184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2317 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2570  putative lipoprotein  74.41 
 
 
592 aa  937    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1907  hypothetical protein  68.97 
 
 
609 aa  881    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000056708  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2293  hypothetical protein  80.51 
 
 
591 aa  1007    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000993307  normal  0.679763 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2167  hypothetical protein  75.08 
 
 
596 aa  939    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.363343  normal  0.850087 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2244  hypothetical protein  74.83 
 
 
596 aa  939    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81668  normal  0.576675 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2151  hypothetical protein  71.38 
 
 
599 aa  904    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0849922  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2375  putative lipoprotein  75.08 
 
 
596 aa  942    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.151878  normal  0.0787288 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1717  putative lipoprotein  72.77 
 
 
595 aa  910    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.271095  normal  0.0681591 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2053  hypothetical protein  74.32 
 
 
590 aa  931    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.807252  hitchhiker  0.000853258 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2237  hypothetical protein  74.66 
 
 
590 aa  928    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000589696  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1990  hypothetical protein  74.16 
 
 
590 aa  925    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1935  hypothetical protein  78.38 
 
 
592 aa  975    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00034791  normal  0.013842 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1770  hypothetical protein  75.89 
 
 
590 aa  944    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.989562  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2334  protein of unknown function DUF885  74.32 
 
 
590 aa  931    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000423863  normal  0.0462508 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2005  hypothetical protein  74.49 
 
 
590 aa  932    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0461311  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2317  hypothetical protein  100 
 
 
592 aa  1225    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000037575  hitchhiker  0.00132048 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1237  protein of unknown function DUF885  32.77 
 
 
602 aa  322  1.9999999999999998e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.157803  normal  0.118959 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4531  hypothetical protein  32.18 
 
 
582 aa  294  3e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0197  protein of unknown function DUF885  32.76 
 
 
578 aa  282  2e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2949  hypothetical protein  29.61 
 
 
635 aa  271  2e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1952  hypothetical protein  28.77 
 
 
542 aa  263  4.999999999999999e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5817  hypothetical protein  27.98 
 
 
536 aa  237  4e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2188  protein of unknown function DUF885  27.76 
 
 
542 aa  227  6e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.667858 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0887  hypothetical protein  28.37 
 
 
554 aa  209  1e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0817  protein of unknown function DUF885  27.87 
 
 
548 aa  198  3e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0452595 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1976  protein of unknown function DUF885  27.04 
 
 
628 aa  185  2.0000000000000003e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0897671 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1385  hypothetical protein  26.36 
 
 
575 aa  138  4e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0417  protein of unknown function DUF885  26.25 
 
 
581 aa  125  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.974704 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2501  putative lipoprotein  25.81 
 
 
540 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.137553 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1130  hypothetical protein  23.36 
 
 
613 aa  109  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0221143  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1391  protein of unknown function DUF885  25.1 
 
 
583 aa  108  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02708  hypothetical protein  22.53 
 
 
617 aa  105  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2107  hypothetical protein  22.28 
 
 
554 aa  104  6e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.688349  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0683  hypothetical protein  25 
 
 
502 aa  102  1e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1181  putative secreted protein  27.27 
 
 
506 aa  101  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.869398 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5177  protein of unknown function DUF885  23.99 
 
 
543 aa  100  6e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1186  hypothetical protein  22.33 
 
 
615 aa  100  7e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.439347  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4171  hypothetical protein  25.47 
 
 
496 aa  100  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0258196  normal  0.693173 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4353  hypothetical protein  23.09 
 
 
603 aa  99.8  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0045  hypothetical protein  23.04 
 
 
603 aa  98.2  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.227814  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0473  protein of unknown function DUF885  24.93 
 
 
522 aa  98.2  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1257  hypothetical protein  22 
 
 
615 aa  98.2  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0275437  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1187  hypothetical protein  22.17 
 
 
615 aa  98.2  4e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4495  hypothetical protein  22.88 
 
 
603 aa  97.8  5e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.340398 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4298  protein of unknown function DUF885  22.88 
 
 
603 aa  97.1  8e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000426014 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3915  hypothetical protein  23.44 
 
 
603 aa  96.3  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.490464  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1331  protein of unknown function DUF885  22.38 
 
 
616 aa  94.7  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000481618  hitchhiker  0.000370472 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1225  hypothetical protein  21.55 
 
