114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2278 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2278  porin  100 
 
 
346 aa  709  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.134296  normal  0.609479 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2092  porin  76.3 
 
 
346 aa  546  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.078027  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1973  porin  69.36 
 
 
349 aa  518  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.629836  normal  0.321076 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1420  outer membrane porin, putative  67.25 
 
 
345 aa  470  1e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2403  outer membrane porin, putative  61.85 
 
 
351 aa  425  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.987816  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0590  porin  40.56 
 
 
354 aa  228  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0124003  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3252  porin  39.33 
 
 
352 aa  223  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.45814e-07  normal  0.417141 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0545  outer membrane porin, putative  38.89 
 
 
355 aa  223  5e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00179021  hitchhiker  0.00341076 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4008  porin  39.89 
 
 
354 aa  222  8e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  2.96209e-05  hitchhiker  5.99213e-08 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0815  porin Gram-negative type  39.89 
 
 
354 aa  220  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00496289  hitchhiker  1.46698e-10 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0822  porin  39.94 
 
 
354 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0441851  normal  0.422579 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3569  porin  39.66 
 
 
354 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136982  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0790  porin  39.04 
 
 
354 aa  217  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  4.1631e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0734  porin  39.17 
 
 
354 aa  214  2e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  4.94692e-05  decreased coverage  3.62774e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0589  porin  37.22 
 
 
344 aa  208  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  4.86852e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3260  porin  38.42 
 
 
342 aa  206  4e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.38522e-07  normal  0.0127606 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3239  outer membrane porin, putative  39.17 
 
 
338 aa  206  6e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.922918 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3227  outer membrane porin, putative  37.4 
 
 
354 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000101033  hitchhiker  5.40368e-07 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0503  porin  37.22 
 
 
347 aa  202  8e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00290192  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0762  outer membrane porin, putative  36.64 
 
 
354 aa  201  2e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  4.57647e-05  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2587  porin  34.44 
 
 
351 aa  199  6e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4009  porin  37.31 
 
 
342 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.45606e-07  unclonable  1.65223e-10 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0781  porin  35.97 
 
 
353 aa  189  5e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  2.1464e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2749  porin  35.18 
 
 
372 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2681  porin  35.38 
 
 
347 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.201946  normal  0.861695 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4151  porin  35.99 
 
 
348 aa  186  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.241214 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0789  porin  35.1 
 
 
346 aa  186  5e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  1.29455e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3228  porin  34.96 
 
 
356 aa  182  6e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  2.70281e-08  hitchhiker  4.79229e-07 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4152  porin  34.64 
 
 
342 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0544389  normal  0.155829 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0544  outer membrane porin, putative  35.36 
 
 
361 aa  181  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.69892e-08  normal  0.0120764 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0761  porin  33.52 
 
 
353 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.31419e-06  unclonable  2.51685e-05 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0814  porin Gram-negative type  34.43 
 
 
354 aa  174  1e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  4.9607e-08  unclonable  3.54557e-12 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3570  porin  34.43 
 
 
354 aa  174  1e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.55579e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0821  porin  34.31 
 
 
365 aa  173  4e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.36075e-07  normal  0.264016 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3896  outer membrane porin, putative  34.29 
 
 
369 aa  173  4e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0733  porin  33.33 
 
 
359 aa  172  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.51944e-08  decreased coverage  3.18488e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0811  outer membrane porin, putative  30.23 
 
 
342 aa  151  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2769  porin  29.05 
 
 
314 aa  129  7e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0218371  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1073  porin  32.42 
 
 
308 aa  129  1e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147353  normal  0.297004 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1363  porin  32.33 
 
 
314 aa  127  2e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0264795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1402  porin  32.33 
 
 
314 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.0236539 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1377  porin  32.02 
 
 
314 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000151109  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2982  porin Gram-negative type  32.73 
 
 
313 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000345498  hitchhiker  0.00128876 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2778  porin  31.83 
 
 
314 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  2.03454e-06  decreased coverage  0.000224903 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2970  porin  29.13 
 
 
316 aa  124  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00088463  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2880  porin  31.83 
 
 
314 aa  124  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.45677e-07  hitchhiker  6.46129e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2710  porin  31.53 
 
 
314 aa  123  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.6835e-06  hitchhiker  1.68324e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3304  porin  29.48 
 
 
314 aa  122  9e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  8.71207e-05  hitchhiker  1.30468e-06 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1295  porin  30.48 
 
 
316 aa  120  5e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.7597e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1206  putative outer membrane porin  26.47 
 
