137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1985 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2566  asmA protein  54.26 
 
 
606 aa  646    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2614  AsmA family protein  71.17 
 
 
606 aa  874    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.745873  normal  0.322867 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2331  AsmA family protein  57.47 
 
 
607 aa  680    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00854787  hitchhiker  0.00634925 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2164  AsmA family protein  55.79 
 
 
606 aa  652    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0565997  normal  0.411123 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2241  AsmA family protein  55.63 
 
 
606 aa  650    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.104222  normal  0.355768 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2209  AsmA family protein  52.4 
 
 
606 aa  650    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2372  AsmA protein  55.17 
 
 
606 aa  643    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00905663  normal  0.0519979 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1993  AsmA family protein  57.47 
 
 
607 aa  676    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2116  AsmA family protein  56.75 
 
 
614 aa  699    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2008  AsmA family protein  57.64 
 
 
607 aa  672    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0960641  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1985  AsmA family protein  100 
 
 
611 aa  1213    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0885974  normal  0.0733894 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2409  AsmA family protein  56.98 
 
 
612 aa  683    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.278474  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2056  AsmA family protein  57.47 
 
 
607 aa  677    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.399142  hitchhiker  0.00088344 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1773  AsmA family protein  53.45 
 
 
608 aa  627  1e-178  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000090206  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1887  AsmA protein  50.49 
 
 
604 aa  589  1e-167  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510755  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2024  AsmA  42.38 
 
 
614 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000524921  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1019  outer membrane protein assembly protein AsmA  33.01 
 
 
640 aa  308  3e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002984  AsmA protein  30.12 
 
 
695 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0557  asmA protein  30.14 
 
 
703 aa  296  7e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00432882  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02923  hypothetical protein  34.1 
 
 
695 aa  236  6e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2229  putative outer membrane assembly protein  31.52 
 
 
719 aa  216  7e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.87964  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0552  AsmA family protein  27.52 
 
 
677 aa  198  2.0000000000000003e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.259696  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1332  AsmA family protein  25.55 
 
 
696 aa  187  6e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.176392  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2948  AsmA family protein  30.33 
 
 
712 aa  179  2e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50394  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2694  AsmA family protein  32.94 
 
 
699 aa  175  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.264  normal  0.390099 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2483  AsmA family protein  29.21 
 
 
742 aa  168  2e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2265  hypothetical protein  32.62 
 
 
812 aa  162  1e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2526  AsmA  33.43 
 
 
893 aa  163  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1851  AsmA family protein  27.81 
 
 
709 aa  152  2e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.997541 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1953  AsmA family protein  29.79 
 
 
682 aa  146  9e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.279291  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1852  AsmA family protein  29.27 
 
 
797 aa  145  1e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1140  AsmA family protein  27.18 
 
 
732 aa  137  8e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.999799  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01970  predicted assembly protein  22.42 
 
 
617 aa  130  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01959  hypothetical protein  22.42 
 
 
617 aa  130  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3609  AsmA  24.58 
 
 
640 aa  130  9.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3033  hypothetical protein  25.48 
 
 
649 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689945  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2204  putative assembly protein  22.09 
 
 
617 aa  129  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3001  putative assembly protein  21.77 
 
 
617 aa  125  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.352254 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1593  AsmA family protein  21.77 
 
 
617 aa  125  3e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00514431  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2357  putative assembly protein  21.77 
 
 
617 aa  125  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1577  putative assembly protein  21.77 
 
 
617 aa  125  3e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190719  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0996  putative assembly protein  21.6 
 
 
617 aa  124  5e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1168  putative assembly protein  21.6 
 
 
617 aa  123  9e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2678  putative assembly protein  22.44 
 
 
615 aa  123  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.462778  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0110  AsmA family protein  26.52 
 
 
704 aa  121  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2451  putative assembly protein  21.44 
 
 
618 aa  120  7e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3193  putative assembly protein  21.44 
 
 
618 aa  120  7e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.182103  normal  0.0103225 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2550  putative assembly protein  21.44 
 
 
618 aa  120  7e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.208031  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1016  AsmA  23.64 
 