 
613 aa  94.7  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000182029  normal  0.162619 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1120  hypothetical protein  22.28 
 
 
627 aa  94.4  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.235834  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0052  hypothetical protein  22.98 
 
 
591 aa  93.2  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0722154 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3032  hypothetical protein  22.07 
 
 
616 aa  93.2  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.913985  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3190  hypothetical protein  22.07 
 
 
616 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000502664  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3047  hypothetical protein  21.91 
 
 
616 aa  91.3  5e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000223999  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2185  putative lipoprotein  20.52 
 
 
617 aa  89.4  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0983749  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2484  hypothetical protein  21.79 
 
 
625 aa  89  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.129536  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1325  hypothetical protein  21.68 
 
 
614 aa  88.2  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0980607 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2867  hypothetical protein  22.48 
 
 
618 aa  88.6  3e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000160677  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2688  hypothetical protein  23.9 
 
 
607 aa  87.4  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.20701  unclonable  0.0000515921 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2645  hypothetical protein  22.32 
 
 
610 aa  87.4  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.301133  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2796  hypothetical protein  23.9 
 
 
607 aa  87.4  7e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.356922 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0679  hypothetical protein  25.36 
 
 
605 aa  87  8e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.269087 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2621  hypothetical protein  23.9 
 
 
607 aa  87  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00640783 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2418  hypothetical protein  27.59 
 
 
607 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.562363  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3722  hypothetical protein  24.13 
 
 
594 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.241744 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1578  hypothetical protein  23.42 
 
 
616 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.222544  normal  0.140348 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3361  hypothetical protein  21.81 
 
 
615 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4118  hypothetical protein  21.72 
 
 
601 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2694  hypothetical protein  21.3 
 
 
628 aa  84.7  0.000000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.290043  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0497  protein of unknown function DUF885  22.81 
 
 
587 aa  84  0.000000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.362585  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2692  hypothetical protein  22.48 
 
 
624 aa  83.6  0.000000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000199463  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3972  hypothetical protein  24.51 
 
 
544 aa  83.6  0.000000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.220987  normal  0.634668 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1979  protein of unknown function DUF885  24.64 
 
 
592 aa  83.6  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3913  hypothetical protein  21.52 
 
 
601 aa  83.2  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.10642 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1390  hypothetical protein  25.85 
 
 
609 aa  83.2  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.342186  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01796  hypothetical protein  22.13 
 
 
629 aa  82  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.378298  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4005  hypothetical protein  21.75 
 
 
601 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.846919 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1367  hypothetical protein  23.51 
 
 
614 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3072  hypothetical protein  22.99 
 
 
616 aa  82  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000286308  hitchhiker  0.000500018 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3964  hypothetical protein  30.18 
 
 
621 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2922  protein of unknown function DUF885  29.44 
 
 
646 aa  81.6  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.799276  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1492  hypothetical protein  24.32 
 
 
628 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000165722  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3262  hypothetical protein  25.8 
 
 
611 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.744492 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1261  hypothetical protein  21.71 
 
 
609 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000229182 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4234  hypothetical protein  24.43 
 
 
608 aa  80.1  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.66689  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2356  hypothetical protein  23.7 
 
 
619 aa  80.1  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.805345  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1501  hypothetical protein  23.55 
 
 
614 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3456  hypothetical protein  27.04 
 
 
605 aa  79.3  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.203936  normal  0.029844 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1831  hypothetical protein  27.46 
 
 
609 aa  79  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3398  hypothetical protein  30.64 
 
 
610 aa  78.6  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.15376 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2457  hypothetical protein  29.32 
 
 
609 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000006339 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2527  hypothetical protein  29.32 
 
 
609 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.219284  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2619  hypothetical protein  29.32 
 
 
611 aa  79  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000485801 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08886  hypothetical protein  25.77 
 
 
602 aa  78.6  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0383418  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1632  hypothetical protein  22.33 
 
 
609 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0345608  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1470  hypothetical protein  24 
 
 
614 aa  77.8  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.380517  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1524  hypothetical protein  28.8 
 
 
609 aa  77.8  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1465  hypothetical protein  23.26 
 
 
614 aa  77.4  0.0000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0094  hypothetical protein  28.82 
 
 
635 aa  77.4  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1934  hypothetical protein  22.75 
 
 
628 aa  77.4  0.0000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.188591  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0095  hypothetical protein  28.82 
 
 
635 aa  77  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>