28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1994 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1994  hypothetical protein  100 
 
 
438 aa  885    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000845172  hitchhiker  0.00000203424 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2606  hypothetical protein  66.67 
 
 
438 aa  620  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000605576  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2110  hypothetical protein  68.86 
 
 
440 aa  531  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000434469  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2203  hypothetical protein  60.67 
 
 
445 aa  522  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000181796  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2322  hypothetical protein  64.79 
 
 
457 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0247486  hitchhiker  0.0000407236 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2064  hypothetical protein  64.55 
 
 
457 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000323531  hitchhiker  0.000809606 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2016  hypothetical protein  64.55 
 
 
457 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000139386  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1781  hypothetical protein  62.56 
 
 
455 aa  496  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000015299  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2001  hypothetical protein  64.55 
 
 
457 aa  497  1e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000125665  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2233  hypothetical protein  62.93 
 
 
474 aa  490  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000634383  normal  0.29326 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2156  hypothetical protein  63.05 
 
 
474 aa  487  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000672621  normal  0.114824 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2557  hypothetical protein  63.02 
 
 
479 aa  484  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1879  hypothetical protein  61.71 
 
 
439 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00596429  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2364  hypothetical protein  62.82 
 
 
394 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000433583  hitchhiker  0.00524599 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2017  hypothetical protein  59.38 
 
 
440 aa  457  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2401  hypothetical protein  55.84 
 
 
444 aa  448  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000696992  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2363  hypothetical protein  32.26 
 
 
481 aa  178  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000015183  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02387  hypothetical protein  35.58 
 
 
498 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000501631  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002774  hypothetical protein  31.2 
 
 
416 aa  167  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1824  hypothetical protein  28.97 
 
 
419 aa  164  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2256  hypothetical protein  34.95 
 
 
455 aa  163  7e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147191  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03209  hypothetical protein  28.9 
 
 
416 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2397  hypothetical protein  27.92 
 
 
420 aa  139  7.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1059  von Willebrand factor type A  29.61 
 
 
625 aa  82.8  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0405627  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1606  von Willebrand factor, type A  23.38 
 
 
715 aa  70.9  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1355  hypothetical protein  23.51 
 
 
787 aa  63.5  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1466  von Willebrand factor, type A  27.78 
 
 
596 aa  49.7  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2528  von Willebrand factor type A  28.46 
 
 
622 aa  43.9  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.287943  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>