More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2117 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2494  MATE efflux family protein  89.87 
 
 		 458 aa  832    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121522  hitchhiker  0.0012501 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2037  MATE efflux family protein  82.43 
 
 		 461 aa  715    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.01185  hitchhiker  0.00138183 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2295  MATE efflux family protein  80.41 
 
 		 459 aa  703    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2334  MATE efflux family protein  80.72 
 
 		 459 aa  709    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0215455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2226  MATE efflux family protein  80.72 
 
 		 459 aa  709    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00326481  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2021  MATE efflux family protein  77.95 
 
 		 459 aa  703    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.068877  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2144  MATE efflux family protein  80.94 
 
 		 459 aa  711    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00844779  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2268  MATE efflux family protein  84.29 
 
 		 452 aa  782    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.012169  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1702  MATE efflux family protein  77.35 
 
 		 453 aa  677    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.125502  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2180  MATE efflux family protein  80.94 
 
 		 459 aa  708    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0347307  hitchhiker  0.00809884 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1951  MATE efflux family protein  79.82 
 
 		 459 aa  706    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000663691  normal  0.290024 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2025  MATE efflux family protein  79.6 
 
 		 459 aa  704    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0331062  normal  0.321717 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2031  MATE efflux family protein  76.33 
 
 		 453 aa  664    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2039  MATE efflux family protein  79.6 
 
 		 459 aa  704    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.017072  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2117  MATE efflux family protein  100 
 
 		 458 aa  919    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0110658  normal  0.0465778 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1761  MATE efflux family protein  78.65 
 
 		 453 aa  704    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.129666  normal  0.0637882 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1382  multidrug efflux protein  53.48 
 
 		 460 aa  472  1e-132  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.13512  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1783  multidrug efflux protein  52.81 
 
 		 457 aa  471  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00383484 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2579  multidrug efflux protein  51.46 
 
 		 457 aa  460  9.999999999999999e-129  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.966509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1750  multidrug efflux protein  51.46 
 
 		 457 aa  461  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000919244  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1856  multidrug efflux protein  51.46 
 
 		 457 aa  460  9.999999999999999e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.372072  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1558  multidrug efflux protein  53.26 
 
 		 457 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.554893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1918  multidrug efflux protein  53.26 
 
 		 457 aa  456  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00462926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1535  multidrug efflux protein  53.26 
 
 		 457 aa  455  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2189  multidrug efflux protein  51.57 
 
 		 458 aa  455  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00321419  hitchhiker  0.00000631963 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01634  multidrug efflux protein NorM  52.81 
 
 		 457 aa  451  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.900215  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01624  hypothetical protein  52.81 
 
 		 457 aa  451  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1743  multidrug efflux protein  52.81 
 
 		 457 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000609014  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1966  multidrug efflux protein  52.81 
 
 		 457 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000267108 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1521  multidrug efflux protein  53.03 
 
 		 457 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0251273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1749  multidrug efflux protein  53.03 
 
 		 457 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000456858  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2376  multidrug efflux protein  52.81 
 
 		 457 aa  452  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000568736  normal  0.0171948 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1680  multidrug efflux protein  51.01 
 
 		 457 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02236  multidrug efflux protein  51.13 
 
 		 456 aa  453  1.0000000000000001e-126  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1977  MATE efflux family protein  52.81 
 
 		 457 aa  451  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000001739  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1534  multidrug efflux protein  52.81 
 
 		 457 aa  451  1e-125  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00445038  hitchhiker  0.00117159 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1861  multidrug efflux protein  52.81 
 
 		 457 aa  451  1e-125  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000216071  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1877  multidrug efflux protein  52.81 
 
 		 457 aa  451  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000154294  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2915  multidrug resistance protein NorM  51.46 
 
 		 472 aa  446  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003524  multidrug efflux protein NorM  49.32 
 
 		 456 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2675  multidrug efflux protein  50.34 
 
 		 457 aa  443  1e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2346  MATE efflux family protein  49.55 
 
 		 460 aa  438  9.999999999999999e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458496 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2391  multidrug efflux protein  50.34 
 
 		 457 aa  435  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.346064  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1146  multidrug efflux protein  49.34 
 
 		 461 aa  437  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.292586  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1712  multidrug efflux protein  49.22 
 
 		 457 aa  437  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2538  MATE efflux family protein  50.34 
 
 		 454 aa  424  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3887  multi anti extrusion protein MatE  45.45 
 
 		 466 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0845713 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0811  multidrug efflux protein  48.42 
 
 		 425 aa  383  1e-105  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02164  multidrug efflux protein NorA  44.07 
 
 		 457 aa  378  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4023  putative transporter  44.44 
 
 		 477 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343891  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46680  putative transporter  44.44 
 
 		 477 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.013844  hitchhiker  0.0000129498 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0260  MATE efflux family protein  44.72 
 
