113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2059 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2059  hypothetical protein  100 
 
 		 509 aa  1069    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0409241  normal  0.0351139 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1708  hypothetical protein  80.35 
 
 		 509 aa  879    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.718334  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0425  All-trans-retinol 13,14-reductase  33.14 
 
 		 511 aa  270  7e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0436  All-trans-retinol 13,14-reductase  33.14 
 
 		 511 aa  268  1e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.601478 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1174  All-trans-retinol 13,14-reductase  31.96 
 
 		 522 aa  258  2e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2032  FAD dependent oxidoreductase  32.55 
 
 		 520 aa  251  2e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.756687 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3011  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.51 
 
 		 544 aa  124  3e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4146  All-trans-retinol 13,14-reductase  23.22 
 
 		 562 aa  120  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.559453  decreased coverage  0.00452261 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0318  FAD dependent oxidoreductase  21.53 
 
 		 547 aa  113  9e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09643  hypothetical protein  22.56 
 
 		 535 aa  110  6e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0783431  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1874  All-trans-retinol 13,14-reductase  22.56 
 
 		 501 aa  92  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1898  hypothetical protein  24.95 
 
 		 511 aa  89.4  1e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.405447  normal  0.754346 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_10011  putative carotenoid isomerase  21.73 
 
 		 520 aa  89.4  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.243247 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05841  putative carotenoid isomerase  22.37 
 
 		 516 aa  89  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.515676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2254  carotene isomerase  23.11 
 
 		 506 aa  87.4  6e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000347702 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0845  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  23.32 
 
 		 740 aa  86.7  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2665  putative phytoene dehydrogenase  22.03 
 
 		 495 aa  85.5  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0577  All-trans-retinol 13,14-reductase  24.57 
 
 		 542 aa  83.6  0.000000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2330  carotene isomerase  21.6 
 
 		 508 aa  83.6  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3112  FAD dependent oxidoreductase  24.1 
 
 		 506 aa  83.2  0.000000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.270711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2192  FAD dependent oxidoreductase  22.43 
 
 		 532 aa  82.8  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.285502 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14681  putative carotenoid isomerase  22.03 
 
 		 520 aa  82.4  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.314761  normal  0.880307 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0405  amine oxidase  23.66 
 
 		 711 aa  82.4  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0201487  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7528  putative phytoene dehydrogenase and related proteins  21.65 
 
 		 708 aa  81.3  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1308  carotene isomerase  23.45 
 
 		 512 aa  80.1  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1336  carotene isomerase  23.45 
 
 		 512 aa  80.1  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0735245  hitchhiker  0.00100943 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2672  amine oxidase  21.27 
 
 		 513 aa  78.2  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3602  FAD dependent oxidoreductase  23.9 
 
 		 497 aa  77.4  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0760  FAD dependent oxidoreductase  24.4 
 
 		 503 aa  77.4  0.0000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.522072 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0636  putative carotenoid isomerase  22.03 
 
 		 520 aa  76.6  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3278  FAD dependent oxidoreductase  21.73 
 
 		 502 aa  76.3  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.312837 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0345  phytoene dehydrogenase  21.63 
 
 		 509 aa  75.9  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03741  phytoene dehydrogenase  22.16 
 
 		 509 aa  75.5  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1053  all-trans-retinol 13,14-reductase  21.65 
 
 		 501 aa  75.5  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0671242 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5970  FAD dependent oxidoreductase  20.7 
 
 		 534 aa  75.9  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.633554  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0096  FAD dependent oxidoreductase  24.02 
 
 		 722 aa  75.1  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.490674 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2151  amine oxidase  22.9 
 
 		 508 aa  74.7  0.000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3632  FAD dependent oxidoreductase  23.12 
 
 		 506 aa  74.7  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2512  FAD dependent oxidoreductase  23.71 
 
 		 497 aa  73.9  0.000000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.224928  normal  0.507466 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03731  hypothetical protein  22.09 
 
 		 938 aa  73.6  0.000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.968761 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03711  phytoene dehydrogenase  21.74 
 
 		 509 aa  73.2  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1423  carotenoid isomerase  21.85 
 
 		 518 aa  72  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1681  carotenoid isomerase  21.39 
 
 		 518 aa  72.4  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.157771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1077  all-trans-retinol 13,14-reductase  20.42 
 
 		 505 aa  72.4  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03701  phytoene dehydrogenase  21.58 
 
 		 509 aa  70.5  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0640229  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1246  carotene isomerase  23.51 
 
 		 504 aa  70.1  0.00000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0706  FAD dependent oxidoreductase  22.47 
 
 		 717 aa  70.1  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0874  amine oxidase  21.65 
 
 		 503 aa  68.2  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0766  amine oxidase  23.27 
 
 		 522 aa  68.6  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2105  FAD dependent oxidoreductase  21.51 
 
 		 554 aa  67.4  0.0000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0626  carotenoid isomerase, putative  21.64 
 
