism regulator  55.02 
 
 		 239 aa  276  2e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000339682  normal  0.326287 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2109  fatty acid metabolism regulator  55.02 
 
 		 239 aa  276  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109018  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01162  fatty acid metabolism regulator  56.77 
 
 		 239 aa  276  3e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000799515  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2461  fatty acid metabolism transcriptional regulator FadR  56.77 
 
 		 239 aa  276  3e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000004944  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2438  fatty acid metabolism regulator  56.77 
 
 		 239 aa  276  3e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000216625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1674  fatty acid metabolism regulator  56.77 
 
 		 239 aa  276  3e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000616517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1332  fatty acid metabolism regulator  56.77 
 
 		 239 aa  276  3e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000305633  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01172  hypothetical protein  56.77 
 
 		 239 aa  276  3e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000480756  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1345  fatty acid metabolism regulator  56.77 
 
 		 239 aa  276  3e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00238872  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1962  fatty acid metabolism regulator  56.77 
 
 		 239 aa  276  3e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1290  fatty acid metabolism regulator  56.77 
 
 		 239 aa  276  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000557847  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1328  fatty acid metabolism regulator  55.9 
 
 		 239 aa  275  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000224704  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2003  fatty acid metabolism regulator  55.9 
 
 		 239 aa  275  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1513  fatty acid metabolism regulator  55.9 
 
 		 239 aa  275  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1943  fatty acid metabolism regulator  55.9 
 
 		 239 aa  275  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0247778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1948  fatty acid metabolism regulator  55.46 
 
 		 239 aa  275  7e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00527579  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1947  fatty acid metabolism regulator  55.9 
 
 		 239 aa  275  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0438592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2365  fatty acid metabolism regulator  55.02 
 
 		 239 aa  273  2.0000000000000002e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000203201  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1983  fatty acid metabolism regulator  55.46 
 
 		 239 aa  271  7e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0199399  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2003  fatty acid metabolism regulator  54.59 
 
 		 239 aa  268  7e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000120819  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2147  fatty acid metabolism regulator  48.15 
 
 		 280 aa  236  3e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102966  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1490  fatty acid metabolism regulator  45.72 
 
 		 279 aa  235  4e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002979  transcriptional regulator for fatty acid degradation FadR GntR family  45.72 
 
 		 279 aa  227  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02929  fatty acid metabolism regulator  44.61 
 
 		 279 aa  226  3e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0623  fatty acid metabolism regulator  44.4 
 
 		 239 aa  223  3e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000168386  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1661  fatty acid metabolism regulator  45.85 
 
 		 236 aa  213  2.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0855025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0357  regulatory protein GntR HTH  39.82 
 
 		 235 aa  176  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000241267  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2617  regulatory protein GntR HTH  42.86 
 
 		 230 aa  161  8.000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5646  regulatory protein GntR HTH  35.64 
 
 		 227 aa  130  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2087  fatty acid responsive transcription factor FadR domain protein  32.16 
 
 		 233 aa  116  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30946e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2130  regulatory protein GntR HTH  33.33 
 
 		 233 aa  116  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0857174  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1066  transcriptional regulator NanR  28.89 
 
 		 251 aa  70.5  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.624285  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 249 aa  68.2  0.0000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 267 aa  67.4  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  27.27 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6769  regulatory protein GntR HTH  30.07 
 
 		 261 aa  65.1  0.0000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 240 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  29.63 
 
 		 237 aa  65.1  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  31.89 
 
 		 232 aa  63.9  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  30.92 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0539  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 247 aa  64.3  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  28.22 
 
 		 240 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  31.85 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  29.11 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7456  regulatory protein GntR HTH  40.24 
 
 		 237 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0768739  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2079  regulatory protein GntR HTH  25.46 
 
 		 249 aa  60.5  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.744782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  29.81 
 
 		 237 aa  61.2  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 239 aa  61.2  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  29.22 
 
 		 253 aa  60.8  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2757  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 239 aa  60.8  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.578268  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2247  GntR domain protein  26.32 
 
 		 242 aa  60.1  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3963  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 269 aa  60.1  0.00000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4324  GntR domain-containing protein  29.05 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.133049 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 242 aa  60.1  0.00000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  28.86 
 
 		 257 aa  59.3  0.00000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  31.87 
 
 		 258 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0101  GntR domain protein  31.87 
 
 		 258 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.87 
 
 		 258 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.87 
 
 		 258 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.87 
 
 		 258 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  31.87 
 
 		 258 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4197  GntR domain protein  29.3 
 
 		 246 aa  58.2  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.500456  normal  0.0807308 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  28.93 
 
 		 252 aa  58.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4977  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.87 
 
 		 258 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3521  transcriptional regulator NanR  27.22 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0118397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  28.66 
 
 		 227 aa  57.8  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  31.87 
 
 		 258 aa  58.5  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0480  regulatory protein GntR HTH  27.88 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.143431  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1645  putative regulatory protein  46.55 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1629  putative regulatory protein  46.55 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1795  putative regulatory protein  46.55 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0480  transcriptional regulator NanR  27.88 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.426599  normal  0.544762 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1712  putative regulatory protein  46.55 
 
 		 223 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0471  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.915136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0011  GntR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 249 aa  57.4  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1653  putative regulatory protein  46.55 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.989828 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>