 		 478 aa  372  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1277  MATE efflux family protein  43.91 
 
 		 480 aa  369  1e-101  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1907  MATE efflux family protein  45.56 
 
 		 457 aa  365  1e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0742597  normal  0.100602 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2403  MATE efflux family protein  43.96 
 
 		 475 aa  356  3.9999999999999996e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2247  Na+-driven multidrug efflux pump  43.09 
 
 		 464 aa  356  5e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29880  Multidrug efflux protein  44.29 
 
 		 459 aa  354  2e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.613777  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1356  MATE efflux family protein  39.57 
 
 		 461 aa  332  1e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1166  MATE efflux family protein  39.86 
 
 		 455 aa  303  4.0000000000000003e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0236579  normal  0.0144354 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2036  MATE efflux family protein  39.37 
 
 		 464 aa  303  5.000000000000001e-81  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000288761  decreased coverage  0.0000000485587 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1225  multidrug efflux pump, NorM, MATE family  39.41 
 
 		 455 aa  300  5e-80  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000329619  normal  0.0233556 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1856  multidrug efflux protein  36.93 
 
 		 455 aa  297  3e-79  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.30191  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1472  multidrug efflux protein  36.4 
 
 		 453 aa  296  4e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1295  multidrug efflux protein  36.4 
 
 		 453 aa  296  4e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0578421  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1402  multidrug efflux protein  36.4 
 
 		 453 aa  296  4e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1501  multidrug efflux protein  36.18 
 
 		 454 aa  295  1e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1656  MATE efflux family protein  38.84 
 
 		 456 aa  295  1e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.737178  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1267  multidrug efflux protein  36.18 
 
 		 453 aa  295  1e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1304  multidrug efflux protein  37.08 
 
 		 452 aa  290  3e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2909  multidrug efflux protein  37.24 
 
 		 449 aa  290  4e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000144905  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1269  multidrug efflux protein  36.18 
 
 		 453 aa  285  8e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.801506  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1109  multidrug efflux protein  36.08 
 
 		 452 aa  285  8e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.654532  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3909  multidrug efflux protein  36.04 
 
 		 452 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1435  multidrug efflux protein  35.81 
 
 		 452 aa  282  1e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.602082  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1541  multidrug efflux protein  36.18 
 
 		 453 aa  277  2e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.1514  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3598  multidrug efflux protein  37.53 
 
 		 454 aa  271  2e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2429  multidrug efflux protein  35.21 
 
 		 455 aa  261  2e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0387  multidrug efflux protein  33.49 
 
 		 457 aa  249  8e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0273741  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3309  MATE efflux family protein  35.79 
 
 		 479 aa  248  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04042  multidrug efflux protein  34.49 
 
 		 441 aa  244  3e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1313  Na+-driven multidrug efflux pump  32.04 
 
 		 449 aa  233  8.000000000000001e-60  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0190769  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2146  multidrug efflux protein  32.81 
 
 		 453 aa  229  7e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2236  multidrug efflux protein  32.58 
 
 		 453 aa  229  1e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2122  multi anti extrusion protein MatE  32.79 
 
 		 450 aa  217  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000217461  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6244  MATE efflux family protein  32.65 
 
 		 450 aa  217  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.813306  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1835  MATE efflux family protein  32.65 
 
 		 450 aa  217  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.967793  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1746  MATE efflux family protein  31.21 
 
 		 451 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.325105  normal  0.141964 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1115  MATE efflux family protein  30.27 
 
 		 448 aa  215  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000487521  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1224  MATE efflux family protein  31.66 
 
 		 446 aa  214  1.9999999999999998e-54  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000144559  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2369  MATE family protein  30.73 
 
 		 459 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151607  normal  0.213094 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09173  MATE efflux family protein  31.89 
 
 		 457 aa  213  5.999999999999999e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5136  multi anti extrusion protein MatE  31.97 
 
 		 453 aa  212  9e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.114978  normal  0.944792 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1859  MATE efflux family protein  32.43 
 
 		 450 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0763838  normal  0.0423968 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1023  MATE efflux family protein  31.55 
 
 		 448 aa  208  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00302987  normal  0.449754 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1279  putative inner membrane transmembrane protein  30.3 
 
 		 459 aa  204  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0284384  normal  0.285043 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1438  MATE efflux family protein  31.64 
 
 		 453 aa  204  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.805906  hitchhiker  0.00501053 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3585  MATE efflux family protein  30.59 
 
 		 472 aa  203  5e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1773  MATE efflux family protein  31.45 
 
 		 451 aa  203  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1180  inner membrane transmembrane protein  31.37 
 
 		 448 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000781542  normal  0.19952 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0945  MATE efflux family protein  29.84 
 
 		 453 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.228244  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>