 
656 aa  118  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.620407  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0560  putative AsmA-like protein  25 
 
 
705 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.748944 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3103  AsmA family protein  23.3 
 
 
675 aa  115  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.596916  normal  0.117573 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0590  uncharacterized protein involved in outer membrane biogenesis  28.28 
 
 
826 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0159  AsmA family protein  29.45 
 
 
794 aa  110  6e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2303  putative assembly protein  20.98 
 
 
618 aa  110  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2247  putative assembly protein  20.98 
 
 
618 aa  110  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2461  putative assembly protein  21.01 
 
 
618 aa  109  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.45795 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2347  putative assembly protein  20.98 
 
 
618 aa  108  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4258  AsmA family protein  25.66 
 
 
741 aa  107  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000475178 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2006  hypothetical protein  23.92 
 
 
660 aa  106  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0368531  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2354  putative assembly protein  20.66 
 
 
618 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.827623  normal  0.53573 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3175  AsmA family protein  25.71 
 
 
741 aa  104  4e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1578  putative assembly protein  22.1 
 
 
611 aa  103  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.976931  normal  0.530891 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5009  AsmA family protein  29.03 
 
 
1013 aa  103  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0536968 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1199  putative assembly protein  21.6 
 
 
599 aa  101  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0521  AsmA  27.64 
 
 
789 aa  101  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3040  putative assembly protein  21.01 
 
 
611 aa  100  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04540  hypothetical protein  23.55 
 
 
748 aa  99.8  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4921  AsmA family protein  23.47 
 
 
747 aa  97.1  9e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00010257 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1291  putative assembly protein  21.15 
 
 
611 aa  94.7  4e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0892  AsmA  27.47 
 
 
655 aa  94.4  6e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1004  AsmA family protein  23.38 
 
 
502 aa  94  8e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000644102  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1134  ASMA  23.93 
 
 
508 aa  93.6  1e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.038364  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5341  hypothetical protein  22.19 
 
 
741 aa  88.6  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0312  AsmA family protein  22.58 
 
 
748 aa  88.2  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67975  hypothetical protein  22.86 
 
 
750 aa  87.4  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302933  normal  0.0556453 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0716  AsmA family protein  27.57 
 
 
660 aa  87.4  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.194292 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0287  AsmA family protein  28 
 
 
748 aa  87  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000233767 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4900  AsmA  22.19 
 
 
741 aa  87  9e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0321  AsmA  23.57 
 
 
740 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.188121  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2162  AsmA family protein  25.12 
 
 
701 aa  85.9  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.152966  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0307  AsmA family protein  28 
 
 
748 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0304017 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0754  AsmA family protein  24.29 
 
 
745 aa  84  0.000000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5883  hypothetical protein  22.78 
 
 
750 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1004  AsmA  25.4 
 
 
649 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.478001  normal  0.298922 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5162  AsmA family protein  25.18 
 
 
602 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.63495  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2863  AsmA family protein  38.39 
 
 
711 aa  82  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0711  AsmA family protein  31.65 
 
 
609 aa  81.3  0.00000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1028  hypothetical protein  23.35 
 
 
725 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.632611  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2869  putative assembly protein  20.43 
 
 
604 aa  76.6  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0651  AsmA  25 
 
 
646 aa  77  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.639423 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0077  AsmA  27.72 
 
 
506 aa  72.8  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1428  hypothetical protein  23.12 
 
 
711 aa  70.5  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6831  putative asmA protein, assembly of outer membrane proteins  24.48 
 
 
645 aa  68.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0946528  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0118  AsmA  24.9 
 
 
762 aa  67.4  0.0000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.413911  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0919  hypothetical protein  24.7 
 
 
611 aa  66.6  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1137  AsmA family protein  30.32 
 
 
265 aa  65.1  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.0909358 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1457  AsmA  21.2 
 
 
654 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2254  hypothetical protein  30.77 
 
 
632 aa  61.6  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.134961  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1327  hypothetical protein  21 
 
 
599 aa  60.8  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158025  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4636  AsmA family protein  22.57 
 
 
648 aa  60.8  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.86579  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>