 
340 aa  118  2e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2750  porin  29.85 
 
 
316 aa  117  2e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.9899e-06  unclonable  3.82336e-06 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3454  porin  29.94 
 
 
315 aa  117  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0284932  hitchhiker  0.000170236 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2690  porin  26.43 
 
 
317 aa  114  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  4.91313e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1557  outer membrane porin, putative  26.92 
 
 
321 aa  109  8e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3750  outer membrane protein (porin)  28.79 
 
 
302 aa  95.1  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.817752 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2784  putative porin  26.71 
 
 
339 aa  66.6  6e-10  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  6.3685e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0022  porin Gram-negative type  29.13 
 
 
342 aa  63.9  4e-09  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.561527  normal  0.116595 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0464  porin  22.61 
 
 
345 aa  58.9  1e-07  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  9.37994e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0448  outer membrane protein (porin)  25.54 
 
 
362 aa  57  4e-07  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  2.07768e-05  normal  0.425074 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1294  outer membrane porin  24.77 
 
 
384 aa  56.6  6e-07  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1034  putative outer membrane porin  24.77 
 
 
384 aa  56.6  6e-07  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1374  outer membrane porin  24.77 
 
 
384 aa  56.6  6e-07  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0533  putative outer membrane porin  24.77 
 
 
384 aa  56.6  6e-07  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2546  outer membrane porin  24.77 
 
 
384 aa  56.6  6e-07  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0263  putative outer membrane porin  24.77 
 
 
384 aa  56.6  6e-07  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1286  putative outer membrane porin  24.77 
 
 
384 aa  56.6  6e-07  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1454  outer membrane porin OpcP  25.77 
 
 
414 aa  55.8  9e-07  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.176502  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4283  porin  22.91 
 
 
380 aa  53.1  8e-06  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0748908  normal  0.344647 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2679  putative outer membrane protein (porin)  25.5 
 
 
394 aa  51.6  2e-05  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1642  porin  25.6 
 
 
365 aa  51.2  2e-05  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  8.69717e-14  unclonable  1.25637e-06 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1671  porin  23.38 
 
 
363 aa  50.4  4e-05  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  4.74529e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1877  porin  27.63 
 
 
361 aa  50.1  5e-05  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  5.0808e-06  unclonable  8.17359e-05 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1679  outer membrane protein (porin)  23.4 
 
 
380 aa  48.9  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.537554  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3032  porin Gram-negative type  23.88 
 
 
336 aa  48.5  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0983473  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3484  porin  30.48 
 
 
357 aa  48.1  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000221125 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0773  outer membrane protein (porin)  27.04 
 
 
333 aa  48.1  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  1.36886e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3751  porin  23.6 
 
 
336 aa  47.4  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2846  outer membrane protein (porin)  22.71 
 
 
383 aa  47  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.42536 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3254  porin  28.93 
 
 
406 aa  46.2  0.0008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.238701  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5697  porin  23.83 
 
 
384 aa  46.2  0.0008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00705206 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4103  porin  28.93 
 
 
406 aa  46.2  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0297241  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4263  porin  28.93 
 
 
406 aa  46.2  0.0008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  normal  0.182769 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3761  porin  23.83 
 
 
384 aa  46.2  0.0008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192618  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4607  porin  23.83 
 
 
384 aa  46.2  0.0008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.192363  normal  0.0218853 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1003  porin  25.86 
 
 
383 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000241018  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1891  porin  28.32 
 
 
349 aa  45.8  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0840152  normal  0.0627255 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0130  outer membrane porin protein  23.75 
 
 
326 aa  45.8  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0258844  normal  0.0261696 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2793  porin  30.09 
 
 
350 aa  45.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3194  porin  21.79 
 
 
380 aa  45.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.809666  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0599  putative outer membrane porin  21.53 
 
 
384 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0869  putative outer membrane porin  21.53 
 
 
384 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2331  outer membrane porin OpcP  21.53 
 
 
384 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1836  putative outer membrane porin  21.53 
 
 
384 aa  44.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0345511  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1029  outer membrane porin  21.53 
 
 
384 aa  44.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1795  OmpC family outer membrane porin  30.17 
 
 
399 aa  45.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.234435  hitchhiker  0.000102374 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1240  porin  27.62 
 
 
386 aa  44.3  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.382217  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  26.61 
 
 
357 aa  44.3  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0061  OmpC family outer membrane porin  22.8 
 
 
379 aa  44.3  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1266  porin  27.62 
 
 
386 aa  44.3  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.162269 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  27.62 
 
 
386 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>