 		 507 aa  65.9  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1711  FAD dependent oxidoreductase  21.76 
 
 		 501 aa  65.9  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000831031  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0811  phytoene dehydrogenase  21.75 
 
 		 523 aa  65.1  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0324739  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_715  FAD dependent oxidoreductase  21.67 
 
 		 500 aa  65.1  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1701  amine oxidase  23.31 
 
 		 503 aa  65.1  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00066646 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1126  putative carotenoid isomerase  20.12 
 
 		 514 aa  64.3  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.777729  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2065  FAD dependent oxidoreductase  22.88 
 
 		 484 aa  64.7  0.000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_12111  hypothetical protein  22.73 
 
 		 509 aa  64.7  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_45243  carotenoid isomerase  21.43 
 
 		 598 aa  64.7  0.000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0755538  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0761  hypothetical protein  22.94 
 
 		 510 aa  63.9  0.000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1069  FAD dependent oxidoreductase  20.37 
 
 		 496 aa  63.9  0.000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.302171  hitchhiker  0.00376489 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12061  putative carotenoid isomerase  21.48 
 
 		 514 aa  63.9  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.809432  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39472  predicted protein  25.2 
 
 		 645 aa  63.9  0.000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000845209  normal  0.555705 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0871  amine oxidase  26.2 
 
 		 512 aa  62.8  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.598168  normal  0.0715769 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_54800  carotenoid isomerase-like protein  18.28 
 
 		 923 aa  62.8  0.00000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0759229  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12211  putative carotenoid isomerase  20 
 
 		 514 aa  62.4  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1607  FAD dependent oxidoreductase  22.2 
 
 		 510 aa  61.6  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1995  All-trans-retinol 13,14-reductase  20.34 
 
 		 499 aa  61.6  0.00000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12221  putative carotenoid isomerase  20 
 
 		 514 aa  61.2  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0489  hypothetical protein  22.33 
 
 		 509 aa  60.8  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2002  FAD dependent oxidoreductase  20.2 
 
 		 510 aa  60.5  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32217  predicted protein  20.41 
 
 		 504 aa  60.1  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.340213  normal  0.0518556 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3286  FAD dependent oxidoreductase  20.3 
 
 		 488 aa  58.5  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.370539 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1209  conserved hypothetical protein, FAD-binding domain protein  22.03 
 
 		 502 aa  59.3  0.0000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1841  FAD dependent oxidoreductase  21.56 
 
 		 512 aa  57.4  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1723  carotene isomerase  23.38 
 
 		 516 aa  57  0.0000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0731  phytoene dehydrogenase and related protein-like protein  20.35 
 
 		 500 aa  56.6  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.444322  n/a   
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4578  FAD dependent oxidoreductase  25.08 
 
 		 512 aa  56.2  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0346  amine oxidase  20.76 
 
 		 494 aa  55.8  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0970  phytoene dehydrogenase-like  21.45 
 
 		 523 aa  54.7  0.000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.354104  normal  0.67541 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3726  phytoene dehydrogenase and related proteins-like  25.18 
 
 		 586 aa  55.1  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1487  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  22.1 
 
 		 510 aa  55.1  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000619668 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1736  FAD dependent oxidoreductase  21.15 
 
 		 556 aa  54.7  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00685325  normal  0.215441 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0381  amine oxidase  23.9 
 
 		 510 aa  54.3  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0319  amine oxidase  22.8 
 
 		 489 aa  53.9  0.000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.354274 
 
 
-
 
NC_011684  PHATRDRAFT_54842  carotenoid isomerase  20.2 
 
 		 595 aa  54.3  0.000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2045  phytoene desaturase  24.18 
 
 		 490 aa  53.9  0.000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.716362  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1888  carotenoid isomerase, putative  20.28 
 
 		 505 aa  53.5  0.000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0637  putative dehydrogenase  22.22 
 
 		 548 aa  52.4  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0715988 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03825  hypothetical protein  19.46 
 
 		 508 aa  51.6  0.00004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6289  FAD dependent oxidoreductase  19.96 
 
 		 510 aa  51.2  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00968377  normal  0.473682 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9210  CRTISO5 carotenoid isomerase 5,phytoene dehydrogenase-related protein  27.24 
 
 		 530 aa  50.8  0.00005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0305  amine oxidase  22.94 
 
 		 492 aa  49.7  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20111  phytoene dehydrogenase and related proteins  20.82 
 
 		 505 aa  49.3  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.428487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4976  FAD dependent oxidoreductase  22.37 
 
 		 515 aa  49.3  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2093  phytoene desaturase  19.13 
 
 		 493 aa  48.9  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456364  decreased coverage  0.00855511 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5057  FAD dependent oxidoreductase  24.6 
 
 		 564 aa  49.3  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0939  amine oxidase  21.29 
 
 		 496 aa  48.5  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0006  amine oxidase  22.73 
 
 		 556 aa  48.1  0.0004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1046  phytoene dehydrogenase  26.94 
 
 		 494 aa  47.8  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.586405  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>