More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2077 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  100 
 
 		 343 aa  702    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  71.14 
 
 		 347 aa  513  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2040  diguanylate cyclase  67.54 
 
 		 347 aa  504  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.405567  normal  0.0142229 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  61.81 
 
 		 350 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  63.75 
 
 		 368 aa  430  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  61.63 
 
 		 342 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  61.63 
 
 		 342 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  61.63 
 
 		 342 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  61.52 
 
 		 342 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  60.3 
 
 		 342 aa  419  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1872  diguanylate cyclase  60.3 
 
 		 342 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.97558 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2049  GGDEF family protein  61.13 
 
 		 319 aa  411  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1927  diguanylate cyclase  55.59 
 
 		 340 aa  383  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0449945  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2102  diguanylate cyclase  60.47 
 
 		 308 aa  377  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.307021  normal  0.599711 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1878  GGDEF domain-containing protein  53.33 
 
 		 339 aa  371  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  52.2 
 
 		 355 aa  344  1e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 351 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  34.82 
 
 		 355 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  35.17 
 
 		 328 aa  189  5.999999999999999e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  34.29 
 
 		 355 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  33.97 
 
 		 355 aa  186  5e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 352 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3254  diguanylate cyclase  32.14 
 
 		 351 aa  186  7e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00411067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  33.87 
 
 		 355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 354 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  34.53 
 
 		 354 aa  182  8.000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1264  diguanylate cyclase  33.63 
 
 		 355 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.196717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4332  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 353 aa  178  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.338226 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  32.44 
 
 		 353 aa  176  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  32.29 
 
 		 350 aa  171  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  31.38 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000797  GGDEF family protein  31.82 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06694  hypothetical protein  31.52 
 
 		 337 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4463  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 372 aa  164  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 349 aa  162  7e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 340 aa  162  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4352  diguanylate cyclase  31.37 
 
 		 369 aa  160  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.560351 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2395  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 359 aa  161  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.423308  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 341 aa  161  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2197  GGDEF family protein  30.75 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 341 aa  160  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3983  diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 369 aa  160  4e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.349216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0283  GGDEF family protein  31.95 
 
 		 339 aa  157  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.286485  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 341 aa  156  4e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2198  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 341 aa  156  4e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.83837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2275  diguanylate cyclase  30.33 
 
 		 341 aa  156  4e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  30 
 
 		 352 aa  155  1e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  31.21 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  44.21 
 
 		 460 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2408  diguanylate cyclase  30.68 
 
 		 341 aa  154  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.62942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0998  diguanylate cyclase  30.65 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.660105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 466 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 343 aa  153  5e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  30.27 
 
 		 341 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  32.2 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  27.16 
 
 		 360 aa  150  5e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0820  GGDEF domain-containing protein  33.12 
 
 		 333 aa  149  6e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  30.12 
 
 		 504 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  30.27 
 
 		 341 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1795  diguanylate cyclase  30.18 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  30.09 
 
 		 352 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2001  GGDEF family protein  29.74 
 
 		 347 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0435343  normal  0.378089 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 574 aa  144  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2827  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 348 aa  143  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  34.62 
 
 		 518 aa  142  9e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  27.1 
 
 		 352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.9 
 
 		 820 aa  140  3e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  35.22 
 
 		 565 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  45.73 
 
 		 454 aa  140  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 502 aa  139  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  36.33 
 
 		 464 aa  139  7.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  35.95 
 
 		 460 aa  139  7.999999999999999e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  26.79 
 
 		 352 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0747  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 508 aa  139  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  44.38 
 
 		 477 aa  138  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.18 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 559 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  28.21 
 
 		 355 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0985  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 508 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1243  diguanylate cyclase  33.2 
 
 		 419 aa  136  5e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  28.87 
 
 		 341 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.31 
 
 		 325 aa  135  8e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3185  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 347 aa  135  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.106755  normal  0.0939676 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 583 aa  135  9e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 510 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  45.51 
 
 		 457 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.13 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 360 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 510 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 510 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 517 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  35.19 
 
 		 714 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 362 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  27.9 
 
 		 355 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  42.27 
 
 		 565 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  35.77 
 
 		 384 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  43.26 
 
 		 506 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>