More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2410 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 208 aa  434  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  73.53 
 
 		 205 aa  321  5e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  71.36 
 
 		 215 aa  313  1.9999999999999998e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  71.07 
 
 		 204 aa  292  3e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  65.35 
 
 		 208 aa  290  8e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  65.35 
 
 		 208 aa  290  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  65.35 
 
 		 208 aa  290  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  64.85 
 
 		 208 aa  288  4e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  67.16 
 
 		 227 aa  285  2.9999999999999996e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  70.05 
 
 		 204 aa  283  1.0000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  63.96 
 
 		 215 aa  272  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.7 
 
 		 212 aa  271  4.0000000000000004e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.9 
 
 		 212 aa  264  7e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  63.32 
 
 		 203 aa  263  1e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.74 
 
 		 229 aa  262  2e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.74 
 
 		 239 aa  262  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.25 
 
 		 229 aa  260  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.73 
 
 		 204 aa  250  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  59.79 
 
 		 222 aa  249  3e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.86 
 
 		 214 aa  248  5e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.97 
 
 		 218 aa  246  2e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.2 
 
 		 204 aa  245  3e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.79 
 
 		 208 aa  244  8e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.78 
 
 		 204 aa  239  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.39 
 
 		 219 aa  238  5e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.22 
 
 		 204 aa  237  8e-62  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.74 
 
 		 203 aa  194  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.21 
 
 		 204 aa  191  8e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.46 
 
 		 205 aa  190  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.46 
 
 		 205 aa  190  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.96 
 
 		 212 aa  188  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.94 
 
 		 203 aa  188  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  48.4 
 
 		 203 aa  188  5.999999999999999e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  45.45 
 
 		 205 aa  187  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  49.46 
 
 		 204 aa  186  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.95 
 
 		 212 aa  185  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.95 
 
 		 212 aa  185  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.74 
 
 		 204 aa  181  6e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  45.26 
 
 		 203 aa  179  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2125  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.25 
 
 		 203 aa  179  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.72 
 
 		 211 aa  168  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.85 
 
 		 201 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.22 
 
 		 203 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  42.72 
 
 		 208 aa  161  5.0000000000000005e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.45 
 
 		 199 aa  159  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.66 
 
 		 210 aa  155  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0479  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.65 
 
 		 159 aa  154  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.05 
 
 		 218 aa  151  7e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  41.54 
 
 		 218 aa  150  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.33 
 
 		 211 aa  149  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  42.35 
 
 		 221 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.57 
 
 		 565 aa  141  7e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  38.55 
 
 		 1433 aa  122  5e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  36.97 
 
 		 1407 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  34.02 
 
 		 921 aa  111  6e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  40 
 
 		 1367 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  40 
 
 		 1367 aa  110  1.0000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  36.53 
 
 		 168 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  38.86 
 
 		 1444 aa  109  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  35.98 
 
 		 1442 aa  108  6e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  36.81 
 
 		 170 aa  107  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  38.1 
 
 		 1449 aa  107  1e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  36.84 
 
 		 1449 aa  105  4e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  38.82 
 
 		 1433 aa  105  5e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  35.19 
 
 		 590 aa  105  6e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  38.82 
 
 		 1433 aa  105  6e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  37.65 
 
 		 1436 aa  104  7e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  38.6 
 
 		 1433 aa  105  7e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  38.82 
 
 		 1433 aa  105  7e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  38.82 
 
 		 1433 aa  105  7e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  38.82 
 
 		 1433 aa  105  7e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  38.82 
 
 		 1433 aa  105  7e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  42.41 
 
 		 1426 aa  104  8e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  38.24 
 
 		 970 aa  103  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  38.24 
 
 		 1433 aa  104  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  38.24 
 
 		 1433 aa  104  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  38.15 
 
 		 1435 aa  103  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2247  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 252 aa  103  2e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000477719  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  37.65 
 
 		 1438 aa  103  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  39.02 
 
 		 1388 aa  103  2e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  37.65 
 
 		 1438 aa  103  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  34.3 
 
 		 180 aa  103  3e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  32.52 
 
 		 1397 aa  102  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.8 
 
 		 453 aa  102  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.69 
 
 		 921 aa  102  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  38.92 
 
 		 1433 aa  101  9e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  35.5 
 
 		 239 aa  100  1e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.5 
 
 		 909 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.82 
 
 		 584 aa  100  2e-20  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.12 
 
 		 205 aa  100  2e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.82 
 
 		 769 aa  100  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  35.67 
 
 		 181 aa  99.4  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  40.59 
 
 		 616 aa  99.8  3e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  33.33 
 
 		 1402 aa  99.8  3e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0088  DNA polymerase III subunit alpha  34.31 
 
 		 235 aa  99  4e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  37.58 
 
 		 584 aa  99  4e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  36.84 
 
 		 299 aa  99.4  4e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.07 
 
 		 609 aa  97.4  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  39.52 
 
 		 1440 aa  97.4  1e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.67 
 
 		 462 aa  97.8  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>